Pfaffenstein bezeichnet:

• Pfaffenstein, einen Tafelberg in der Sächsischen Schweiz
• Pfaffenstein (Hochschwabgruppe), den Hausberg in Eisenerz am südwestlichen Rand des Hochschwabs
• Popova skála, einen freistehenden Felsen im Lausitzer Gebirge bei Grottau
• Steinweg-Pfaffenstein, einen Stadtteil von Regensburg
• Pfaffenstein, Feldpredigerstein, Menhir bei Welfelsholz (Hettstedt), Sachsen-Anhalt