Diese Seite ist ein Archiv abgeschlossener Diskussionen. Ihr Inhalt sollte daher nicht mehr verändert werden. Benutze bitte die aktuelle Diskussionsseite, auch um eine archivierte Diskussion weiterzuführen.

Um einen Abschnitt dieser Seite zu verlinken, klicke im Inhaltsverzeichnis auf den Abschnitt und kopiere dann Seitenname und Abschnittsüberschrift aus der Adresszeile deines Browsers, beispielsweise

[[Wikipedia Diskussion:WikiProjekt Mikroorganismen/Archiv/2008#Thema 1]]

oder als Weblink zur Verlinkung außerhalb der Wikipedia

https://de.wikipedia.org/wiki/Wikipedia_Diskussion:WikiProjekt_Mikroorganismen/Archiv/2008#Thema_1

Es gibt verschiedene Gründe warum Taxa nicht valide publiziert wurden. Welche sollen hier dennoch erwähnt werden und bei welchen ist selbst die Erwähnung kontraproduktiv. Die Fachliteratur hilft hier nicht weiter, da in einigen Bereichen rege publiziert wird, in anderen mangels Interesse eine Klärung nicht erfolgt.

Ein Vorschlag --Bollisee 16:10, 26. Okt. 2008 (CET):

(1) Mangels Stammhinterlegung wird ein Taxon nicht berücksichtigt, oder sogar gestrichen: Sinnvoll wäre hier eine Berücksichtigung, da das Taxon eigentlich eine Berechtigung hat. Ebenso sollte man mit Candidati verfahren.

(2) Ein Taxon wurde nicht validiert und ist phylogenetisch nicht gerechtfertigt: Sollte man ignorieren, da für nicht geübte Betrachter nur Verwirrung entsteht. Andere Leser machen eine unnötige Recherche.

(3) Ein Taxon wurde validiert, ist aber phylogentisch nicht gerechtfertigt: Wird berücksichtigt, da es hierfür Gründe geben kann, Beispiel Shigella dysenteriae.

(4) Ein Taxon wurde nicht validiert, ist aber phylogenetisch gerechtfertigt: Sollte man trotzdem berücksichtigen. Eventuell sollte man hier vorerst auf einem 16S-rRNA Gensequenzunterschied bestehen, der eine neue Familie vermuten lässt (Sequenzunterschied >> 3%).

Die gute Nachricht ist, es gibt 4 Quellen, die alles wesentliche liefern. Für die höheren Taxa sind Bergey's und TOBA recht aktuell und maßgeblich, für die Gattungen und Arten ist die Definition in IJSEM maßgeblich, schön zusammengefaßt und absolut akuell in Euzebys Liste. Für eine Artbeschreibung ist übrigens nur Gattung und Art notwendig. Dazu kann hilfreich The Prokaryotes sein, sowie die phylogenetische Information, die die SILVA und LTP-Datenbanken, eventuell noch RDP, liefern. Die schlechte Nachricht, teilweise wirkt sich das auf die Information der einzelnen Artikel aus, aber das sollte ja auch Ziel der Sache sein, war zumindest der Anlass meiner Diskussion. Am Ende könnte mehr Information aus der Fachliteratur statt einzelner Lehrbücher kommen. Ich habe einzelne ganz gut recherchierte Artikel gesehen. Zusammengenommen ist das alles viel mehr, als nur ein bisschen Taxonomie gemacht.

Grundsätzlich willens, einen entsprechenden Vorschlag zu machen und ihn mit umzusetzen, ja. Im Rahmen meiner zeitlichen Möglichkeiten gerne. Prinzipiell kann man das ja Stück für Stück machen, beispielsweise ein Phylum nach dem anderen aufarbeiten. Entsprechend kann ich Vorschläge dazu liefern, bzw. die offizielle Definition... Am Ende könnte in obigem Beispiel Clostridien via einer BKS auf die anderen Begriffe mit den Artikeln Clostridia (Klasse), Clostridiales, Clostridiaceae und Genus Clostridum weiterleiten. In den Artikeln stehen die Begriffe dann anschaulich und vor allem korrekt mit aktuellem und zu erwartendem Stand. Man bräuchte ein paar Mitstreiter (wikipediatechnisch bin ich Anfänger) und vor allem keine ewigen Diskussionen wegen der Lemmata... --Bollisee 02:08, 30. Aug. 2008 (CEST)

Bei der Renovierung anderer Systematiken hat sich in der Redaktion ein anderes Verfahren eher bewährt: erst sollte eine Systematik erstellt werden (siehe als Beispiel Systematik_der_Pilze oder Systematik der Eukaryoten), diese sollte dann anschließend von oben nach unten umgesetzt werden. Ich schlage vor, wir ziehen zur weiteren Diskussion nach Wikipedia:Redaktion Biologie/Systematik der Bakterien um. Denis Barthel 20:05, 30. Aug. 2008 (CEST)

Die Systematik ist bereits fertig vorgegeben, man müsste sie hier nur noch umsetzen. Ich habe einen Vorschlag formuliert, wie es ME am sinnvollsten umzusetzen wäre mit frei zugänglichen Quellen. Vielleicht ist sprachlich noch ein wenig dran zu feilen, damit es auch für den Laien sofort verständlich ist. Den Artikel sollte übrigens in "Systematik der Bakterien und Archaeen" umbenannt werden. --Bollisee 02:14, 31. Aug. 2008 (CEST)

Ich fände es sinnvoll, erst einmal eine verbindliche Systematikquelle für die allgemeinen "Bakterienartikel" (vielleicht ab Ordnungs- oder Familienebene) zu definieren (unabhängig von dem Artikel Systematik der Bakterien). persönlich habe bis jetzt immer Jean P. Euzéby (LPSN) und / oder NCBI (hier einfach oben links unter "search for" den Namen eingeben) genutzt. Bei NCBI findet man auch ("inoffizielle") Taxa von noch nicht veröffentlichten Arbeiten, ob das ein Vorteil bin ich mir nicht mehr so sicher (ein Lexika sollte ja eigentlich kein Blick in die Zukunft sein sondern den gesicherten Wissensstand wiedergeben). Von daher würde ich für Euzéby als verbindliche Systematikquelle (zumindest ab Familienebene, meiner Ansicht nach eher schon ab Ordnungen) plädieren. Für höhere Taxa und den Artikel Systematik der Bakterien und Archaeen währen Bergey's Manual oder The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea (TOBA), wie von Bollisee schon vorgeschlagen, sinnvoll. Ich bin absolut kein Phylogenie-Experte, ist also nur ein Vorschlag. Wenn wir uns einigen, würde ich dann auch die Listen der Taxa in den einzelnen Artikel entsprechend anpassen. --Kogge 12:17, 31. Aug. 2008 (CEST)

Schau mal in den unteren Teil der Diskussion. Da habe ich mal angefangen, das was man an Systematik vorgeben kann aufzustellen. Die Archaeen wären so schon fertig. Die Bakterien wären noch fertig zu stellen. Die dicken Brocken, Actinobacteria, Firmicutes und Proteobakterien fehlen noch.

Euzeby ist leider für die höheren Kategorien unvollständig, da er nur die nach dem Code der bakteriellen Nomenklatur valide beschriebenen Taxa listet. TOBA ist da etwas konsequenter bei der Struktur der Nomenklatur. Daraus leitete sich der Vorschlag ab, um nicht zu viel Verwirrung zu stiften. Prinzipiell hast Du aber Recht. Bei einem Dissens der beiden Werke ist Euzeby meist der korrekte Weg. Ich glaube in den wenigen Fällen sollte man sich direkt damit auseinandersetzen. Vielleicht stellt sich das beim Erstellen der Liste heraus. --Bollisee 14:16, 31. Aug. 2008 (CEST)

Die Leitlinien könnte man vielleicht in zwei Teile trennen, eine kurze Schritt-für-Schritt-Erklärung und dann eine Begründung dafür hinten anstellen. Die Begründung kann dann ausführlicher sein, die Leitlinien bleiben für jeden Autor sofort verständlich. --Bollisee 15:15, 31. Aug. 2008 (CEST)

Nochmal zu TOBA und LPSN (Euzeby): Gefällt mir soweit schon ganz gut, ich glaube aber nicht, dass es wenige Fälle sind, wo Unstimmigkeiten zwischen den Quellen auftauchen. Beispiel bei Ordnung Xanthomonadales: In Euzeby 2 Familien, Sinobacteraceae (von 2008) und Xanthomonadaceae, bei TOBA (und auch bei NCBI) fehlt Sinobacteraceae. Solche Probleme hatte ich schon recht häufig (ich habe mir die Bakterienartikel für die Qualitätssicherung vorgenommen und bin da meist auf Familienebene zugange). Von daher würde ich vorschlagen LPSN konsequent ab Familienebene anzuwenden, d.h. also auch in diesem Artikel, leider müsste das dann hier wohl hier nochmal überarbeitet werden. Ich hoffe mal du hast jetzt nicht schon noch mehr eingetippt. Wie ist es mit den Proteobakterien? Da die meisten von mir überarbeiteten Artikel Taxa der Proteobacteria sind, würde ich mir gern dieses Phylum vornehmen und hier rein setzen. Desweiteren werde ich alle Gattungs- und Artenlisten in den Bakterienartikel nach Euzeby umändern. Gruß, --Kogge 16:00, 31. Aug. 2008 (CEST)

Proteos, das wäre hervorragend. ME das einfachste Vorgehen: Die Namen von RDP holen. Du gehst in den Browser, folgende Einstellungen: Type, Isolates, both, both, nomenclatural. Dann klickst Du Proteobacteria an (nicht das +) und änderst die Einstellung von Auto auf 4 Ebenen. Dann sollten Dir die Proteos bis zur Familie angezeigt werden. Das kannst Du mit "Copy" und "Inhalte einfügen" (unformatierter Text) beispielsweise in OpenOffice Calc einfügen. Dort entfernst Du bequem mit "Ersetzen" alle unnötigen Einträge und fügst gleichzeitig die Sternchen ein. Die Zahlen am Ende entfernst Du auch, die meiste Arbeit, sortier noch die Ordnungen und Familien alfabetisch. Dadurch erhältst Du genau das Gerüst für die Liste, Ergänzungen später. Bitte entferne alle unclassified auch gleich. Um die können wir uns auch später kümmern. Wärst Du bereit eventuell auch gleich die Fusobakterien und Bacteroides zu machen? Das würde phylogenetisch zusammenpassen.

