Liste von sequenzierten eukaryontischen Genomen

Backhefe
Der Fadenwurm Caenorhabditis elegans unter dem Mikroskop.

Diese Liste von sequenzierten eukaryontischen Genomen umfasst Eukaryonten, das sind Lebewesen mit Zellkern, deren Genom sequenziert wurde.

Kleinere DNA-Bruchstücke wurde erstmals 1977 sequenziert, das heißt ihre Basensequenz wurde mit Hilfe von DNA-Sequenzierung ermittelt. Nach und nach wurde die DNS von ganzen Genomen verschiedener Organismen sequenziert. Die erste Sequenzierung des vollständigen Genoms eines Lebewesens gelang 1995 mit dem Bakterium Haemophilus influenzae. Die so ermittelten Basensequenzen werden über das Internet, unter anderem vom NCBI, bereitgestellt.

1996 wurde mit der Backhefe (Saccharomyces cerevisiae), die zu den Pilzen gehört, das erste Genom eines Eukaryonten veröffentlicht und 1998 wurde mit dem zu den Tieren gehörenden Fadenwurm Caenorhabditis elegans das erste Genom eines Mehrzellers veröffentlicht.

Die Forschung konzentrierte sich zunächst auf die Sequenzierung von Organismen, die entweder für die Grundlagenforschung oder die für die anwendungsorientierte, medizinisch-pharmazeutische Forschung von besonderem Interesse sind. Solche eukariontische Organismen sind in dieser Liste zu finden. Mit dem Fortschritt der Technik wurde die Sequenzierung immer schneller und einfacher, so dass inzwischen das Genom von über 50.000 (Stand: 2020) verschiedenen Organismen analysiert werden konnte.

Pilze

Aufgelistet sind die fünf Pilze, deren Genom zuerst sequenziert wurde.

OrganismusTypRelevanzGröße des Genomsvorhergesagte Anzahl von GenenOrganisationJahr der Sequenzierung
Saccharomyces cerevisiae
Strain:S288C		BackhefeBackhefe; Modellorganismus Eukaryont12.1 Mb6 294[1]International Collaboration for the Yeast Genome Sequencing[2]1996[1]
Encephalitozoon cuniculiMicrosporidiumHumanpathogen2.9 Mb1 997[3]Genoscope und Université Blaise Pascal2001[3]
Schizosaccharomyces pombe
Strain:972h-		SpalthefenModellorganismus Eukaryont14 Mb4 824[4]Sanger Institute und Cold Spring Harbor Laboratory2002[4]
Neurospora crassaSordariomycetesModellorganismus Eukaryont40 Mb10 082[5]Broad Institute, Oregon Health, Science University, University of Kentucky und die University of Kansas2003[5]
Phanerochaete chrysosporium
Strain:RP78 		StielporlingsartigerHolzpilz für Verrottung, wird für Bioremediation verwendet30 Mb11 777[6]Joint Genome Institute2004[6]

Tiere

Aufgelistet sind die vier Tiere, deren Genom zuerst sequenziert wurde. Außerdem wurden die zwölf Säugetiere, deren Genom zuerst sequenziert wurde, in die Liste aufgenommen.

