Nach einem Lehrauftrag von 1979 bis 1984 an der Kölner Musikhochschule wurde er 1983 als Professor an die Musikhochschule Stuttgart berufen. In jahrzehntelanger Tätigkeit bildete er dort Organistinnen und Organisten aus aller Welt aus, von denen viele an herausgehobenen Positionen tätig wurden. Außerdem war er 25 Jahre lang Organist an der Domkirche St. Eberhard Stuttgart. 2020 wurde er an der Musikhochschule emeritiert.
Ludger Lohmann verfolgt eine umfangreiche internationale Konzerttätigkeit. Von ihm liegen zahlreiche Einspielungen (LP und CD) vor. Gefragt ist er auch als Juror bei Orgelwettbewerben und Leiter von Meisterklassen.
Schriften
Studien zu Artikulationsproblemen bei den Tasteninstrumenten des 16. – 18. Jahrhunderts. Bosse-Verlag, Regensburg 1982, ISBN 3-7649-2257-5 (zugleich Dissertation, Universität Köln 1981), zuletzt: 3. Auflage bei Palmer projekt. Bodensee-Musikversand, Radolfzell 2015, ISBN 978-3-00-049944-9