„Moumouvirus“ – Versionsunterschied

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Version vom 10. November 2019, 09:59 Uhr

Acanthamoeba-polyphaga-Moumouvirus
Systematik
Klassifikation:Viren
Realm:Varidnaviria[4]/Divdnaviria[3][5]
Reich:Bamfordvirae[4]
Phylum:„Nucleocytoplasmaviricota“[5][3]/
„Nucleocytoviricota“[4]
(NCLDV)
Klasse:Megaviricetes[4][5][3]
Ordnung:Imitervirales[3]
Familie:Mimiviridae
Unterfamilie:„Megamimivirinae“/„Mimivirinae“[1][2]
Gattung:Mimivirus
ohne Rang:Mimivirus-Linie B
Art:„Acanthamoeba-polyphaga-Moumouvirus“
Taxonomische Merkmale
Genom:dsDNA
Baltimore:Gruppe 1
Symmetrie:ikosaedrisch
Wissenschaftlicher Name
“Acanthamoeba polyphaga moumouvirus”
Kurzbezeichnung
AMoV / APMoV
Links

Acanthamoeba polyphaga moumouvirus (AMoV[2] bzw. APMoV[6]) ist eine vorgeschlagene Spezies von Riesenviren in der Familie Mimiviridae. Das Virus wurde 2008 aus Wasserproben von einem Industriekühlturm im Südosten Frankreichs isoliert, im Labor diente die Amöbe Acanthamoeba polyphaga as Wirt.[7]

Aufbau

Das Kapsid der Virionen (Virusteilchen) ist von ikosaedrischer Geometrie mit einem Durchmesser von ungefähr 420 nm etwas kleiner als bei Seinen Verwandten Acanthamoeba polyphaga mimivirus oder Megavirus chilensis. Es ist von einer dichten Faserschicht bedeckt, die Fasern liegen mit einer Länge von 199 nm im Bereich anderer Mimi- und Megaviren (75 bis 125 nm).[7][8]

Genom

Das Genom von Acanthamoeba polyphaga moumouvirus besteht aus doppelsträngiger DNA und hat eine Länge von 1.021.348 bp, mehr als 200 kbp (bzw. 100 kbp) kürzer als bei Megaviren (bzw. Mimiviren).[7] Nach den Analysen gibt es 930 offene Leserahmen (englisch open reading frames, ORFs),und das Genom sollte 894 Proteine kodieren, wobei sich 879 als homolog zu bekannten Proteinen erwiesen. Unter diesen gab es 702 mit der größten Übereinstimmung zu Megavirus chilensis.[7][9]

Vermehrungszyklus

Während der Vermehrung bildet AMoV im Zytoplasma der Wirtszellen von A. polyphaga Virusfabriken ähnlicher Gestalt wie dies bei Mimi- und Megaviren beobachtet wird.

Systematik

Zusammen mit den (eigentlichen) Mimiviren um Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ApMV) als Linia A (englisch lineage A), den Megaviren um Megavirus chilensis (MGVc) als Linie C und den Tupanviren als Linie D gehören die Moumouviren um AMoV als Linie B zur Gruppe I in der Familie der Mimiviridae; für diese Gruppe I wurde der Rang einer Unterfamilie (Mimivirinae[2] oder Megamimivirinae[1]) vorgeschlagen.

Mittlerweile wurde eine ganze Reihe von möglichen Vertretern der Moumouviren gefunden, auch wenn mit Stand März 2019 noch keine offizielle Bestätigung einer solchen Spezies durch das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) erfolgt ist.[10]

Das National Center for Biotechnology Information (NCBI) listet eine ganze Reihe von Moumouviren mit dem Rang einer Spezies oder darunter.[11] Im Einzelnen ergibt sich etwa folgende Systematik, wobei die taxonomischen Ränge (Gattung, Spezies oder darunter) oft noch in Diskussion sind:

  • Mimiviridae Gruppe I (vorgeschlagene Unterfamilie Megamimivirinae[1] alias Mimivirinae[2])
  • Spezies: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus (AMoV[2] bzw. APMoV[6])[13][14][15] – das ursprüngliche Isolat, gefunden in Südwestfrankreich.[16][17]
  • Spezies: Moumouvirus australiensis[25][26] – gefunden in Australien.[27]
  • Spezies: Moumou virus M10A (alias Acanthamoeba polyphaga moumouvirus M10A)[28][29] – mit einem Durchmesser von 420 nm und einer Genomlänge von 1.2 Mbp.[8]
  • Spezies: Moumouvirus alias Moumou-Virus (en. Moumou virus, incerta sedes)[30][31][16] – dies scheint eine nicht notwendig der Gattung Mimivirus zugestellte Sammelspezies zu sein, in die man alle Vertreter der Moumouviren stellt, solange man ihnen keinen eigenen Spezies-Rang geben will.
  • Moumouvirus moumou[32][33] – mit Genomlânge von 1.0 Mbp, 915 ORFs sowie einem GC-Gehalt von 24,6 %.[34] Möglicherweise identisch mit dem ersten gefundenen Vertreter der Moumouviren (als Spezies Acanthamoeba polyphaga moumouvirus).
  • Moumouvirus saoudian[35] – gefunden in Dschidda, Saudi-Arabien.[36] Offenbar identisch mit dem ersten in Arabien gefundenen Vertreter der Moumouviren (als Spezies Saudi moumouvirus).
  • Moumouvirus Monve (alias Monve-Virus)[37][16][38][33][17] – gefunden in Frankreich.[27][39][40] Der Durchmesser beträgt 390 nm[8]
  • Moumouvirus ochan (alias Ochan-Virus),[41][33] – gefunden in Marseille, Frankreich.[36]
  • Moumouvirus battle49[42] – gefunden in Cassis, Frankreich.[36]
  • Moumouvirus boug1[43] – gefunden in Gafsa, Tunesien[36].
  • Moumouvirus istres (alias Istres-Virus),[44] – gefunden in Istres, Frankreich.[36]
  • Mimivirus Linie C (Courdo11-Gruppe, Megaviren mit Megavirus chilensis, MVc)
  • Mimivirus Linie D (Tupanvirus-Gruppe, Tupanviren mit Tupanvirus, putativ eine eigene Gattung)

Die Zugehörigkeit der Viren zur Gattung Mimivirus ist nur bei Linie A sicher, nicht unbedingt bei den Linien B und C (siehe Tupanviren).

Vorgeschlagener phylogenetischer Baum der Gattung Mimivirus nach Abrahão et al. (2018), Fig. 4:[45]

 
Mimivirus 

Mimivirus-Linie A (Mimivirus s. s.)


  
 Mimivirus-Linie B
(Moumouvirus-Gruppe) 

Monve-Virus


   

Moumouvirus goulette


   

Acanthamoeba polyphaga moumouvirus (AMoV)


   

Saudi moumouvirus





   

Mimivirus-Linie C (Courdo11-Gruppe: Megavirus chilensis,…)




Vorlage:Klade/Wartung/Style

Anmerkung: Kursivschrift für vorgeschlagene Spezies.

Virophagen

Der Zamilon-Virophage parasitiert (neben den Mimiviren im engeren Sinn, Linie C) unter den Moumouviren (d. h. Linie B) das Moumouvirus Monve (Monve-Virus),[46] und das Acanthamoeba polyphaga Moumouvirus (APMoV).[15]