OrganismusTypRelevanzGröße des Genomsvorhergesagte Anzahl von GenenOrganisationJahr der Sequenzierung
Caenorhabditis elegans
Strain:Bristol N2		NematodeModellorganismus Tier100 Mb19 000[7]Washington University und das Sanger Institute1998[7]
Drosophila melanogasterFruchtfliegeModellorganismus Tier165 Mb13 600[8]Celera, UC Berkeley, Baylor College of Medicine, European DGP2000[8]
Homo sapiensPrimatenMensch3.2 Gb[9]18 826 (CCDS consortium)Human Genome Project Consortium und Celera GenomicsEntwurf 2001[10][11]
Vollständig 2006[12]
Anopheles gambiae
Strain: PEST		StechmückeVerbreitung von Malaria278 Mb13 683[13]Celera Genomics und Genoscope2002[13]
Takifugu rubripesKugelfischWirbeltier mit kleinem Genom, japanischer Kugelfisch390 Mb22 000 – 29 000[14]International Fugu Genome Consortium2002[15]
Mus musculus
Strain: C57BL/6J		NagetiereHausmausca. 3 Gb24 0002002[16][17]
Rattus norvegicusNagetiereWanderratte2.8 GbEntwurf 2004[18]
Pan troglodytesPrimatenSchimpanse3.3 Gb2005[19][20]
Canis familiarisCanidaeHaushund2.5 Gb19 3002005[21][22]
Ornithorhynchus anatinusSäugetierSchnabeltier1.9 Bp18 600Entwurf 2007,[23]

vollständig 2021[24]

Monodelphis domesticaBeuteltiereHaus-Spitzmausbeutelratte18 000 - 20 000 Gene[25]MIT und Harvard2007[26]
Macaca mulattaPrimatenRhesusaffe3.1 Bp30 0002007[27][28]
Felis catusFelidaeHauskatze2.7 Mb20 0002007[29]
Loxodonta africanaElephantidaeAfrikanischer Elefant2009[30]
Equus caballusUnpaarhuferHauspferd2.5 Mb2009[31][32][33]
Bos primigenius taurusPaarhuferHausrind2.7 Gb[34]22 000.[35]National Institutes of Health und das US Department of Agriculture2009[36]

Pflanzen

Aufgelistet sind die fünf Pflanzen, deren Genom zuerst sequenziert wurde.

OrganismTypRelevanzGröße des GenomsAnzahl Chromosomenvorhergesagte Anzahl von GenenOrganisationJahr der Sequenzierung
Arabidopsis thaliana
Ecotype:Columbia		Acker-SchmalwandModellorganismus, Unkraut135 Mb[37]525 498,[38]Arabidopsis Genome Initiative[39]2000[38]
Oryza sativa
ssp indica		ReisFeldfrucht und Modellorganismus420 Mb1232 000 - 50 000[40]Beijing Genomics Institute, Zhejiang University und Chinese Academy of Sciences2002[40]
Cyanidioschyzon merolae
Strain:10D		Rotalgeeinfacher Eukaryont16.5 Mb205 331[41]University of Tokyo, Rikkyo University, Saitama University und Kumamoto University2004[41]
Ostreococcus tauriGrünalgeeinfacher Eukaryont, kleines Genom12.6 Mb207 969 (UniProt)Laboratoire Arago2006[42]
Westliche Balsam-PappelPappelKohlenstoffsenke, Modellorganismus Baum, Nutz-Holzart und Vergleich mit A. thaliana550 Mb1945 555[43]The International Poplar Genome Consortium2006[43]

Protisten

Aufgelistet sind die neun Protisten, deren Genom zuerst sequenziert wurde.

OrganismusTypRelevanzGröße des Genomsvorhergesagte Anzahl von GenenOrganisationJahr der Sequenzierung
Guillardia thetaCryptomonadModellorganismus551 kbp
nucleomorph
(nur das Genom)		465[44]Canadian Institute of Advanced Research, Philipps-University Marburg und die University of British Columbia2001[44]
Plasmodium falciparum
Clone:3D7		ApicomplexaHumanpathogen (Malaria)22.9 Mb5 268[45]Malaria Genome Project Consortium2002[45]
Plasmodium yoelii yoelii
Strain:17XNL		ApicomplexaNagetier-Pathogen (Malaria)23.1 Mb5 878[46]TIGR und NMRC2002[46]
Cryptosporidium hominis
Strain:TU502		ApicomplexaHumanpathogen10.4 Mb3 994[47]Virginia Commonwealth University2004[47]
Cryptosporidium parvum
C- or genotype 2 isolate		ApicomplexaHumanpathogen16.5 Mb3 807[48]UCSF und University of Minnesota2004[48]
Thalassiosira pseudonana
Strain:CCMP 1335		DiatomModellorganismus34.5 Mb11 242[49]Joint Genome Institute und die University of Washington2004[49]
Trypanosoma cruzi
Strain:CL-Brener		KinetoplastidHumanpathogen67 Mb22 570[50]The Institute for Genome Research (TIGR), Karolinska Institutet (KI) und Seattle Biomedical Research Institute (SBRI)2005[50]
Trypanosoma brucei
Clone:TREU 927/4		KinetoplastidHumanpathogen26 Mb9 068[51]Wellcome Trust Sanger Institute und The Institute for Genome Research (TIGR)2005[51]
Leishmania major
Strain: Friedlin		KinetoplastidHumanpathogen32.8 Mb8 272[52]Wellcome Trust Sanger Institute und Seattle Biomedical Research Institute (SBRI)2005[52]

