Foundational Model of Anatomy
Die Foundational Model of Anatomy ist eine computer-gestützte Wissensquelle für die Bioinformatik; sie beschäftigt sich mit der Darstellung der Entitäten und Beziehungen, die für das symbolische Modellieren der Struktur des menschlichen Körpers notwendig sind. Im Speziellen ist FMA ein Formalismus, der die Totalität unseres exakten Wissens über die menschliche Anatomie als Ontologie darstellt.
Die FMA enthält ca. 75.000 Klassen und über 125.000 Terme; über 2,1 Millionen Relationsinstanzen aus über 168 Relationstypen verbinden die Klassen der FMA zu einem kohärenten symbolischen Modell. Die FMA ist damit eine der größten computer-basierten Wissenressourcen der Biomedizin.
Die umfassendste Komponente des FMA ist die anatomische Taxonomie (At). Die dominierende Klasse in At ist Anatomische Struktur. Anatomatische Strukturen enthalten sämtliche Strukturen, die durch reguläre Genexpression entstehen: biologische Makromoleküle, Zellen und ihre Komponenten, Gewebe, Organe und Organteile sowie Orgnasysteme und Körperregionen. Makroskopische anatomische Strukturen sind am Umfassendsten repräsentiert, wohingegen biologische Moleküle vorrangig enthalten sind, um das strukturelle Kontinuum von großen Körperteilen wie dem Thorax hin zu biologischen Makromolekülen wie das Myosin zu illustrieren.
Neben der anatomischen Taxonomie spielen drei weitere Komponenten eine wesentliche Rolle in der FMA:
- Anatomisch-strukturelle Abstraktion (ASA) spezifiziert die Teil-Ganzes und räumliche Bezeiehen die zwischen Entitäten aus der At bestehen
- Anatomische Transformations-Abstraktion (ATA) beschreibt die morphologischen Transformation von Entitäten aus der At während der pränatalen Entwicklung und em postnatalen Lebenszyklus
- Metawissen (Mk) beschreibt die Prinzipien, Regeln und Definitionen bezüglich der Klassen und Relationen der drei anderen Komponenten.
Zusammenfassend kann die Foundational Model of Anatomy Ontologie durch folgende Abstraktion repräsentiert werden:
FMA = (At, ASA, ATA, Mk)