Einzelnachweise

  1. a b c Frederik Schulz, Lauren Alteio, Danielle Goudeau, Elizabeth M. Ryan, Feiqiao B. Yu, Rex R. Malmstrom, Jeffrey Blanchard, Tanja Woyke: Hidden diversity of soil giant viruses, in: Nature Communications Band 9, Article number: 4881 vom 19. November 2018, doi:10.1038/s41467-018-07335-2
  2. a b c d e f Christoph M. Deeg, Cheryl-Emiliane T. Chow, Curtis A. Suttle: The kinetoplastid-infecting Bodo saltans virus (BsV), a window into the most abundant giant viruses in the sea…, in: eLife Sciences 7, März 2018, doi:10.7554/eLife.33014
  3. a b c d Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH: Create a megataxonomic framework for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins filling all principal taxonomic ranks. ICTV Proposal 2019.003G, April–Juli 2019
  4. a b c d Peter J. Walker: [1], auf: ICTV Proposals, 19. Oktober 2019
  5. a b c Peter J. Walker: 2019.003G.Uc.v2.Divdnaviria (xlsx) Vorschlag an das ICTV, 16. August 2019
  6. a b Sharon Clouthier, Eric Anderson, Gael Kurath, Rachel B. Breyta: Molecular systematics of sturgeon nucleocytoplasmic large DNA viruses, in: Mol Phylogenet Evol 128, Juli 2018, doi:10.1016/j.ympev.2018.07.019
  7. a b c d Niyaz Yoosuf, Natalya Yutin, Philippe Colson, Svetlana A. Shabalina, Isabelle Pagnier, Catherine Robert, Said Azza, Thomas Klose, Jimson Wong, Michael G. Rossmann, Bernard La Scola, Didier Raoult, Eugene V. Koonin: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus Represents a Third Lineage of the Mimiviridae That Is Close to the Megavirus Lineage, in: Genome Biol. Evol., Volume 4, Issue 12, Dezember 2012, S. 1324–1330, doi:10.1093/gbe/evs109
  8. a b c Bernard La Scola, Angélique Campocasso, Rolande N’Dong, Ghislain Fournous, Lina Barrassi, Christophe Flaudrops, Didier Raoult: Tentative Characterization of New Environmental Giant Viruses by MALDI-TOF Mass Spectrometry, in: Intervirology Nr. 53, Juni 2010, S. 344–353, doi:10.1159/000312919
  9. David M. Needham, Alexandra Z. Worden et al.: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators, in: PNAS, 23. September 2019, doi:10.1073/pnas.1907517116, ISSN 0027-8424, hier: Supplement 1 (xlsx)
  10. ICTV: Master Species List 2018b.v2. Abgerufen am 6. August 2019. MSL #34v
  11. NCBI: Wildcard-Suche nach *Moumou*
  12. Didier Raoult, Anthony Levasseur, Bernard La Scola: PCR Detection of Mimivirus, in: Emerging Infectious Diseases, Juni 2017, Bd. 23, Nr. 6, S. 1044–1045, doi:https://dx.doi.org/10.3201/eid2306.161896, PDF
  13. UniProt: Taxonomy - Acanthamoeba polyphaga moumouvirus (SPECIES)
  14. NCBI: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus
  15. a b Virus-Host DB: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus
  16. a b c d Natalya Yutin, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin: Origin of giant viruses from smaller DNA viruses not from a fourth domain of cellular life, in: Virology Volumes 466–467, Oktober 2014, S. 38–52, doi:10.1016/j.virol.2014.06.032 – Die Autoren unterscheiden Acanthamoeba polyphaga moumouvirus, Moumouvirus, Moumouvirus Monve und Moumouvirus goulette
  17. a b Julien Guglielmini, Anthony C. Woo, Mart Krupovic, Patrick Forterre, Morgan Gaia: [2], in: PNAS 116(39), 10./24. September 2019, S. 19585–19592, doi:10.1073/pnas.1912006116, PMID 31506349, Fig. 2
  18. NCBI: Saudi moumouvirus
  19. a b Leena H. Bajrai, Felipe L. de Assis, Esam I. Azhar, Priscilla Jardot, Catherine Robert, Jônatas Abrahão, Didier Raoult, Bernard La Scola: Saudi Moumouvirus, the First Group B Mimivirus Isolated from Asia, in: Front. Microbiol., 20. Dezember 2016, doi:10.3389/fmicb.2016.02029
  20. Diesen Vertreter listet das NCBI unter der Spezies Acanthamoeba polyphaga mimivirus (d. h. in der Linie A), gibt aber als Referenz die Arbeit von Bajrai et al. (2016) an, die im Titel "Saudi Moumouvirus, the First Group B Mimivirus Isolated from Asia" korrekt auf Linie B verweist.
  21. a b Kaoutar Zineddine: Virophages et virus geants, Universite Mohammed V, Faculte de medicine et de pharmacie, Rabat, Marokko, These No:99, 201 (Doktorarbeit, fr.)