Siehe auch

Einzelnachweise

  1. ↑ a b Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, R. W. Davis, B. Dujon, H. Feldmann, F. Galibert, J. D. Hoheisel, C. Jacq, M. Johnston, E. J. Louis, H. W. Mewes, Y. Murakami, P. Philippsen, H. Tettelin, S. G. Oliver: Life with 6000 genes. In: Science. 274. Jahrgang, Nr. 5287, Oktober 1996, S. 546, 563–7, doi:10.1126/science.274.5287.546, PMID 8849441, bibcode:1996Sci...274..546G (englisch).
  2. ↑ International Collaboration for the Yeast Genome Sequencing (Memento vom 27. September 2007 im Internet Archive)
  3. ↑ a b Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, Guy Méténier, Fabienne Thomarat, Gérard Prensier, Valérie Barbe, Eric Peyretaillade, Philippe Brottier: Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi. In: Nature. 414. Jahrgang, Nr. 6862, November 2001, S. 450–3, doi:10.1038/35106579, PMID 11719806, bibcode:2001Natur.414..450K (englisch).
  4. ↑ a b Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, M. Lyne, R. Lyne, A. Stewart, J. Sgouros, N. Peat, J. Hayles: The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe. In: Nature. 415. Jahrgang, Nr. 6874, Februar 2002, S. 871–80, doi:10.1038/nature724, PMID 11859360 (englisch).
  5. ↑ a b Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA, Eric U. Selker, Nick D. Read, David Jaffe, William Fitzhugh, Li-Jun Ma, Serge Smirnov, Seth Purcell, Bushra Rehman, Timothy Elkins, Reinhard Engels, Shunguang Wang, Cydney B. Nielsen, Jonathan Butler, Matthew Endrizzi, Dayong Qui, Peter Ianakiev, Deborah Bell-Pedersen, Mary Anne Nelson, Margaret Werner-Washburne, Claude P. Selitrennikoff, John A. Kinsey, Edward L. Braun, Alex Zelter, Ulrich Schulte, Gregory O. Kothe, Gregory Jedd, Werner Mewes: The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa. In: Nature. 422. Jahrgang, Nr. 6934, April 2003, S. 859–68, doi:10.1038/nature01554, PMID 12712197, bibcode:2003Natur.422..859G (englisch).
  6. ↑ a b Diego Martinez, Luis F Larrondo, Nik Putnam, Maarten D Sollewijn Gelpke, Katherine Huang, Jarrod Chapman, Kevin G Helfenbein, Preethi Ramaiya, J Chris Detter, Frank Larimer, Pedro M Coutinho, Bernard Henrissat, Randy Berka, Dan Cullen, Daniel Rokhsar: Genome sequence of the lignocellulose degrading fungus Phanerochaete chrysosporium strain RP78. In: Nature Biotechnology. 22. Jahrgang, Nr. 6, 2004, S. 695–700, doi:10.1038/nbt967, PMID 15122302 (englisch).
  7. ↑ a b C. elegans Sequencing Consortium: Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology. In: Science. 282. Jahrgang, Nr. 5396, Dezember 1998, S. 2012–8, doi:10.1126/science.282.5396.2012, PMID 9851916, bibcode:1998Sci...282.2012. (englisch).
  8. ↑ a b Adams MD, Celniker SE, Holt RA, CA Evans, JD Gocayne, PG Amanatides, SE Scherer, PW Li, RA Hoskins: The genome sequence of Drosophila melanogaster. In: Science. 287. Jahrgang, Nr. 5461, März 2000, S. 2185–95, doi:10.1126/science.287.5461.2185, PMID 10731132, bibcode:2000Sci...287.2185. (englisch).
