Zum vierten Mal wurde im Rahmen des Weltcups die Tour de Ski ausgetragen, ein Etappenrennen, für das es im Falle des Sieges 400 anstatt der üblichen 100 Weltcuppunkte gab. Außerdem fand zum dritten Mal das Weltcup-Finale statt, ebenfalls ein Etappenrennen, dessen Sieger 200 Punkte erhielt.
Nachdem schon in der Saison 2008/09 bei den Massenstartwettbewerben in Trondheim Weltcup-Bonus-Punkte bei Zwischenwertungen vergeben wurden, wurde diese Sonderwertung in der Saison 2009/10 offiziell das Weltcup-Regelwerk aufgenommen. Bei allen Massenstartwettbewerben wurden abhängig von der Distanz des Wettbewerbs bis zu fünf Zwischenwertungen ausgetragen, bei denen die ersten drei Athleten/ Athletinnen 15, 10 bzw. 5 zusätzliche Weltcuppunkte zugesprochen bekamen.
Als weitere Änderung wurde die Austragung der B-Finalläufe der Sprintwettbewerbe gestrichen. Die Platzierungen sieben bis zwölf wurden somit abhängig von Zeit/ Platzierung in den Halbfinalläufen vergeben.
Anders als in den Vorjahren wurden die bei einer Etappe der Tour de Ski errungenen Weltcuppunkte einem Athleten / einer Athletin auch dann zugesprochen, wenn er/sie die Tour nicht beendete.