Sobald die Liste steht, kannst Du mich auf die verschiedenen Unstimmigkeiten aufmerksam machen. Mach Dir nichts draus, dass es bei den Proteos Unstimmigkeiten gibt. Die haben ihren Grund. Man könnte das mit kleinen Buchstaben markieren. Wenn wir wissen, wo es Probleme gibt, dann schlage ich vor, schaue ich mal ein bisschen mit ARB nach den phylogenetischen Ursachen und wir können dann diskutieren, wie wir weiter fortfahren. Größere Probleme erwarte ich nur bei den Gamma-Proteobakterien und den Firmicutes. Das liegt vor allem an der größeren Anzahl 16S rRNA Genkopien in deren Genom. Die Firmicutes würde ich unter meine Fittiche nehmen.

Noch jemand drittes für die Actinobacterien würde übrigens auch nicht schaden, die sind bisher nur angefangen. --Bollisee 18:01, 31. Aug. 2008 (CEST)

Danke für den Tip, Fusobakterien und Bacteroides übernehme ich dann auch noch. Die Familien werde ich dann mit Euzeby vergleichen und Unstimmigkeiten hier dann berichten. Gruß, --Kogge 18:54, 31. Aug. 2008 (CEST)

Herformidabel, da geht hier ja die Post ab.

Zum Sinobacter flavus und Sneathiellales, das ist ja ein richtiges Lehrstück. Hab mir den Sachverhalt mal angeschaut und komme zu dem Ergebnis: Ein klasse PR-Gag von Zhou et al. (2008). Die haben den Editior und die Reviewer von IJSEM übertölpelt. Das wird garantiert noch Ärger geben. Ich würde behaupten, das Dings darf maximal "Solimonas soli ssp. flavi" heißen (99% Sequenzähnlichkeit). Wenn es eine eigene Art werden könnte, dann Solimonas flavi, aber der Author hat versäumt, seinen Typstamm überhaupt von Solimonas soli abzugrenzen. Die Familie wäre per Schnellblick, wenn überhaupt, Nevskiaceae; für Nevskiaceae gibt Euzeby selbst eine Warnung aus. Daher würde ich Nevskiaceae und Solibacteraceae aus unserer Liste raushalten und erst wenn die Taxonomen sich einig sind, entsprechende Änderungen machen. Ich gebe den Sinobacteraceae ein halbes Jahr, dann werden sie zu Recht abgeschossen. Derzeit sind sie falsch, aber legal... Kein Wunder, dass Du da Schwierigkeiten hattest. --Bollisee 20:01, 31. Aug. 2008 (CEST)

Ok, ich habe jetzt Proteobacteria und Fusobacteria hinzugefügt und mit Euzeby vergleicht, folgende Familien waren bei Euzeby zusätzlich zu finden: Rhizobiales: Cohaesibacteraceae und Xanthobacteraceae. Rhodobacterales: Hyphomonadaceae. Sphingomonadales: Erythrobacteraceae. Ordnung der Alphaproteo: Sneathiellales (mit Sneathiellaceae). Ordnung Chromatiales: bei Euzeby noch Granulosicoccaceae Lee et al. 2008, Ordnung Methylococcales: Crenotrichaceae. Ordnung Xanthomonadales: Sinobacteraceae. Diese Familien und die Ordnung Sneathiellales habe ich hinzugefügt. Das bei Euzeby zu findende Taxa Erythrobacteraceae besitzt hier übrigens schon einen eigenen Artikel. Fusobacteria: Leptotrichiaceae bei Euzeby, habe ich ebenfalls erst einmal mit hinzugefügt (Leptotrichiaceae werden auch im Bergeys Outline, Volume 4 mit aufgeführt). Wie sollen wir jetzt bei wohl problematischen Taxa wie Sinobacteraceae vorgehen? Ein Aussortieren ist nicht immer einfach (Enzyklopädie sollte neutral sein und den aktuellen Stand des Wissens wiedergeben), mir wäre es lieber Euzeby konsequent anzuwenden oder zumindest kurz auf solche Taxa verweisen. Z.B. unter einen Abschnitt wie "nicht näher berücksichtigte Taxa" aufführen. Gruß --Kogge 13:11, 1. Sep. 2008 (CEST)

Xanthobacteraceae, Hyphomonadaceae, Erythrobacteraceae wie in (Lee et al. 2005) geht schon mal in Ordnung, die Untersuchung ist sauber gemacht. Ordnung Sneathiellales und darunter (Kurahashi et al. 2008) geht auch in Ordnung. Cohaesibacteraceae (Hwang and Cho, 2008), na ja, wahrscheinlich. Granulosicoccaceae (Lee et al., 2008) hat mich noch nicht überzeugt, könnte aber sein. Sinobacteraceae ist Unsinn und sollte nicht in ein Nachschlagewerk. Bleibt noch der Brunnenfaden: Der wurde schon 1880 beschrieben, aber erst jetzt sequenziert. Ein sehr schönes Paper, aber klassifiziert haben die ihn zu recht nicht. Daher würde ich Crenotrichaceae mit einer Fußnote reinstellen. Hypothesen gehören zwar nicht hier her, aber da bleibt nichts anderes übrig: In 10 Jahren gibt es Crenotrichales - Crenotrichaceae - Methylomonas, Methylomicrobium, Methylosarcina, Methylobacter und Crenothrix. Methylococcus und Übergeordnete bleiben zusammen. Da gibt es viele Unbekannte, Phylogenie, die Taxonomieregeln, ausgprägte Meinungen, auf jeden Fall wird in dem Bereich noch kräftig aufgeräumt werden müssen. Ich kann die Sachen gerne noch genauer belegen, wenn gewünscht, nur denke ich wird die Diskussion hier unübersichtlich, dann vielleicht separat?

Sieh es mal so, Euzeby ist Recht und Ordnung, die dem aktuellen Gesetz folgen muß, auch wenn das in 3 Monaten wieder modifiziert wird (Macht er aber freiwillig). Heißt noch lange nicht, daß alle Gesetze Sinn machen. Neutral sein hieße für mich hier, Anwendung des Sinnvollen. Da derzeit sowieso alles in Bewegung ist, schlage ich vor, mit einjähriger Verzögerung die Kategorien einzuführen. Kategorien, die sich nach phylogenetischer Beurteilung leicht nachvollziehen lassen, kann man gleich einführen, beim Unsinn wäre abwarten sinnvoll. (In einigen Fällen wie Crenothrix kann man nicht einmal neutral sein.) Sollte ein neuer Artikel eine Korrektur dringlich werden lassen, dann denke ich, sollte man den Einzelfall genau anschauen und entsprechend Vorschläge machen. --Bollisee 15:44, 1. Sep. 2008 (CEST)

Leptotrichaceae geht auch in Ordnung, die werden Bestand haben. --Bollisee 17:38, 1. Sep. 2008 (CEST)

Habe die Proteobacterien noch ein wenig an die Gepflogenheiten der Mikrobiologen und die Phylogenie angepasst. Wenn Du meinst, dass es so überhaupt nicht ginge, dann mach es rückgängig. Ich finde sie jedoch ununterteilt sehr gewöhnungsbedürftig.

Noch kurz zu Deiner Anmerkung:"(ein Lexikon sollte ja eigentlich kein Blick in die Zukunft sein, sondern den gesicherten Wissensstand wiedergeben)". Stimmt! Das Problem hierbei ist, dass der letzte gesicherte Wissenstand die Neueinteilung der Schizophyta in die Domäne Bakterien ist. Keiner ist glücklich die Taxa hin- und herzuschieben. Geht aber nicht anders. So findet eben gerade die Taxonomie zur Phylogenie. Die Taxonomie funktioniert aber auch nach einer Art reviewtem Wiki-Prinzip, bei dem zwar wissentlich nicht sabotiert wird, aber leider unwissentlich. Dann dauert es eine Weile bis es wieder korrigiert ist. Ist also fehleranfälliger als die Standardwerke der Phylogenie, da hier nur einzelne Leute einen Blick auf das Ganze haben. Sprich, bei denen ist hin und her eigentlich nicht zu erwarten. So gibt es leider kein richtig und falsch. Daher empfehle ich eher die Phylogenie als Vorbild, um vorsichtig das Kommende einzupflegen. Bei den höheren Taxa ist die Taxonomie eh nur bruchstückhaft...

Die von Dir gefundenen Widersprüche habe ich folgendermaßen beurteilt. Zunächst die Originalliteratur nach Stichhaltigkeit überprüft, dann nach möglichen Fehlern. Dann habe ich die Phylogenie mit Hilfe von Maximum-Likelihood-Bäumen in ARB-Silva und der LTP-Datenbank überprüft, wenn nötig. Das Ergebnis muß dann gegen einzelne Taxa gesichert werden. Hier gilt, die erste Publikation ist maßgeblich. So wurde beispielsweise Ralstonia eutropha zwangsläufig in Cupriavidus nectator umbenannt, auch wenn der Name ungebräuchlich ist. --Bollisee 18:03, 1. Sep. 2008 (CEST)

Ok, dann lassen wir fragliche Taxa, wie Sinobacteraceae, erst einmal einfach weg. Es verwirrt ja auch nur, wenn man hier alle Möglichkeiten aufführt. Außerdem hast Du ja auch Recht, wenn sich die „Taxonomen“ unter einander nicht einig sind (mal salopp formuliert) ist man wohl gezwungen aussortieren. Erst einmal abwarten, wie von Dir vorgeschlagen, ist dann sinnvoll.

Zu Crenotrichaceae: Da sollten wir uns natürlich festlegen, wo wir sie hinstellen. Über den Brunnenfaden existiert ja auch schon ein Artikel, hier zu den Gammaproteobacteria gestellt. Ich richte ich mich nach Dir, Du könntest dann ja die Fußnote auch schon mal reinsetzen.

Für den Burschen gibt es eben eine längere Fußnote und noch mehr Literaturangaben. Da fällt sicher auch was für den Orignialartikel ab. --Bollisee 15:50, 2. Sep. 2008 (CEST)

Sehr schön wäre es wenn Du die von Dir genutzte Originalliteratur dann im eigentlichen Artikel unter Abschnitt Literatur angeben würdest. Literaturangaben sind in Wiki ja allein schon zur Absicherung gefordert, ich finde es aber auch schön wenn man als Leser und auch als Autor die Möglichkeit hat, sich schnell weitergehend zu informieren, ohne das man selbst auf Quellensuche gehen muss. Von daher fände ich es auch nicht schlimm, eher gut, wenn die Literaturliste auch ein wenig umfangreich wird. Auch weiterführende Literatur, die hier nicht näher genutzt wird, wäre vielleicht interessant, z.B. über Schizophyta. Aber da kannst Du ja mal schauen, was Dir sinnvoll erscheint.

Ganz obsolete Sachen sollten draußen. Bei Sachen die nach wie vor verschieden verwendet werden, wieder die Fußnote. Wenn man konsequent ist, wird die Literaturliste ewig, da werden wir mal einen verünftigen Kompromiss finden. --Bollisee 15:50, 2. Sep. 2008 (CEST)

Deine Unterteilung der Proteobakterien ist so natürlich vernünftig, ich hatte die einzelnen Taxa ja erst einmal einfach nur aufgelistet. Der eigentliche Artikel müsste ja eh noch mal formatiert werden, das könntest Du dann ja auch übernehmen.

