Der Martinsdom war von 1563 bis 1830 Krönungsort der ungarischen Könige, deshalb hatte die Orgel eine besondere Bedeutung.
1881/82 wurde ein neues Instrument auf der Westempore, mit zwei Manualen und 34 Registern durch Vincenz Mozsny gebaut. Dieses wurde 2007 abgebaut.
Der Orgelbauer Gerald Woehl aus Marburg baute von 2008 bis 2010 eine neue Orgel. Diese hatte zunächst 69 Register, dann 75 Register.
Disposition
Die Orgel hat zur Zeit 75 Register mit vier Manualen und Pedal. Angelegt ist bereits ein Fernwerk mit Fernpedal, das sie auf 85 Register erweitern soll. Die Orgel ist die drittgrößte der Slowakei. Die Disposition ermöglicht sowohl den Vortrag von Barockmusik als auch von moderneren Komponisten.[1][2]
Die Chororgel über dem Presbyterium wurde 1867 von Karl Klöckner im Rahmen der neugotischen Umgestaltung des Doms zusätzlich gebaut. Sie hat acht Register mit einem Manual und Pedal. Die Orgel ist in einem schlechten Zustand und derzeit nicht spielbar.