Michael Bünker (* 26. April 1954 in Leoben/Steiermark) ist ein österreichischer evangelischer Theologe.

Bünker studierte evangelische Theologie an der Universität Wien. 1981 Promotion bei Kurt Niederwimmer im Fach Neues Testament zum Thema "Briefformular und rhetorische Disposition im 1. Korintherbrief".

Vikar in Wien-Döbling, anschließend Inhaber der zweiten Pfarrstelle in Wien-Floridsdorf. 1999 Wahl zum Oberkirchenrat. Seit 2003 als Honorarprofessor Lehrbeauftragter an der Universität Wien. 2006 Bestellung zum Generalsekretär der Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa (GEKE). 2007 Wahl zum Bischof der [[Evangelische Kirche A.B.in Österreich|Evangelischen Kirche A.B.] in Österreich. Der designierte Bischof wird seine zwölfjährige Amtszeit am 1. Jänner 2008 antreten.