In diesem Format erscheint mir die Liste sogar recht gut lesbar. Bakterien und Archaeen können die eine Kategorie höher eingestuft werden, mit dem Querstrich. Danach können wir uns mit Anmerkungen beschäftigen. --Bollisee 15:50, 2. Sep. 2008 (CEST)

Ich schlage weiterhin vor, das wir bei den anderen Phyla genauso weitergehen, ich überprüfe das ganze noch mal mit Euzeby und wir schauen hier dann noch mal was sinnvoll ist und was nicht. Ich weiss nicht, ob ich das heute noch schaffe, denke aber spätestens morgen. Sieht doch schon mal ganz ordentlich aus! Gruß --Kogge 12:48, 2. Sep. 2008 (CEST)

Gerne. Ich untersuche die Munition, die Du mir lieferst. Bei der Aktion kannst Du vielleicht gleich die Anführungszeichen einführen. Übrigens, bei IJSEM kannst Du Dir die Table of Contents zuschicken lassen, darin sind die jeweiligen Änderungen verzeichnet. Für Neuigkeitensichtung reichen die öffentlich zugänglichen Abstracts --Bollisee 15:50, 2. Sep. 2008 (CEST)

Hab unten für Denis mal kurz die Gänsfüßchen-Idee ausgeführt. --Bollisee 22:42, 2. Sep. 2008 (CEST)

So jetzt noch mal Änderungen nach Euzeby bis Actinobacteria, morgen mache ich weiter (wahrscheinlich besser zu sehen wenn Du einfach oben auf Versionen/Autoren gehst uns dann auf Versionen vergleichen mit Version 22:42, 2. Sep. 2008):

Crenarchaeota: von Euzeby Ordnung „Caldisphaerales“, bei Klasse „Methanomicrobia“: Ordnung Methanocellales

Klasse Actinobacteria: nach Euzeby wurde Microsphaeraceae aufgelöst und nach Nakamurellaceae gestellt. Neu von Euzeby: Unterordnung Catenulisporineae mit Catenulisporaceae (vorher in Micrococcineae) und Actinospicaceae. Von Euzeby: Familie Yaniellaceae (Micrococcineae), von Euzeby Ordnung Bifidobacteriales

Die jeweiligen Anführungszeichen habe ich zunächst einfach nach Euzeby gesetzt, wie wir damit weiterverfahren (ob Buchstaben / Zahlen) können wir dann ja immer noch entscheiden.

Soweit jetzt alle Euzebys "eingebaut".

Phylum „Aquificae“: Zusätzlich Familien: Desulfurobacteriaceae und Hydrogenothermaceae. Bacteroidetes: Familie „Marinilabiaceae“.

Phylum Bacteriodetes: In Sphingobacteria: Familie Crenotrichaceae rausgenommen (bei Euzeby zu Proteos), neu: "Cyclobacteriaceae" und "Chitinophagaceae". Cytophagaceae anstatt Flexibacteraceae.

Phylum „Chloroflexi“: Von Euzeby: Class Anaerolineae und Class Caldilineae.

Phylum Dehalococcoides bei Euzeby nicht geführt.

Phylum Deinococcus-Thermus: Ordnung Thermales

Firmicutes: von Euzeby: Caryophanaceae, Oscillospiraceae, Halanaerobiales , Natranaerobiales und Klasse Thermolithobacteria

Spirochaetes : von Euzeby Brevinemataceae und statt Familie Serpulinaceae Brachyspiraceae

Verrucomicrobia: mit 2 Klassen: Verrucomicrobiae und Opitutae, in letzterer Ordnung Puniceicoccales und Order Opitutales, hier Familie Opitutaceae (vorher in der Ordnung Verrucomicrobiales). Xiphinematobacteriaceae bei Euzeby nicht vorhanden

Desweiteren wird bei Euzeby noch die Klasse Ktedonobacteria unter Unclassified "Bacteria" geführt (habe ich ersteinmal ganz weggelassen).--Kogge 20:03, 4. Sep. 2008 (CEST)

Das sieht mir nach einer heftigen Recherche aus, alle Achtung. Du hast tatsächlich auch noch Sachen gefunden, die mir entgangen waren, obwohl ich es nachgeschlagen hatte (Acidobacteria). Bei der Publikation der Ktedonobacteria waren die Authoren lediglich nicht mutig genug die als Phylum etc. zu publizieren, zwei weitere Phyla scheinen bald konkret zu werden, "Candidate Phylum Synergistetes" und das "Phylum OP10", das "Phylum Elusimicrobia" ist auch bald vertreten. Ich habe den Eindruck, daß wir hier möglicherweise bald die kompletteste Liste der höheren Bakterientaxonomie haben... (weiltweit). Ich werde die Phylogenie der gelisteten Taxa allerdings erst am Montag überprüfen können, da ich erst dann wieder die Originalliteratur einsehen und phylogenetische Analysen/Einschätzungen machen kann. Gruss, --Bollisee 02:38, 5. Sep. 2008 (CEST)

Ich habe bei den Euryarchaeota noch Methermicoccaceae von Euzeby hinzugefügt

Die ersten untersuchten Änderungen, ich zitiere den Text von oben und merke in kursiv an: Klasse Actinobacteria: nach Euzeby wurde Microsphaeraceae aufgelöst und nach Nakamurellaceae gestellt. Ja wegen Namensgleichheit mit einem Pilz. Neu von Euzeby: Unterordnung Catenulisporineae mit Catenulisporaceae (vorher in Micrococcineae). Bisschen kleinlich, aber ok. und Actinospicaceae. Bisschen kleinlich, aber ok. Beide gehören wahrscheinlich zusammen. Von Euzeby: Familie Yaniellaceae (Micrococcineae). Dann würde Micrococcaceae paraphyletisch, widerpricht ganz deutlich der Phylogenie – vorerst nicht aufnehmen. Von Euzeby Ordnung Bifidobacteriales. Das wurde bereits 1997 vorgeschlagen, hat wohl einen Grund, daß es nicht in TOBA ist, muß ich wohl genauer nachschauen. Phylum „Aquificae“: Zusätzlich Familien: Desulfurobacteriaceae ok und Hydrogenothermaceae Den noch zurückhalten, hier ist was faul. Bacteroidetes: Familie „Marinilabiaceae“ Da gibt es eine Warnung. Muß ich genauer nachschauen. Phylum Bacteriodetes: In Sphingobacteria: Familie Crenotrichaceae rausgenommen (bei Euzeby zu Proteos) Zu denen hatten wir schon gesagt, lange Geschichte – hintenanstellen, ist bei den Proteos aber richtig. neu: "Cyclobacteriaceae" ok und "Chitinophagaceae" ok. Cytophagaceae anstatt Flexibacteraceae. Flexibacter ist polyphyletisch, daher sollten erstmal beide bleiben. --Bollisee 15:10, 8. Sep. 2008 (CEST)

Phylum „Chloroflexi“: Von Euzeby: Class Anaerolineae und Class Caldilineae. ok. Phylum Dehalococcoides bei Euzeby nicht geführt. Über Phyla hat der nicht die Hoheit, aber auch hier ist erstmal Recherche angesagt. Phylum Deinococcus-Thermus: Ordnung Thermales ok. Firmicutes: von Euzeby: Caryophanaceae, Oscillospiraceae, Halanaerobiales , Natranaerobiales und Klasse Thermolithobacteria Firmicutes is' so 'ne Sache, die brauchen wahrscheinlich viel Nacharbeit. Spirochaetes : von Euzeby Brevinemataceae publiziert, aber wohl schlechte Sequenzqualität, vorerst nicht. und statt Familie Serpulinaceae Brachyspiraceae ok. Verrucomicrobia: mit 2 Klassen: Verrucomicrobiae und Opitutae, in letzterer Ordnung ' Puniceicoccales und Order Opitutales, hier Familie Opitutaceae (vorher in der Ordnung Verrucomicrobiales).ok. Xiphinematobacteriaceae bei Euzeby nicht vorhanden Sind nur Candidati, daher nicht gelistet, fällt also unter später. Desweiteren wird bei Euzeby noch die Klasse Ktedonobacteria unter Unclassified "Bacteria" geführt (habe ich ersteinmal ganz weggelassen).Machen wir später --Bollisee 19:33, 8. Sep. 2008 (CEST)

Esrt einmal zwei Anmerkungen: Bifobacteriales mit Familie Bifidobacteriaceae stehen so auch im TOBA-pdf und da Du dir es noch mal anschauen wolltest, werde ich es so erst einmal stehen lassen. Das gleiche für Halanaerobiales: Steht im TOBA-pdf, lasse ich erst einmal unter Firmicutes stehen. Die restlich bearbeitete Liste folgt im Laufe des Abends (ich war in den letzten Tagen gesundheitlich ein wenig angeschlagen, von daher erst jetzt meine Rückmeldung) Bis heute Abend --Kogge 13:00, 10. Sep. 2008 (CEST)

Sieht hervorragend aus. Bifidos können also ohne Nachsehen bleiben. Die Firmicutes bleiben sowieso ein Problem, Du kannst gerne mal in Wolfgang Ludwigs Outline der Firmicutes reinschauen, ganz unverdächtig in Figure 7 sind die bösen Hunde versteckt. Es könnte durchaus sein daß dies weitere Phyla sind. Wenn selbst der Erfinder von ARB da nicht weiter weiß (wenn man laut zum Thema schweigt), brauchen wir uns da erstmal keine Sorgen machen. Da können wir nur am Ball bleiben. Der Genus Dehalococcoides scheint nicht valide publiziert (kein Isolat aber ein Metagenome?), also vorerst nicht. Damit wären wir praktisch durch, mit den restlichen Problemen können wir leben und die bei Bedarf korrigieren. Habe ich noch was vergessen? Anschließend sollten wir mal laut überlegen, wie wir Anmerkungen zu den von uns verzeichneten Änderungen notieren, so dass wir sauber dokumentieren können, mit den von mir benutzten zusätzlichen Quellen, eine extra hochgestellter Buchstabe nach unten verlinkt scheint ja nicht wirklich gemocht zu werden. Eine Extra Liste mit den strittigen Positionen? --Bollisee 13:58, 10. Sep. 2008 (CEST)