  9. ↑ Human Genome Sequencing Consortium, International: Finishing the euchromatic sequence of the human genome. In: Nature. 431. Jahrgang, Nr. 7011, Oktober 2004, S. 931–45, doi:10.1038/nature03001, PMID 15496913, bibcode:2004Natur.431..931H (englisch).
  10. ↑ McPherson JD, Marra M, Hillier L, Robert H. Waterston, Asif Chinwalla, John Wallis, Mandeep Sekhon, Kristine Wylie, Elaine R. Mardis: A physical map of the human genome. In: Nature. 409. Jahrgang, Nr. 6822, Februar 2001, S. 934–41, doi:10.1038/35057157, PMID 11237014, bibcode:2001Natur.409..934M (englisch).
  11. ↑ Venter JC, Adams MD, Myers EW, PW Li, RJ Mural, GG Sutton, HO Smith, M Yandell, CA Evans, Robert A. Holt, Jeannine D. Gocayne, Peter Amanatides, Richard M. Ballew, Daniel H. Huson, Jennifer Russo Wortman, Qing Zhang, Chinnappa D. Kodira, Xiangqun H. Zheng, Lin Chen, Marian Skupski, Gangadharan Subramanian, Paul D. Thomas, Jinghui Zhang, George L. Gabor Miklos, Catherine Nelson, Samuel Broder, Andrew G. Clark, Joe Nadeau, Victor A. McKusick, Norton Zinder: The sequence of the human genome. In: Science. 291. Jahrgang, Nr. 5507, Februar 2001, S. 1304–51, doi:10.1126/science.1058040, PMID 11181995, bibcode:2001Sci...291.1304V (englisch).
  12. ↑ Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, R. Kaul, D. Swarbreck, A. Dunham, C. E. Scott, K. L. Howe, K. Woodfine, C. C. A. Spencer, M. C. Jones, C. Gillson, S. Searle, Y. Zhou, F. Kokocinski, L. McDonald, R. Evans, K. Phillips, A. Atkinson, R. Cooper, C. Jones, R. E. Hall, T. D. Andrews, C. Lloyd, R. Ainscough, J. P. Almeida, K. D. Ambrose, F. Anderson, R. W. Andrew, R. I. S. Ashwell: The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1. In: Nature. 441. Jahrgang, Nr. 7091, Mai 2006, S. 315–21, doi:10.1038/nature04727, PMID 16710414, bibcode:2006Natur.441..315G (englisch).
  13. ↑ a b Holt RA, Subramanian GM, Halpern A, GG Sutton, R Charlab, DR Nusskern, P Wincker, AG Clark, JM Ribeiro, Ron Wides, Steven L. Salzberg, Brendan Loftus, Mark Yandell, William H. Majoros, Douglas B. Rusch, Zhongwu Lai, Cheryl L. Kraft, Josep F. Abril, Veronique Anthouard, Peter Arensburger, Peter W. Atkinson, Holly Baden, Veronique De Berardinis, Danita Baldwin, Vladimir Benes, Jim Biedler, Claudia Blass, Randall Bolanos, Didier Boscus, Mary Barnstead: The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae. In: Science. 298. Jahrgang, Nr. 5591, Oktober 2002, S. 129–49, doi:10.1126/science.1076181, PMID 12364791, bibcode:2002Sci...298..129H (englisch).
  14. ↑ International Fugu Genome Consortium.Forth Genome Assembly (Memento vom 5. Februar 2012 im Internet Archive)
