Die Mestaruussarja 1945/46 war die 16. Spielzeit der finnische Fußballmeisterschaft seit deren Einführung im Jahre 1930. Sie begann am 19. August 1945 und endete am 21. Juni 1946.
Es wurden zwei getrennte Meisterschaften vom finnischen Fußballverband SPL und dem finnischen Arbeitersportverband TUL ausgespielt. Die Meister der beiden Organisationen trugen ein Endspiel um die finnische Meisterschaft aus. In diesem Fall gewann Vaasa IFK (SPL) gegen Tampereen Pallo-Veikot (TUL) mit 5:1 recht deutlich.
Die beiden Erstplatzierten der SPL und der TUL ermittelten im Modus Best of Three den finnischen Meister. Die Spiele fanden am 10. Juli in Tampere, 21. Juli in Vaasa und 7. August in Helsinki statt.