Wenns nur darum geht, Quellen für bestimmte Einstufungen/Taxa/Wasauchimmer zu geben, dann sollte doch ein einfacher Einzelnachweis genügen (WP:Einzelnachweise)? Ansonsten bitte ich für meine "Faulheit" um Entschuldigung, auch ich leide an einer Erkältung, habe zusätzlich noch was im Schreibwettbewerb laufen und -offen gestanden- verstehe hier nur sehr wenig, lese aber stets mit und bin echt angetan von dem, was hier läuft. Gruß, Denis Barthel 14:55, 10. Sep. 2008 (CEST)

Leider ist es nicht immer mit einem Einzelnachweis getan. An ein paar Stellen muß man doch mehr als nur neutral dokumentieren, auch wenn es nicht im Sinne von Wikipedia ist; sicherlich einer der Gründe, warum nur so wenig Leute hier was schreiben konnten. Beispielsweise oben Yaniellaceae oder Sinobacteraceae: Man sollte irgendwo das Nichtlisten dokumentieren, da drin kommen wieder die Einzelnachweise. Mit einem Nachweis reicht das nicht, kaum einer wird die Quellen alleine verstehen, und außerdem ist der Zugang zu den Quellen erschwert, denn Keiner wird mal schnell einen Artikel für 40 US$ kaufen, wo andere von ihrer Institution zugreifen können. Eine kurze Erklärung mit Beleg wäre folglich nicht dumm, darum erst in der Erklärung die Quellenangaben. Wenn Du da Ideen hast, wie man das machen kann, oder habe ich es schon zu kompliziert geschrieben. Ich glaube mit den gewöhnlichen Methoden wird es nicht einfach sein. --Bollisee 17:50, 10. Sep. 2008 (CEST)

Hallo, ich habe es gestern doch nicht mehr geschafft. Die von Dir vorgeschlagenden Änderungen habe ich jetzt in der Liste vorgenommen. Zu der Idee Eine Extra Liste mit den strittigen Positionen?: Halte ich für sehr sinnvoll! Mein Vorschlag: Der Abschnitt "Problematische Taxa" wo die jeweiligen Problemfälle aufgelistet werden und näher erklärt werden. Die Auflistung habe ich bereits vorgenommen (Hatte ich sowieso als Gedächtnisstütze vor). Im folgenden könntest Du dann zu den einzelnen Taxa etwas schreiben, hier könnte man dann ja auch die einzelnen Quellen per Fußnote angeben. So hätten wir das Quellenbproblem auch schon gelöst. Die Liste habe ich einfach mal "hingeschmiert", die Formatierung und Eingliederung, auch in Verbindung zum Abschnitt "Referenzliste höherer Taxa in den Domänen der Archaeen und Bakterien", könntest Du dann ja vornehmen. Ich schlage vor, das Du doch einfach mal nach deine Ideen hier umsetzt. Und bitte überprüfe auch meine Änderungen nochmal.

@Denis: Gute Besserung und ein "Beobachter" ist ja immer gut, somit hab schon mal Dank. Viele Grüße --Kogge 14:43, 11. Sep. 2008 (CEST)

Hab mal Beispiele eingefügt, damit wir Diskussionsstoff haben. Dabei habe ich gemerkt, dass es nicht nur viele Gründe gibt, sondern auch unschöne Gründe. Ich halte es nicht für gut, eine Publikation so öffentlich zu diskreditieren (Sinobacter), aber wie will man das sonst belegen? Ich habe den Eindruck, die Begründung sollte unbedingt in die Diskussion. In diesen Fällen sollte der Status eines solchen Taxons nach einem halben Jahr wieder zurückgesetzt worden sein, aber bis dann ist es schwierig. Es sei denn, es kräht eh kein Hahn danach, weil gar niemand auf die Idee kommt einen Artikel beispielsweise über Sinobacter zu schreiben. Meinungen? --Bollisee 23:32, 11. Sep. 2008 (CEST)

Wir könnten beispielsweise Sinobacteraceae im Artikel selber "kommentarlos", also ohne nähere Begründung in die Liste "Problematische Taxa" stellen. Die Erklärung zu Sinobacteraceae könntest Du dann in die Diskussion zum Artikel stellen, somit würde es nicht mehr so sehr öffentlich sein und wohl anders wirken (nicht als "Angriff" auf die Publikation). Oder Du hälst deine Begründung ganz zurück und lieferst sie nur bei "Bedarf", wenn z.B. jemand etwas über Sinobacter schreiben möchte. Neue Artikel im Bereich Bakterien entstehen zur Zeit eher selten, ein Artikel über Sinobacter im nächsten halben Jahr halte ich für eher unwahrscheinlich. Sinobacteraceae überhaupt nicht zu erwähnen fände ich falsch. Ich halte die erste Möglichkeit für das Beste: Im eigentlichen Artikel Sinobacteraceae nicht näher erklären, Begründung in der Diskussion zum fertigen Artikel stellen. Wäre so eine Zwischenlösung. --Kogge 20:44, 12. Sep. 2008 (CEST)

Schau mal jetzt rein, so könnte man die „Diskreditierung“ umgehen. Während der Fall Xiphinematobacter spp. eher Lorbeeren für die Authoren bedeutet, ist bei Sinobacter flavus weder eine Erwähnung der Authoren, noch eine Dikreditierung nötig. So könnte man sich schön raushalten und die Prügelei den Taxonomen überlassen. Wenn S. flavus in einem Jahr immer noch valide die Familie definiert, nehmen wir die einfach rein. Auf Nachfrage kann man ja dann diskutieren, wie Du es vorschlägst. Wir können zunächst alle Problemfälle listen und überall sonstige Gründe vermerken, um sie dann nach und nach zu ersetzen. Dann wäre die Liste nämlich schon direkt brauchbar, und man könnte sie von der Diskussion in den Artikel verschieben. Den Titel habe ich noch ein wenig modifiziert, ist das so ok? Ich dachte, dass eigentlich die Taxa ja nicht problematisch sein können, sondern nur unser Umgang damit, die existieren ja einfach (Mal abgesehen von Pathogenen). Einfacher konnte ich aber den Titel nicht formulieren, vielleicht fällt Dir ja noch was besseres ein. --Bollisee 23:17, 12. Sep. 2008 (CEST)

Hallo, sieht doch schon gut aus, so schwebte es mir auch vor. Name des Abschnittes ist so auch OK. Vielleicht kannst Du ja auch noch mal weiter schauen, wie man den Abschnitt formatieren sollte, so wie Du es jetzt schon angefangen hast sieht es schon besser aus (wie gesagt ich habe nur die Taxa aufgelistet, Formatierung und natürlich die näheren Erläuterungen solltest am besten Du machen). Gruß --Kogge 10:26, 14. Sep. 2008 (CEST)

@Kogge und Denis: Habe das mal in etwa so formatiert, wie es am Ende aussehen könnte. Dabei habe ich die Möglichkeiten des Inhaltsverzeichnis' mitberücksichtigt. Damit würden dann die jetzigen Punkte 2-5.1 sowie 6 in den Artikel wandern. Für die Punkte 3.1 und 4.1 bräuchte ich noch einen griffigen Titel, wäre um Vorschläge dankbar. Ansonsten, Meinungen dazu... @Kogge: aus 4.2 habe ich den Hinweis mit LPSN entfernt, da Euzeby nicht de jure entscheidet (aber de facto), was korrekt ist, sondern die Publikation in IJSEM, außerdem haben wir in dem Abschnitt auch den umgekehrten Fall zu behandeln. Ich hoffe, das ist in Ordnung, so wie ich es jetzt formuliert habe. --Bollisee 13:14, 14. Sep. 2008 (CEST)

3.1 und 4.1 könnte man auch einfach weglassen, also sofort unter "3 Archaeen" und "4 Bakterien" mit den einzelnen Phyla beginnen.

Stimmt, sieht umständlich aus. Mein Gedanke war, beides gleichberechtigt nebeneinanderzustellen, da wir bereits mit dieser Referenzliste eine Meinung darstellen (müssen oder „nur können“). Zuerst den gegenwärtigen Stand und gleichberechtigt dagegen die „problematischen Taxa“. Stil à la Zeit, die bei Kontroversen immer zwei gegensätzliche Meinungen nebeneinanderstellt. Ein kleiner Kunstgriff, der Neutralität herstellt, im Sinne der Enzyklopädie. Eigenlich war ich ganz stolz auf die kleine effektive Idee. Wenn das aber nicht so ankommt, kann man es auch anders lassen. Bakterien und Archaeen scheinen mir so grundlegend getrennt (mit Querstrich) der Sachlage entsprechend.

Bezüglich den Unterabschnitten "2.1 Begründung und Ziel dieser Referenzliste" und "2.2 Kurzanleitung für Authoren": Wäre es nicht sinnvoll Anleitungen für die Autoren in die Diskussion zu stellen? Schließlich ist der eigentliche Artikel (auch) für die "normalen" Leser gedacht, bin mir dessen aber auch nicht sicher.

Ich würde eigentlich diese Liste bereits als Authorenhilfe klassifizieren. Für den Leser würde ich beispielsweise auf Basis dieser Liste die Tabelle in den Bakterien aktualisieren.

Auf jeden Fall noch weitere Einzelnachweise, auch bei Archeen, also 3.2 und 4.2. Bei 3.2 reicht als Einzelnachweis wohl ein Link auf ICSB. Wenn eine Quelle (oder Link) mehrfach gebraucht wird: Schau hier: Hilfe:Einzelnachweise unter Abschnitt "Mehrfache Referenzierung derselben Quelle". Die jeweiligen Quellen können, meiner Meinung nach, ruhig öfter angeführt werden um Mißverständnisse zu vermeiden. Beispielsweise "Link auf ICSB als Quelle" ruhig nochmal bei den Bakterien anführen. Ansonsten sieht das hier immer besser aus! Gruß, --Kogge 14:36, 14. Sep. 2008 (CEST)

Ok, der Bacillus marsiensis bekommt dann die Doppelreferenz. Danke für den Hinweis. Über den Umfang der Quellen bin ich mir noch nicht ganz im klaren. Wie Du siehst habe ich eine weitere Quelle wieder gelöscht. Der Xiphinematobacter sp. ist sicherlich nicht zu isolieren. Aber Leute, die nicht mit der Materie betraut sind, könnten verstehen, die waren zu blöd zum isolieren. Andererseits würden am Ende jede Menge negative Quellen dastehen, aber die positiven Quellen sind in Euzeby und TOBA zusammengefasst. Irgendwie weiß ich da nicht wirklich weiter. --Bollisee 15:21, 14. Sep. 2008 (CEST)

Fangen wir hier mal wieder von vorne an, ist angesichts des Fortschritts dieses Artikels auch gerechtfertigt. Vor lauter Doppelpunkten kann man kaum noch schreiben...

Die Liste erscheint mir momentan schon recht brauchbar. Könnte man schon fast als 1. Version durchgehen lassen.

