Die Super League 2005/06 war die 109. Spielzeit der höchsten Schweizer Spielklasse im Fussball der Männer. Es nahmen zehn Mannschaften teil. Schweizer Meister wurde der FC Zürich.
Die Challenge League 2005/06 war die 108. Spielzeit der zweithöchsten Schweizer Spielklasse im Fussball der Männer. An der Challenge League nahmen achtzehn Mannschaften teil. Meister in der Challenge League wurde der FC Luzern.
Der amtierende Meister FC Basel setzte sich bereits früh an die Spitze und belegte ab der sechsten Runde der Super League ununterbrochen den ersten Platz. Zuletzt konnte der FC Zürich aber noch aufschliessen, und es kam in der letzten Meisterschaftsrunde in Basel zum grossen Finalspiel Erstplatzierter gegen Zweitplatzierten. Dieses konnte der FC Zürich in der 93. Minute mit 1:2 für sich entscheiden und verdrängte dank der besseren Tordifferenz den punktegleichen FC Basel noch vom ersten Platz. Zürich erlangte den ersten Meistertitel seit 25 Jahren und erhielt mit dem zehnten Titel auch einen Meisterstern. Somit endete auch die Serie des FC Basel mit 59 Heimspielen ohne Niederlage. Nach dem Spiel kam es zu Ausschreitungen.
Nachdem der FC Luzern mit drei Niederlagen in die Saison gestartet war, blieb er bis Ende Saison in 31 Spielen in Serie ungeschlagen und wurden souverän Meister der Challenge League, welcher direkt in die Super League aufstieg. Der FC Sion, der Tabellenzweite, bestritt die Barrage gegen Neuchâtel Xamax. Die Sittener reüssierten und stiegen in die Super League auf.
Nachdem Servette auf diese Saison hin in aus der Super League die 1. Liga zwangsrelegiert worden war, wurden sie 1.-Liga-Meister und schafften den Aufstieg in die Challenge League. Ebenfalls stieg die SR Delémont auf.
In der Finalrunde bezwangen die Servettiens im Genfer Derby die Urania Genève Sports, und die Delsberger bezwangen den dritten Genfer Teilnehmer, Étoile Carouge FC.