  15. ↑ Aparicio S, Chapman J, Stupka E, N Putnam, JM Chia, P Dehal, A Christoffels, S Rash, S Hoon, Arian Smit, Maarten D. Sollewijn Gelpke, Jared Roach, Tania Oh, Isaac Y. Ho, Marie Wong, Chris Detter, Frans Verhoef, Paul Predki, Alice Tay, Susan Lucas, Paul Richardson, Sarah F. Smith, Melody S. Clark, Yvonne J. K. Edwards, Norman Doggett, Andrey Zharkikh, Sean V. Tavtigian, Dmitry Pruss, Mary Barnstead, Cheryl Evans: Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes. In: Science. 297. Jahrgang, Nr. 5585, August 2002, S. 1301–10, doi:10.1126/science.1072104, PMID 12142439, bibcode:2002Sci...297.1301A (englisch).
  16. ↑ Waterston RH, Lindblad-Toh K, Birney E, et al.: Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome. In: Nature. 420. Jahrgang, Nr. 6915, Dezember 2002, S. 520–62, doi:10.1038/nature01262, PMID 12466850 (englisch).
    Pierre L. Roubertoux et al.: From DNA to mind. In: EMBO Reports. Juli 2007, Band 8 (S1): S7–S11, doi:10.1038/sj.embor.7400991
  17. ↑ MapViewer Eintrag.
  18. ↑ R. A. Gibbs, G. M. Weinstock, M. L. Metzker u. a.: Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution. In: Nature. Band 428, Nr. 6982, April 2004, S. 493–521, doi:10.1038/nature02426, PMID 15057822.
  19. ↑ MapViewer Eintrag
  20. ↑ Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome. In: Nature. 437. Jahrgang, Nr. 7055, September 2005, S. 69–87, doi:10.1038/nature04072, PMID 16136131 (englisch).
  21. ↑ MapView Eintrag
  22. ↑ K. Lindblad-Toh, C.M. Wade, T.S. Mikkelsen u. a.: Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog. In: Nature. 438. Jahrgang, Nr. 7069, Dezember 2005, S. 803–819, doi:10.1038/nature04338, PMID 16341006 (englisch).
  23. ↑ Warren WC, Hillier LW, Marshall Graves JA, Birney E, Ponting CP, Grützner F, Belov K, Miller W, Clarke L, Chinwalla AT, Yang SP, Heger A, Locke DP, Miethke P, Waters PD, Veyrunes F, Fulton L, Fulton B, Graves T, Wallis J, Puente XS, López-Otín C, Ordóñez GR, Eichler EE, Chen L, Cheng Z, Deakin JE, Alsop A, Thompson K, Kirby P, Papenfuss AT, Wakefield MJ, Olender T, Lancet D, Huttley GA, Smit AF, Pask A, Temple-Smith P, Batzer MA, Walker JA, Konkel MK, Harris RS, Whittington CM, Wong ES, Gemmell NJ, Buschiazzo E, Vargas Jentzsch IM, Merkel A, Schmitz J, Zemann A, Churakov G, Kriegs JO, Brosius J, Murchison EP, Sachidanandam R, Smith C, Hannon GJ, Tsend-Ayush E, McMillan D, Attenborough R, Rens W, Ferguson-Smith M, Lefèvre CM, Sharp JA, Nicholas KR, Ray DA, Kube M, Reinhardt R, Pringle TH, Taylor J, Jones RC, Nixon B, Dacheux JL, Niwa H, Sekita Y, Huang X, Stark A, Kheradpour P, Kellis M, Flicek P, Chen Y, Webber C, Hardison R, Nelson J, Hallsworth-Pepin K, Delehaunty K, Markovic C, Minx P, Feng Y, Kremitzki C, Mitreva M, Glasscock J, Wylie T, Wohldmann P, Thiru P, Nhan MN, Pohl CS, Smith SM, Hou S, Nefedov M, de Jong PJ, Renfree MB, Mardis ER, Wilson RK: Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution. In: Nature. 453. Jahrgang, Nr. 7192, Mai 2008, S. 175–83, doi:10.1038/nature06936, PMID 18464734, PMC 2803040 (freier Volltext), bibcode:2008Natur.453..175W (englisch).