Lest Euch mal die neuen Texte 2.1 und 2.2 durch. In 2.1 könnten noch ne ganze Menge Zitate rein, das wird aber seine Zeit brauchen bis man die alle gefunden hat. Also gemach hierbei. Oben die Anmerkung zu 3.1 und 4.1 erscheint mir noch recht wesentlich. Was meint Ihr zu dem Thema Neutralität und Enzyklopädie. --Bollisee 21:27, 14. Sep. 2008 (CEST)

Und nochmal sorry für späte Rückmeldung, ich bin immer noch nicht ganz gesund. Das ist ein sehr schöner Text, Respekt und Lob! So ist es auf jeden Fall eine Autorenhilfe. Man sollte meiner Meinung nach einen Hinweis bei Wikipedia:Redaktion Biologie einbauen und den Artikel klar als Autorenhilfe zu deklarieren. Hierbei kann bestimmt Denis Barthel helfen. Ein Einbau der gesamten Liste in den Artikel Bakterien halte ich für nicht so gut, eventuell zu umfangreich. Vielleicht wäre es besser hieraus einen zusätzlichen Artikel zu erstellen der nur der Auflistung der Systematik dient? Ein weitere Gedanke ist, das bei einer Teilung in zwei Artikel (Liste und Autorenhilfe), von der Autorenhilfe nur ein Verweis auf die Liste erfolgen sollte. Wäre innerhalb der Autorenhilfe eine zweite Liste vorhanden hätten wir ja zwei Listen und somit doppelte Arbeit bei Änderungen und Überprüfungen. Bin mir da aber nicht so sicher.

Bezüglich Quellen: Am wichtigsten finde ich eigentlich Quellenangaben bei Abschnitten 3.2 und 4.2 also bei "Taxa, deren Zuordnung nicht oder noch nicht zweifelsfrei feststeht". Meiner Meinung müssen da einfach Quellenhinweise hin, auch wenn die Auswahl wohl nicht einfach ist. Leider kann ich da nicht viel helfen, da ich von der Phylogenie ja auch nich viel verstehe (gerade deswegen finde ich den Artikel als Orientierungshilfe so toll :). --Kogge 00:02, 17. Sep. 2008 (CEST)

Auch gute Besserung... Zunächst in den Bakterienartikel, da dachte ich nur an ein Update der ohnehin vorliegenden Tabelle, die aber nur die Ordnungen umschließt, mehr nicht. Die Kurzanleitung für Autoren würde ich durchaus drinnen lassen, solange bis eine kritische Masse an Artikeln über Bakterien da ist. Im Moment scheint das ja eher punktuell zu sein. Allerdings könnte das ja auf einen Platz am Ende rücken. Das mit den Nachweisen erscheint mir ganz logisch, wie Du es vorschlägst. Tatsächlich kann es schwierig in einige Fällen sein, beispielsweise nicht publizierte Dehalococcoides ethenogenes lassen sich natürlich nicht in einem Zitat niederlegen, aber ansonsten sollte es durchaus immer irgendwelchen Möglichkeiten geben.

Übrigens, wenn Dich die Phylogenie ein wenig zum überprüfen zum Hausgebrauch interessiert und Du ein Linux laufen hast, kann ich Dir ein paar Tips geben, wie Du auch das zumindest mal anschauen kannst, um die Themen nachzuvollziehen. Ich finde es selber auch immer wieder interessant. Bei den Datenbanken hat es gerade einige Neuigkeiten gegeben, so dass man auch damit einen viel schnelleren Einstieg findet

Ansonsten, wie weiter? Ich würde mal vorschlagen, dass Du mal meine Texte unter die Lupe nimmst, ob ich hahnebüchene Fehler, Unverständliches, Überflüssiges oder sonstigen Mist reingeschrieben habe, vielleicht hat auch Denis ein klein wenig Zeit, wenn er wieder genesen ist. Dann würde ich das auf die Projektseite verschieben. In der Zwischenzeit kümmere ich mich ein wenig um die Zitate. Anschließend könnte dann die Vernetzung mit in der Redaktion-Biologie-Seite erfolgen. --Bollisee 23:32, 17. Sep. 2008 (CEST)

Hallo und vielen Dank. Linux läuft bei mir leider nicht, trotzdem Danke für den Tipp. Ich habe jetzt einige Kleinigkeiten verändert, Größeres hätte ich eigentlich nur zum Abschnitt "Kurzanleitung für Autoren" anzumerken: Gattung statt Genus: Der Begriff Gattung ist m.E. allgemein verständlicher, da (in "nicht wissenschaftlichen Kreisen") gebräuchlicher, als Genus. Letzterer mag in wissenschaftlichen Arbeiten der elegantere oder gebräuchlichere Begriff zu sein, aber die Autoren müssen hier ja, soweit wie möglich, allgemein verständlich bleiben (den Begriff Phylum zu verwenden ist aber widerum richtig und zwingend notwendig, Stamm ist zwar auch bezüglich Bakterien mehr oder weniger gebräuchlich aber eben nicht korrekt). Bei einer zweiten Erwähnung einer Art wird der Genus abgekürzt: Halte ich für nicht immer sinnvoll, z.B. am Anfang eines weiteren Abschnittes wirkt es schöner den "vollen Nammen" zu schreiben, es trägt der Lesbarkeit bei. Ich persönlich halte die Schreibweise in abgekürzer Form generell für unschön, aber das mag wohl eher eine persönliche Ansicht sein. Aber wie gesagt, es ist nicht immer sinnvoll, ich habe den Satz entsprechent geändert ("es ist möglich"). Den Dreibuchstabencode halte ich auch eher für unschön, ich habe die Erwähnung aber erst einmal stehen gelassen. Wenn zum Abschnitt Taxa, deren Zuordnung nicht oder noch nicht zweifelsfrei feststeht die Quellen hinzugefügt sind, bin ich eigentlich schon glücklich und zufrieden :) Sollen wir dann diese Projektseite als "Wikiprojekt Bakterien" zu Wikipedia:Redaktion Biologie stellen oder vielleicht unter Portal:Lebewesen? Hierzu könnte Denies bestimmt große Hilfe leisten. Ich bin leider immer noch nicht vollständig einsetzbar, von daher bitte nicht böse sein, wenn mein Einsatz hier eher sporadisch erscheint. Grüße --Kogge 12:55, 24. Sep. 2008 (CEST)

Ist kein Thema, muss ja nicht alles sofort sein, nur halt ganz ohne Feedback und Rückhalt ist doch ein wenig schwierig.

Gattung statt Genus ist eigentlich ganz sinnvoll. Da war ich wohl von dem Gedanken geleitet, dass eine Gattung auf Deutsch alleine stehen kann der Genus im lateinischen Namen jedoch nicht, kleiner versteckter Schubser aber ich denke, Du hast schon recht, man sollte da nicht übertreiben. Zum Thema Stamm, ich würde schon sagen, dass Stamm korrekt ist, Unterabteilung aber nicht, auch wenn da , die Zweideutigkeit bleibt jedoch bestehen. Manchmal ist der Stamm jedoch entscheidend. Bsp. „Escherichia coli Stamm K1 als Empfängerorganismus erlaubt die Einstufung gentechnischer Arbeiten in die Sicherheitsstufe S1, sofern...“ Und das sollte sich vielleicht nicht mit dem Stamm Proteobacteria beißen.

Zum Thema Abkürzungen, da habe ich micht eigentlich nur an die derzeitige Konvention gehalten: „Abbreviations of scientific names - Although names of genera and higher categories may stand alone to refer to the taxa with which they are associated, specific and subspecific epithets may not. A generic name followed by a specific epithet should be spelled out the first time it is used in the text; subsequently, it may be abbreviated to its capitalized initial letter if the context makes the meaning clear. If there are several generic names in the text with the same initial letter, the names should be spelled out at each occurrence. However, it should be noted that the Subcommittee on the taxonomy of Phototrophic Bacteria and the Subcommittee on the taxonomy of the family Halobacteriaceae recommend the use of three-letter abbreviations for some genera (see www.bacterio.cict.fr/abbreviations.html).“ (Instructions to the authors in IJSEM), ähnliches beispielsweise bei AEM. Man kann eventuell aus ästhetischen Gründen davon schon abweichen, Ausnahmen zur Vermeidung von Unklarheiten sind ja sowieso generell erlaubt, aber ich würde eigentlich meinen, dass eine einheitliche Verwendung durchaus sinnvoll sein könnte. Die Art ist ja eigentlich durch die Verwendung von Kursivschrift auch besonders gekennzeichnet.

Die Quellen zu unklar, natürlich nur soweit möglich, manchmal ist es eben unklar und daher hat sich noch niemand die Mühe gemacht...

Übrigens ein vorbildlicher Artikel: Venenivibrio_stagnispumantis. Schau mal rein. Das hat wahrscheinlich der Author selber geschrieben. Da steht alles wesentliche drinnen (außer den weggekürzten Anleitungen zur Kultivierung). Da fällt mir auf, Hydrogenothermaceae fehlt bei uns, aber nicht mehr lang...

Wohin gruppieren? Da sind wahrscheinlich erfahrene Wikipedianer wie Du und Denis eher die Richtigen für eine solche Entscheidung. Ich denke vorrangig an die Authorenhilfe, aber beide von Dir vorgeschlagenen Kategorien erscheinen mir richtig. Gruss --Bollisee 00:48, 25. Sep. 2008 (CEST)

Hallo erst einmal! Eine einheitliche Vorgehensweise bei der Benutzung von Abkürzungen der Gattungs- und Artsnamen ist natürlich sinnvoll und auch hilfreich! Ich meinte nur, das es nicht zwingend notwendig sein muss, den Gattungsnamen bei zweiter Verwendung abzukürzen. So weit scheint jetzt ja alles zu stimmen, ich werde jetzt Denis bezüglich der weiteren Vorgehensweise (Gruppierung) ansprechen. Und wieder einmal Sorry für meine verspätete Rückmeldung (bin halt immer noch nicht so wirklich auf dem Damm), Gruß --Kogge 19:40, 27. Sep. 2008 (CEST)

Bezüglich der Möglichkeit hieraus ein eigenes Wikiprojekt zu bauen, bin ich mir jetzt doch nicht mehr so sicher. Eigentlich ist es für eine eigenes Projekt, wenn man es mit den anderen, wie z.B. Wikipedia:WikiProjekt Familien der Gefäßpflanzen, vergleicht, ein wenig zu klein (es bezieht sich ja ausschließlich auf die Systematik). Auch beim Thema Mitarbeiter (zumindest bei "festen") sieht es ja nicht so gut aus. Es als Autorenhilfe von Wikipedia:Redaktion Biologie aus zuverlinken erscheint mir wohl sinnvoller. --Kogge 20:25, 27. Sep. 2008 (CEST)

Vorschlag von Denies (von Kogge hierher kopiert):

Wenn die Systematik fertig ist, dann sollten folgende Schritte passieren:

• "Putzen" der Seite, also das Entfernen aller reinen Diskussionsbeiträge
• Verlinkung aller Taxa
• Übertragung des Abschnittes zu den Archaeen in den Artikel Archaeen
• Verschiebung des "Restes" (also der Systematik der Bakterien) in den Artikelnamensraum unter Systematik der Bakterien
• Sinnvolles verlinken in anderen Artikeln, selbstverständlich auch in den Richtlinien.

