Am IHF-Pokal 1988/89 nahmen 25 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Es war die 7. Austragung des IHF-Pokals. Der Titelverteidiger war der rumänische Club Minaur Baia Mare. Im innerdeutschen Duell im Finale konnte sich TuRU Düsseldorf gegen ASK Vorwärts Frankfurt/Oder durchsetzen.
Der Wettbewerb startete mit 9 Spielen in der 1. Runde, die Sieger zogen in die 2. Runde ein und auf die folgte das Viertelfinale. TSV St. Otmar St. Gallen, CD Cajamadrid, Hellerup IK, USM Gagny, ASK Vorwärts Frankfurt/Oder, Minaur Baia Mare und SKIF Krasnodar zogen durch Freilos in die 2. Runde ein. Alle Runden inklusive des Finales wurden im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel durchgeführt. Der Gewinner des Finales war IHF-Pokal-Sieger der Saison 1988/89.