  22. CAZy: Moumouvirus goulette
  23. Sailen Barik: A Family of Novel Cyclophilins, Conserved in the Mimivirus Genus of the Giant DNA Viruses, in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Band 16, Juli 2018, S. 231–236, doi:10.1016/j.csbj.2018.07.001
  24. NCBI: Moumouvirus goulette (Species)
  25. NCBI: Moumouvirus australiensis (Species)
  26. UniProt: Taxonomy - Moumouvirus australiensis (SPECIES)
  27. a b David C. Lamb, Alec H. Follmer, Jared V. Goldstone, David R. Nelson, Andrew G. Warrilow, Claire L. Price, Marie Y. True, Steven L. Kelly, Thomas L. Poulos, John J. Stegeman: On the occurrence of cytochrome P450 in viruses, in: PNAS 116 (25), Juni 2019, S. 12343–12352, doi:10.1073/pnas.1901080116, Tab. 1
  28. NCBI: Moumou virus M10A (Species) – Gattung unbestimmt
  29. CAZy: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus M10A – Gattung Mimivirus
  30. NCBI: Moumouvirus (Species) – Gattung unbestimmt
  31. UniProt: Moumouvirus (SPECIES)all lower nodes Moumouvirus – all lower nodes – Gattung unbestimmt
  32. NCBI: Moumouvirus moumou
  33. a b c Christelle Desnues, Bernard La Scola, Natalya Yutin, Ghislain Fournous, Catherine Robert, Saïd Azza, Priscilla Jardot, Sonia Monteil, Angélique Campocasso, Eugene V. Koonin, Didier Raoult: Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses, in: PNAS 109 (44), 30. Oktober 2012, S. 18078–18083, doi:10.1073/pnas.1208835109
  34. Steven W. Wilhelm, Jordan T. Bird, Kyle S. Bonifer, Benjamin C. Calfee, Tian Chen, Samantha R. Coy, P. Jackson Gainer, Eric R. Gann, Huston T. Heatherly, Jasper Lee, Xiaolong Liang, Jiang Liu, April C. Armes, Mohammad Moniruzzaman, J. Hunter Rice, Joshua M. A. Stough, Robert N. Tams, Evan P. Williams, Gary R. LeCleir: A Student’s Guide to Giant Viruses Infecting Small Eukaryotes: From Acanthamoeba to Zooxanthellae, in: Viruses 9(3). 46, März 2017, doi:10.3390/v9030046, PMC 5371801 (freier Volltext), PMID 28304329, [ https://mafiadoc.com/a-students-guide-to-giant-viruses-infecting-small-eukaryotes-mdpi_5994fa791723ddcb690db568.html Inline-PDF
  35. NCBI: Moumouvirus saoudian
  36. a b c d e Anthony Levasseur, Meriem Bekliz, Eric Chabrière, Pierre Pontarotti, Bernard La Scola, Didier Raoult: MIMIVIRE is a defence system in mimivirus that confers resistance to virophage, in: Nature Bd. 531, S. 249–252, 10. März 2016, doi:10.1038/nature17146Supplementary information (Tab. 2)
  37. NCBI: Moumouvirus Monve
  38. CAZy: Moumouvirus Monve
  39. Jônatas Abrahão, Lorena Silva, Ludmila Santos Silva, Jacques Yaacoub Bou Khalil, Rodrigo Rodrigues, Thalita Arantes, Felipe Assis, Paulo Boratto, Miguel Andrade, Erna Geessien Kroon, Bergmann Ribeiro, Ivan Bergier, Herve Seligmann, Eric Ghigo, Philippe Colson, Anthony Levasseur, Guido Kroemer, Didier Raoult, Bernard La Scola: Tailed giant Tupanvirus possesses the most complete translational apparatus of the known virosphere. In: Nature Communications. 9. Jahrgang, Nr. 1, 27. Februar 2018, doi:10.1038/s41467-018-03168-1 (nature.com).
  40. Nach Abrahão et al. (2018), Fig. 4, könnte dieses Virus evtl. mit (der Spezies) Moumouvirus weitläufiger verwandt sein als die Spezies Moumouvirus goulette.
  41. NCBI: Moumouvirus ochan
  42. NCBI: Moumouvirus battle49
  43. NCBI: Moumouvirus boug1
  44. NCBI: Moumouvirus istres
  45. Jônatas Abrahão, Lorena Silva, Ludmila Santos Silva, Jacques Yaacoub Bou Khalil, Rodrigo Rodrigues, Thalita Arantes, Felipe Assis, Paulo Boratto, Miguel Andrade, Erna Geessien Kroon, Bergmann Ribeiro, Ivan Bergier, Herve Seligmann, Eric Ghigo, Philippe Colson, Anthony Levasseur, Guido Kroemer, Didier Raoult, Bernard La Scola: Tailed giant Tupanvirus possesses the most complete translational apparatus of the known virosphere. In: Nature Communications. 9. Jahrgang, Nr. 1, 27. Februar 2018, doi:10.1038/s41467-018-03168-1 (nature.com).
  46. Gaia M, Benamar S, Boughalmi M, Pagnier I, Croce O, Colson P, Raoult D, La Scola B: Zamilon, a Novel Virophage with Mimiviridae Host Specificity. In: PLOS ONE. 9. Jahrgang, 2014, S. e94923, doi:10.1371/journal.pone.0094923, PMID 24747414, PMC 3991649 (freier Volltext).