Sowohl der Abschnitt in den Archaea sowie auch der Artikel Systematik der Bakterien muss bei der Überführung sauber und transparent bequellt werden, vielleicht sogar in Form eines vorangestellten Kommentars wie in Systematik der Bedecktsamer.

Wenn Du oder Ihr bereit seid, die ordnungsgemäße Bequellung zu übernehmen (ich durchschau das im Moment nicht mehr wirklich), dann erledige ich gerne den Rest, damit ich zumindest ein wenig hab helfen können.

Danach wäre dann noch die Nachbereitung fällig, die etwas arbeitsaufwendiger ist: Alle Taxoboxen und alle Abschnitte/Kommentare zur Systematik höherer Taxa (also von Ordnungen an aufwärts), ggf. auch die Kategorien, müssen an diese Referenzsystematik angepasst werden. Da erweist es sich als Glück, dass es bisher nur 313 Bakterienartikel und 11 Archaeenartikel gibt, dass kann man zu zweit/dritt noch schaffen. Was das stumpfe Editieren (Taxoboxen, Kategorien) angeht, helfe ich auch hier gern, nur komplexere Darstellungen innerhalb der Artikel solltet ihr übernehmen.

Was ein Projekt angeht: meines Erachtens macht so etwas erst dann Sinn, wenn es 3 oder mehr Autoren gibt, die in einem Bereich arbeiten. Alle Projekte mit geringerer Beteiligung (und teils auch welche mit mehr als nur 3 Mitarbeitern), schlafen sehr schnell wieder ein. Als Alternative denkbar wäre ein Portal (siehe Wikipedia:Portale), das richtet sich zwar eher an Leser, kann aber nebenher erste Anfragen und Gespräche bündeln. Schön wäre auf jeden Fall, wenn du da nicht mehr so allein wärst. Beste Grüße, Denis Barthel 23:05, 27. Sep. 2008 (CEST)

Von meinen Gedanken über ein eigenes Projekt, bin ich jetzt auch wieder abgerückt. Wie Du auch schon sagtes sind zu wenig Mitarbeiter dabei. Für ein Portal ist m.E. noch zu wenig Inhalt vorhanden.

Wenn ich deinen Vorschlag richtig verstanden habe, sollte man die jetzige Diskussion in einen "normalen" Artikel überführen und die Projektseite wieder löschen? Das Verlinken in der Redaktion:Biologie ist m.E. sehr wichtig, da es sich ja mehr, wenn nicht hauptsächlich, um eine Autorenhilfe (Abschnitt Kurzanleitung für Autoren) handelt. Ich war mir deswegen nicht sicher ob man es überhaupt als "normalen" Artikel führen sollte, von daher auch der Gedanke eines Projektes. Bei der Nutzung als Anleitung zum Schreiben von Artikeln, also als Autorenhilfe, dachte ich die Verlinkung in anderen Bakterienartikeln auch nach Möglichkeit vermeiden, es halt auch weniger als Leseartikel zu führen. Aber ich denke diese Lösung, "normaler" Artikel und entsprechend in anderen Bakterienartikeln genutzt und mit entsprechender Verlinkung in Redaktion:Biologie, ist auch OK.

Ob ein vorangestelltes Kommentar notwenig ist, glaube ich eigentlich nicht, die Probleme innerhalb der Systematik und Phylogenie und daraus resultierenden Konflikten ist doch recht ausführlich dargestellt. Bei der Frage in welcher Reihenfolge die jeweiligen Abschnitte hier gesetzt werden (dies wurde weiter oben von Bollisee angesprochen), würde ich vorschlagen die jetzige Folge bei zu behalten. Dann würde die Funktion als Autorenhilfe zwar wohl betont und wäre für ein Leseartikel eher ungeeignet, wenn aber nach unten gestellt würde die Autorenhilfe aber eher untergehen.

Wenn wir also so vorgehen, normaler Artikel und Projektseite löschen, wäre es wohl am sinnvollsten, wenn Denis den Teil mit der Verlinkung in Redaktion:Biologie (wie auch Angeboten) und die Bequellung Bollisee übernimmt. Die Quellenangabe ist m.E. besonders im Abschnitt Taxa, deren Zuordnung nicht oder noch nicht zweifelsfrei feststeht wichtig.

Das die hier genutzte Systematik sich mit den jetzigen Bakterienartikeln all zu sehr beißt, glaube ich eigentlich gar nicht. Diese Arbeit der Anpassung der Bakterienartiekeln an die hier genutzte Systematik würde ich auch gerne übernehmen, da viele Artikel auf der Familie-Ebene (und höher) mehr oder weniger auf meinen Mist gewachsen sind.

@Bollisee: Was meinst jetzt Du zu der weiteren Vorgehensweise? Grüße, --Kogge 11:21, 28. Sep. 2008 (CEST)

Hab mich in den Seiten mal umgeschaut. Sieht mir nach einer sehr vernünftigen Lösung aus. Ich denke Verlinkung in Wikipedia:Redaktion_Biologie#Systematisches_Vorgehen sollte zuerst erfolgen. Als Ziel sollten wir ein Wikiprojekt verfolgen, jetzt ist das wahrscheinlich noch nicht reif genug dazu. Ich denke, nach der Verlinkung unserer Systematik könnte es durchaus passieren, dass wir Zuwachs beim „Mitarbeiterstamm“ bekommen. Denn ich schätze, dass der eine oder andere, der einen Artikel einstellt, hier einen Ansatzpunkt findet. Bisher sieht das wohl eher so aus, dass man zuviel umkrempeln muß, wenn man einmal anfängt, das schreckt wahrscheinlich viele Leute ab. Der Anfang ist aber jetzt gemacht, vielleicht braucht es nun ein bisschen Werbung. --Bollisee 13:40, 28. Sep. 2008 (CEST)

Jetzt ist der Entwurf in den Artikel gewandert. Sieht so ME ganz gut aus. Die Trennung der Familien mit Komma wie bei den Bedecktsamern habe ich in der Diskussion ausprobiert, sieht aber recht unleserlich aus. Der vorangestellte Kommentar ist bereits schon zentrales Thema, ich glaube, dem ist nicht viel hinzuzufügen. Im übrigen denke ich geht unsere Beschreibung bereits jetzt schon deutlich über die der Bedecktsamer hinaus.

Archaeen sind so eine Sache, ich fühlte mich deutlich wohler, wenn wir wie das ICSB ebenfalls beides in der Systematik gleichzeitig verwalten. Denn sonst besteht die Gefahr, dass die hintenunterfallen. Sachlich ist das momentan auch korrekt, es existieren keinerlei getrennte Verfahren, auch nicht bei den Publikationen. Wie gesagt, sollten zwischenzeitlich die Archaeenfreeks in Erscheinung treten, kann man das ja jederzeit abtrennen, nur eben jetzt ungern.

Die Quellenangaben für die Unklarheiten werde ich noch vornehmen. Das ist etwas aufwendiger, als die restlichen Quellenangaben. Alle anderen relevanten Quellen sind bereits angegeben, so dass ich die Seite aus als ausreichend nachgewiesen betrachten würde, zur Publikation in diesem Rahmen. Als wissenschaftliche Publikation wäre das so nicht gut, allerdings würde man dann viele Aussagen nicht machen, dann würden wieder Lücken entstehen (Sagen wir, fast alles fehlen...). Vielleicht sollten die Links nach draussen noch einmal bei den Referenzen aufgeführt werden, denn die sind nicht unerheblich. (In Klammern weil meine Meinung: Die Veröffentlichung mit diesen Quellen ist bereits korrekt. Ich bleibe bei Unklarheiten also Nachweise für Punkte 3.2 und 4.2 am Ball. Wenn es möglicherweise bei Euch mit Bauchgrimmen verbunden ist, können wir diese Unterpunkte zunächst in der Diskussion belassen, ich denke trotzdem, wir machen dabei nichts falsch, ist ja das einzige was der Wissenschaftler fürchtet. Momentan würde ich unsere Liste vollständiger und korrekter als alle anderen verfügbaren betrachten, denn alle anderen kranken an genau diesem Punkt: Keiner will etwas nicht vollständig Belegbares aber zu Erwartendes publizieren, das bleibt für die Nachwelt erhalten, auch der Fehler. Tatsächlich haben wir hier die Chance, genauer zu sein, als 100%ig-belegbar möglich. An dem Punkt ist Wikipedia enorm im Vorteil, denn was nicht stimmt, wird wieder geändert, die Fehlertoleranz führt wahrscheinlich zum besseren Ergebnis, siehe Clostridien und Encyclopedia Brittanica oben. Andere hingegen streiten erst einmal um die Methoden, etc., da vergehen schon einmal ein paar Jahre, um zum gleichen Ergebnis zu kommen. Ich möchte auch hinzufügen, dass wir strittige und unklare Klassifizierungen nicht aufgenommen haben, Angriffsfläche wird sich ME kaum bieten. Eher die Chance, dass andere bei uns nachschlagen. Bin sonst eigentlich eher bescheiden...)

Die Nachbearbeitung sollte von jetzt an nicht mehr so schwer sein, ich denke, das kann auch der Nichtmikrobiologe. Bei allfälligen Fragen kann ich natürlich jederzeit beraten. Ich selber würde mich momentan zunächst um die Firmicutes kümmern, denn das ist derzeit wirklich kompliziert. Für die anderen Phyla würde ich vorschlagen, einfach die aufzuteilen und bereits mit der Verlinkung anfangen. Achtung, nicht daran stören, dass beispielsweise unter den Archaeen Methanobacteriaceae zu finden sind, oder ähnliche zweideutigen Geschichten. Ich schlage also vor, frisch ans Werk. --Bollisee 16:02, 28. Sep. 2008 (CEST)

Schon das erste Problem beim Nachweisen. Bei Nanoarchaea (4.2) kann ich zwar die Erstbeschreibung nachweisen, nicht aber, dass er bis heute nicht isoliert wurde. Denn das wird nirgendwo geschrieben. Wie denn auch. Zweifellos könnte das in der Zwischenzeit passiert sein (aus praktischen Gründen zwar nicht, aber theoretisch). Das heißt ich kann nur die Publikation nachweisen, bei der etwas erreicht wurde. Aber ein negatives Ergebnis findet man nur im seltenen Fall, dass ein negatives Ergebnis auch publiziert wurde, wie dieses Beispiel zeigt.^[1] Wer hat Ideen? Der einzige Nachweis, dass es keinen Stand in der Taxonomie hat, ist, dass der reitende Feuerzwerg (Nanoarachaeum equitans) nie in IJSEM publiziert oder validiert wurde. Hier gibt es übringens ausnahmsweise einen deutschen Namen. Korarchaea sind noch schlechter zu greifen, da fehlt auch noch eine vernünftige Beschreibung, dafür gibt es ein Genom. Die Quellen 14 und 15 (nach momentanen Stand) sind demnach vollkommen am Thema vorbei.

