Musa Arafat (arab. موسى عرفات Mūsā ʿArafāt; * 1941 in Jaffa; † 7. September 2005 in Gaza) war General und Leiter des palästinensischen Militärgeheimdienstes.

Mussa Arafat war ein Neffe von Yasir Arafat. Er hatte zusammen mit Yasir Arafat die Fatah-Bewegung gegründet und bekleidete hohe Machtpositionen, hatte aber sowohl in der Fatah als auch außerhalb viele Feinde. Musa Arafat galt als korrupt und brutal. Wegen seiner verwandtschaftlichen Verbindung zum „Rais“ war er jedoch unantastbar.

Musa Arafats Ernennung zum Polizeichef des Gazastreifens durch Yasir Arafat stieß auf gewaltsame Proteste, die eine zeitweise Verhängung des Ausnahmezustandes zur Folge hatten. Nach nur zwei Tagen als Polizeichef im Amt wurde er durch seinen Vorgänger Abd al-Raziq al-Madschaida wieder abgelöst.

Musa Arafat, der bereits mehrere Mordversuche überlebt hatte, wurde am 7. September 2005 von militanten Palästinensern in der Stadt Gaza erschossen.

Zeitungen berichteten, dass etwa 80 zum Teil maskierte Männer in der Nacht in sein Haus eindrangen und ihn nach einem Feuergefecht mit dessen Leibwächtern auf die Straße schleiften, um ihn dort mit mit einem Kopfschuss zu töten.

Zu der Tat soll sich eine fünf Jahre zuvor während der Intifada gegründete Splittergruppe bekannt haben, die sich als „Volkswiderstandskomitee“ bezeichnet und sich aus Mitgliedern verschiedener radikaler Gruppen rekrutiert. Als Motiv nannte sie „die Bestechlichkeit Arafats“. Ein weiteres Statement bezeichnete ihn als „Kollaborateur“ (mit Israel). Dagegen wurde der im Verlauf des Attentates entführte Sohn des Ermordeten Nahmal Arafat, selbst ein hoher Geheimdienstoffizier, am Tag darauf unter Vermittlung einer ägyptischen Delegation freigelassen.

Politische Beobachter in Gaza werten den Anschlag als offene Herausforderung militanter Palästinenser an die palästinensische Autonomiebehörde. Präsident Mahmud Abbas verurteilte den Mord scharf und berief den Nationalen Sicherheitsrat ein, um in einer Dringlichkeitssitzung über das weitere Vorgehen zu beraten.