  24. ↑ Y. Zhou et al. Platypus and echidna genomes reveal mammalian biology and evolution. Nature, published online January 6, 2021; doi:10.1038/s41586-020-03039-0
  25. ↑ Monodelphis_domestica, Ensembl genome browser 104
  26. ↑ Mikkelsen TS, Wakefield MJ, Aken B, Amemiya CT, Chang JL, Duke S, Garber M, Gentles AJ, Goodstadt L, Heger A, Jurka J, Kamal M, Mauceli E, Searle SM, Sharpe T, Baker ML, Batzer MA, Benos PV, Belov K, Clamp M, Cook A, Cuff J, Das R, Davidow L, Deakin JE, Fazzari MJ, Glass JL, Grabherr M, Greally JM, Gu W, Hore TA, Huttley GA, Kleber M, Jirtle RL, Koina E, Lee JT, Mahony S, Marra MA, Miller RD, Nicholls RD, Oda M, Papenfuss AT, Parra ZE, Pollock DD, Ray DA, Schein JE, Speed TP, Thompson K, VandeBerg JL, Wade CM, Walker JA, Waters PD, Webber C, Weidman JR, Xie X, Zody MC, Graves JA, Ponting CP, Breen M, Samollow PB, Lander ES, Lindblad-Toh K: Genome of the marsupial Monodelphis domestica reveals innovation in non-coding sequences. In: Nature. 447. Jahrgang, Nr. 7141, Mai 2007, S. 167–77, doi:10.1038/nature05805, PMID 17495919, bibcode:2007Natur.447..167M (englisch).
  27. ↑ MapViewer Eintrag
  28. ↑ Gibbs RA, Rogers J, Katze MG, et al.: Evolutionary and biomedical insights from the rhesus macaque genome. In: Science. 316. Jahrgang, Nr. 5822, April 2007, S. 222–34, doi:10.1126/science.1139247, PMID 17431167 (englisch).
  29. ↑ J. U. Pontius, J. C. Mullikin, D. R. Smith, K. Lindblad-Toh, S. Gnerre, M. Clamp, J. Chang, R. Stephens, B. Neelam, N. Volfovsky, A. A. Schäffer, R. Agarwala, K. Narfström, W. J. Murphy, U. Giger, A. L. Roca, A. Antunes, M. Menotti-Raymond, N. Yuhki, J. Pecon-Slattery, W. E. Johnson, G. Bourque, G. Tesler, S. J. O'B: Initial sequence and comparative analysis of the cat genome. In: Genome Research. Band 17, Nummer 11, November 2007, S. 1675–1689, ISSN 1088-9051. doi:10.1101/gr.6380007. PMID 17975172. PMC 2045150 (freier Volltext).
  30. ↑ Loxodonta africana. In: UCSC browser entry. (englisch).
  31. ↑ MapView Eintrag
  32. ↑ Horse Genome Assembled. In: NIH News.
  33. ↑ C. M. Wade u. a.: Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse. In: Science. Band 326, Nr. 5954, 2009, S. 865–867. doi:10.1126/science.1178158
  34. ↑ David Brown: Scientists Unravel Genome of the Cow In: The Washington Post, 23. April 2009 (englisch). 
  35. ↑ Victoria Gill: BBC: Cow genome 'to transform farming' In: BBC News, 23. April 2009. Abgerufen am 15. Oktober 2013 (englisch). 
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Quelle: https://de.wikipedia.org/wiki/Liste_von_sequenzierten_eukaryontischen_Genomen