Ich beziehe mich ab sofort immer auf den Artikel, die Liste in der Diskussion sollten wir in ein paar Tagen löschen. --Bollisee 17:18, 28. Sep. 2008 (CEST)

Ich habe den Artikel erstmal kurz überflogen und sieht wirklich ganz gut aus. Wenn Du dich um die fehlenden Quellenangaben für die jeweiligen Abschnitte "Taxa, deren Zuordnung nicht oder noch nicht zweifelsfrei feststeht" kümmern würdest wäre ich schon höchst glücklich :)

Einen Abschnitt Weblinks fände ich auch sinnvoll, hier nochmal die wichtigen Links wie Euzeby und IJSEM aufgeführen. Diese sind dann zwar doppelt genannt, es ist so aber viel übersichtlicher und leichter für den Leser oder Autor relevante Infos zu finden. Archeen und Bakterien hier gemeinsam zu führen halte ich ebenfalls für sinnvoll, vielleicht Artikelnamen ändern, wie "Systematik der Prokaryonten" oder ähnliches.

Bezüglich Probleme wie Nanoarchaea: Vielleicht würde es in solchen Fällen, wo es so extrem schwierig ist einen publizierten Nachweis zu finden, einfach Euzeby als ein Quellennachweis anführen? Schließlich bezieht sich unsere Liste ja weitgehend auf Euzeby. In solchen Fällen mit Hilfe der Mehrfachen Referenzierung derselben Quelle auf einen Vermerk wie z.B. "Diese Taxa werden bei Euzeby nicht geführt" oder ähnliches im Abschnitt Quellen verweisen. Wohl eher sehr unelegant, hier kann aber der Leser nachschauen und sich vergewissern, das solche Taxa nicht bei Euzeby stehen und somit auch bei Wiki entsprechend behandelt werden. Diese Vorgehensweise mag zwar umständlich erscheinen, da ja Euzeby auch schon als Quelle im Text angeführt ist, aber die fehlenden Taxa zu bequellen halte ich schon für wichtig. Dieses würde auch mein "Bauchgrimmen" lindern. Was meint ihr dazu? Grüße, --Kogge 13:13, 30. Sep. 2008 (CEST)

Euzéby können wir nicht als Quelle für bakterienjuristische Dinge anführen, da hat der keine Autorität. Ich habe inzwischen die effektive Publikation für das Erfordenis der doppelten Stammhinterlegung ausfindig gemacht.^[2], war wirklich gut versteckt. Das sollte in den meisten Fällen das wesentliche Abdecken und ist eigentlich auch die richtige Referenz, die Verweisrichtung hatte ich vorher nicht bedacht. Zumindest muss man dann etwas Nichtpubliziertes auch nicht noch belegen. Auch wenn ich hier zugeben muss, hier erreicht der Bequellungszwang einen Selbstzweck. Was meint ihr? Mehrfachbequellung klappt ja ganz gut.

Prokaryonten sind leider keine Alternative als Artikelname, denn Carl Woese hat das Konzept Prokaryoten wohl zu Recht gekippt. Daher „Systematik der Archaeen und Bakterien“ als Vorschag.

@Denis. Abkürzungen scheinen mir auch in Wikipedia bei Bakterien üblich zu sein. Ich habe nur ein bisschen rumgesurft und fand auf Anhieb nur solche Beispiele: Streptococcus, Clostridium_difficile, Clostridium_botulinum, Borrelia, Escherichia, Neisseria, Chlamydiae, einziges Gegenbeispiel ist der sonst gelungene Artikel Venenivibrio_stagnispumantis, wobei mich beim Lesen die ständige Ausschreibung des Names sehr störte. Die Abkürzung ist nicht verpflichtend wird aber empfohlen, außerdem ist die Taxonomie von der der Pflanzen und Tiere unabhängig ( ICNB).^[3] Aus Gründen der Glaubwürdigkeit und der Lesbarkeit würde ich also durchaus heftig für die einheitliche Einsetzung der Abkürzungsregel plädieren, zumal (und das ist wichtig) im Artikelnamen der Genus im Volltext vorhanden ist. Nicht üblich in Wikipedia hat mich nicht überzeugt, aber vielleicht gibt es noch andere schlagende Argumente, die mich eines besseren belehren? Beispielsweise hielte ich die Ausschreibung bei Artikeln mit gemischten Genera entgegen der Konventionen sinnvoll, beispielsweise ein Artikel unterscheidet zwischen Shigella dysenteriae und Escherichia coli, wenn dann anschließend von S. sonnei geschrieben wird, dann sollte man das doch für Nichtfachleute ausschreiben. Gruß, --Bollisee 00:38, 2. Okt. 2008 (CEST)

Hallo, mit der Bequellung sieht es ja, dank deines Fundes von De Vos and Trüper, schon sehr gut aus. Ich denke es ist jetzt doch schon ausreichend und man könnte die Seite auf den Artikel verschieben. Als Namen vielleicht "Systematik der Bakterien und Archaebakterien"? Das Thema Abkürzungen sollten wir meiner Meinung nach erst einmal zur Seite schieben. Wir haben keinen festen "Mitarbeiterstamm", ein sehr umfangreiches Regelwerk macht bei wenigen festen Autoren vielleicht auch nicht all zu viel Sinn. Ich denke solche Dinge können noch warten, halte doch deine Idee erst mal zurück. Später wird es wohl Bedarf nach genaueren Schreibregeln geben, jetzt finde ich ist es zu früh. Soweit ich es schaffe, werde ich in dne nächsten Tagen die verschiedenen Bakterienartikeln durchgehen und die Gattungs- und Familienlisten Euzeby anpassen. Viele Grüße, --Kogge 12:21, 9. Okt. 2008 (CEST)

Einige dieser Taxa sind nicht valide publiziert, müssten in Anführungszeichen stehen (In TOBA nicht mit ^VP oder ^AL versehen). Wäre damit aber sehr unübersichtlich und unschön. Vielleicht hilft hier ein hochgestellter Buchstabe. Wenn man den verlinkt, spart man sich die Erklärung vor Ort.

Beispiel: Class Aquificae^a. Bei Phyla steht das am Wort Phylum, die sind nicht im Codex der bakteriellen Nomenklatur definiert.

Bei den Firmicutes sieht man, dass mit den Anführungszeichen die Übersichtlichkeit leidet...

Diese Anführungszeichen / hochgestellte Buchstaben-Lösung finde ich ziemlich unschön. In entsprechenden Artikeln sollte im Abschnitt ein Standardsatz dazu a la "Xxxx xxxxxus wurde nicht valide publiziert, daher werden sie nur als provisorisch verstanden ..." (oder was auch immer) kein Problem sein. Den kann man dann ja sogar kopieren. Schwellen zum Verständnis sollten möglichst niedrig sein. Denis Barthel 23:32, 1. Sep. 2008 (CEST)

Vorschrift sind die Anführungszeichen, da kann man nichts machen. Alles was bei Euzeby steht, wird ohne geschrieben werden. Da wir das tabellarisch machen, dachte ich an die künstlerische Freiheit, denn mit hochgestellten Buchstaben oder Zahlen werden Besonderheiten in einer Tabelle notiert, ohne dass die Übersichtlichkeit leidet. Gar nichts machen, geht nicht, dann wird es falsch. Beispiel Proteobacteria: Sind valide als Klasse publiziert. Wir schreiben aber Phylum, das ist phylgenetisch gerechtfertigt und wird von allen so verstanden, aber nie valide publiziert.

Daher der Kompromiss Buchstaben oder Zahlen. Hätte sogar noch den Vorteil, daß man mit verschiedenen Buchstaben im Zweifelsfalle den Grund erfährt, würde also dem Ziel Information am ehesten entsprechen. Ganz ohne wird das als netter Versuch abqualifiziert. Vielleicht gibt es noch andere Möglichkeiten der Kennzeichnung? --Bollisee 00:21, 2. Sep. 2008 (CEST)

Wenn die Anführungszeichen Pflicht sind, geht das natürlich okay. Das mit den Buchstaben allerdings lehne ich ab, besondere Informationen sollen jeweils ohne Hürden im Artikel stehen und erklärt werden, das ist der richtige Platz dafür. Ziemlich erschrocken bin ich über diese Sache am Beispiel Proteobacteria. Wenn ich das richtig verstehe, sollen also invalide Taxa bzw. sogar eine ganze Rangstufe in die Systematik aufgenommen werden, nur weil es informeller "Usus" ist? Da sperrt sich bei mir alles, offen gestanden. Denis Barthel 14:44, 2. Sep. 2008 (CEST)

Mach Dir mal keine Sorgen, publiziert sind die alle, aber nicht validiert. Dauert noch ein Weilchen, Carl Woese hat das auch erst 1990 das Gesamtmodell publiziert... Sprich, solange wir kein besseres/anderes Modell haben, muss man eben das benutzen, was man hat. Wichtig wäre, daß jetzt alle Nicht-Euzebys Anführungszeichen bekommen. Wenn Du dafür Zeit hättest, wäre super. --Bollisee 15:26, 2. Sep. 2008 (CEST)

Wichtig wäre, daß jetzt alle Nicht-Euzebys Anführungszeichen bekommen. Wenn Du dafür Zeit hättest, wäre super. Eigentlich kein Problem, aber welche Taxa sind denn "Nicht-Euzebys"? Denis Barthel 17:30, 2. Sep. 2008 (CEST)

Die Differenz von unserer Liste zu Euzebys Liste. Einfach alle, die auch in TOBA mit Anführungszeichen notiert sind. Die anderen (Euzebys) haben dort dann wahlweise ein hochgestelltes VP oder AL. „Nicht-Euzebys“ ist auch schon eine konsequente Angewendung der Gänsefüßchenregel. Ich habe das schon mal bei den Archaeen und Acidobacteria eingefügt. Bei den Acidos sieht man gut den dabei produzierten Nonsens: Ordnung ist valide, Genus per definitionem auch; Klasse und Familie nicht, Phylum per non-definitionem auch nicht. Bei Euzeby wird lediglich Acidobacteriales und Acidobacterium gelistet. --Bollisee 22:09, 2. Sep. 2008 (CEST)

