Zum ersten Mal griff die automatische Auf- und Abstiegsregel zwischen der ersten und zweiten englischen Liga und so nahmen für die beiden Aufsteiger in der folgenden Zweitligasaison 1899/1900 die zwei in der Tabelle unten rangierenden Erstligisten Bolton Wanderers und The Wednesday die Plätze ein. Aus der Second Division absteigen mussten der FC Blackpool und der FC Darwen. Daneben bangte auch der FC Loughborough um den Klassenverbleib, erhielt dann aber im Wiederwahlverfahren des Ligaverbands ausreichend viele Stimmen, um in der folgenden Saison 1899/1900 erneut an der Second Division teilnehmen zu dürfen. Die Plätze von Blackpool und Darwen nahmen die Aufsteiger FC Chesterfield und FC Middlesbrough ein.