Ich habe jetzt den Artikel Sphingomonadales entsprechend angepasst. Drei der hier ursprünglich aufgelisteten Gattungen (Citromicrobium, Kaistobacter und Lutibacterium) stehen bei Euzeby nicht unter der Familie Spingomonadaceae. Da sie aber bei NCBI geführt werden (die Gattungsliste hatte ich schon vorher mit überarbeitet und mich da noch an NCBI orientiert) und zumindest zwei bei Euzeby unter "names without standing in nomenclature" stehen habe ich sie nun unten im Artikel mit entsprechender Anmerkung angefügt. Ist diese Vorgehensweise und Formulierung soweit korrekt? Oder sollte man das anders formulieren, irgendwie bin ich da mit meiner Ausdrucksweise nicht ganz glücklich, bin für jede Hilfe dankbar. Erwähnen sollte man die Gattungen schon noch. Nochmals viele Grüße, --13:24, 9. Okt. 2008 (CEST)

Hallo Kogge, Du siehst, dass ich lange gezögert habe mit der Antwort. Erst gestern hatte ich Gelegenheit in der „16S-basierten Phylogenie“ zu stöbern. Das scheint ein Minenfeld zu sein. Bisher war mir nur bekannt, dass die Phototrophen eine reine phylogenetische Katastrophe sind. Das liegt daran, dass vor der 16S-Phylogenie die Phototrophen als funktionelle Gruppe zusammengefasst wurden. Harald Pfennig hat da Pionierarbeit geleistet. Bei genauerem Hinsehen heute ist die Gruppe polyphyletisch. Die drei Gattungen sind meines Erachtens nicht wirklich als Gattungen gerechtfertigt, daher die Aufnahme in die offizielle Taxonomie ebenso nicht, Kaistobacter koreensis wurde bereits als Sphingomonas kaistensis publiziert.^[4] Der Genus Kaistobacter ist somit hinfällig. Da bei Phototrophen noch besondere Regeln gelten, würde ich direkt mal vorschlagen, schreib doch mal einen e-Mail an Jörg Overmann in München und frag ihn, ob denn die Ablehnung der anderen beiden Gattungen bei der offiziellen Nomenklatur gerechtfertigt sei oder nur an Formalien gescheitert sei. Er ist der „Erbe von H. Pfennig“ und außerdem hat er wohl bei den Koreanern auch für die Publikation des einen Stammes gesorgt, seine Kontaktadresse steht auch in der Publikation. Ich schlage Dir mal eine Lösung vor: Die Gattungen Citromicrobium,^[5] und Lutibacterium^[6] wurden nicht in die taxonomische Nomenklatur aufgenommen. (Anm. Ist mir ein Rätsel, wie der Lutibacteriumartikel durch den Peer-Review-Prozess bei AEM durchgerutscht ist.)

Noch drei Dinge, die mir in dem Artikel aufgefallen sind. (1) Die Umstellung der Pseudomonaden. Pseudomonas spp. sind zwar polyphyletisch, aber meines Wissens alle γ-Proteobakterien, während die Ordnung Sphingomonadales α-Proteobakterien sind. Hier ist was faul, es sei denn es gibt tatsächlich eine solche Publikation(?). Diese Formulierung würde ich ohne ein solches Zitat auf alle Fälle streichen. (2) Unten sind die Prokaryotes δ- und ε-Proteobakterien als weiterführender Link angegeben. Ich glaube, das dürfte Band 5 für α-Proteobakterien sein. (3) Die Genera sind oft ohne Epithet aufgeführt: Beispiele sind Arten von Erythrobacter, Erythromicrobium, Porphyrobacter und Sandaracinobacter sowie einige Arten von Sphingomonas. Richtig wäre: Beispiele sind Arten der Gattungen Erythrobacter, Erythromicrobium, Porphyrobacter und Sandaracinobacter sowie einige Arten der Gattung Sphingomonas. Oder nicht ganz so elegant: Beispiele sind Erythrobacter spp., Erythromicrobium spp., Porphyrobacter spp. und Sandaracinobacter spp. sowie einige Arten von Sphingomonas spp. Ich hatte das erst bei Zymomonas korrigiert, dann aber festgestellt, dass dies ein gesichteter Artikel ist und außerdem wahrscheinlich von Dir, daher wollte ich Dir nicht gleich auf die Füße treten, vielleicht kannst Du die entsprechenden Stellen ändern. spp. ist übringens die Mehrheit von sp., also Spezies (Nicht zu verwechseln mit ssp., Subspezies). Vielleicht war auch das der Grund, warum ich immer von Genus statt Gattung sprach. Denn auf Deutsch besteht das Problem nicht. Bei Pseudomonaden (sofern hier richtig) könnte also so stehenbleiben, während Pseudomonas spp. das nicht ganz richtige Pendant dazu wäre. Wenn Du dazu noch Fragen hast, melde Dich einfach. Übrigens sollten wir vielleicht diese Diskussionen ein wenig strukturieren, vielleicht hilfreich, was meinst Du? --Bollisee 12:55, 14. Okt. 2008 (CEST)

Der Verdacht mit dem Minenfeld war nicht schlecht, hab mich noch einmal schlau gemacht. (1) Woher hat Euzeby die Quelle von Sphingomonadales? Schreib ihm mal einen e-Mail, vielleicht hat er hier einen Fehler. Er bittet ja ausdrücklich um Korrekturhilfen. (2) Der Genus Sphingomonas scheint schwer umstritten zu sein, neue Genera durch Takeuchi et al., 2001, dann Abschuß durch Yabuuchi et al., 2002. Lee et al., 2005 und Williams et al., 2007 haben einen „robusten Baum“ der α-Proteobakterien erstellt, darin kannst Du mal sehen, was für ein Durcheinander es deswegen ist. Busse et al. 2003 bringt für Deinen Artikel keine neuen Erkenntnisse. Sorry, hab Dir hier nur schnell die Links reingeschrieben, sind aber für die Verquellung Deines Artikels hilfreich. (3) ME müssten eigentlich die Sphingomonadales „Zmyomonadales“ heißen, wenn der ICNB^[7] angewandt werden würde, die erste Beschreibung bestimmt den Genus, der wiederum bestimmt Familie und Ordnung. Bei Familie und Ordnung hat aber die Juridical Commission des ICNB Rechte, davon abzuweichen. Das haben sie möglicherweise hier getan. (Übrigens wäre doch schade, wenn der Genus Sphingopyxis wegfällt, das heißt auf Deutsch: Juwelenkästchen der Sphinx)

Noch einen Tip für den Anfang des Artikels: „Die Ordnung Sphingomonadales ist eine phylogenetische Linie (innerhalb) der α-Proteobacteria“. Damit hast Du in den ersten drei Worten schon geschrieben, um was es sich handelt. Beim jetzigen Text ist anzumerken: Die Sphingomonadales können nur „eine Ordnung sein“, die Familien Erythrobacteraceae und Sphingomonadaceae „bilden die Ordnung Sphingomonadales“. Würde zwar auch so jeder verstehen, ist aber im Detail eigentlich unkorrekt. Den Text mit der phylogenetischen Linie halte ich für ganz praktisch, denn das ist ein Kickstart in die Rechtfertigung eines Taxons, da kann man alle Taxa anpassen im Laufe der Zeit. Bei Clostridien dagegen könnte man schreiben, die Clostridia sind ein polyphyletisches Cluster verschiedenster grampositiver Bakterien. Danach kann man eine Definition anfangen. Schön dabei ist, dass der Leser schon gleich am Anfang weiß, womit er es zu tun hat, und der Autor weiß, wie der Einstieg weiterlaufen sollte. Man könnte analog bei den Sphingomonadales auch von monophyletischem Cluster reden, aber dann muß man wieder Sequenzen und alles andere definieren, daher halte ich die phylogenetische Linie für ein klares monophyletisches Cluster für den besten Kompromiss, schau mal in den Baum bei Lee et al., 2007. War jetzt ausführlicher, aber ich hoffe, es hilft Dir weiter. Gruss --Bollisee 13:36, 16. Okt. 2008 (CEST)

Prokaryotes habe ich auch mal nachgeschaut, da gibt es keinen vernünftigen Artikel zu den Sphingomonas spp., sondern nur allgemein in der Einführung zu den α-Proteobakterien erwähnt. Ich würde also die Prokaryotes als Nachschlagewerk in diesem Artikel rausschmeißen. --Bollisee 14:25, 16. Okt. 2008 (CEST)

Zu Sphingomonadales: Ich bin grad am schreiben über das Problem und hatte es schon hier in die Diskussion fast reingestellt, warte doch bitte einen Moment, sonst verwurschtel ich mich völlig.

Ich denke, Du hast jetzt erst mal heftig Munition... Meld Dich einfach, wenn Du Hilfe brauchst. Solltest Du evtl. Originalliteratur brauchen, kannst Du auch bei mir fündig werden, aber das besser per e-Mail. --Bollisee 15:47, 16. Okt. 2008 (CEST)

So, jetzt erst einmal vielen Dank für deine Mühen! Zu den Sphingomonadales und bezüglich Pseudomonas: Hier war Bergey's manual of systematic bacteriology. 2. Auflage.2005 meine primäre Quelle (auch hier, wie bei Euzeby Sphingomonadels bei Alpha). Bezüglich Pseudomonas wird im Bergey als Originalpublikation Yabuuchi et. al. 1990 genannt: Circumscription of the Order Yabuuchi et al. (1990a) transferred the species Pseudomonas paucimobilis Holmes et al. 1977a (previously known as CDC group IIK-2) to a new genus, Sphingomonas, as the type species, Sphingomonas paucimobilis. Eventually, the genus was expanded to include 34 species. These were later included in a new family, Sphingomonadaceae, by Kosako et al. (2000a). This family is presently the only family in the order Sphingomonadales and contains nine genera. Leider steht zu diesem Punkt nicht mehr in Bergey.Das diese Umstellung von dieser Art der Gattung Pseudomonas in so weiten Umfang (alpha – gamma) ist mir beim Schreiben gar nicht aufgefallen, ein Einzelnachweis habe ich somit auch nicht gemacht, werde ich noch nachträglich einfügen. Die Publikation von Yabuuchi stammt aus den 90er, wenn ich das richtig im Kopf habe wurde zu dieser Zeit doch die Systematik der Proteobakterien stark umbearbeitet, von daher macht die Umstellung von Gamma Proteobacteria zu den jetzigen Alpha Sinn. Leider weiss ich wenig (bis so gut wie gar nichts) über die Geschichte der Systematik. An die Originalpublikation von Yabuuchi komme ich jetzt nicht auf die Schnelle ran, habe ich jetz bestellt (dauert wohl noch ein Weilchen). Das die Sphingomonaden bei den Alpha stehen, sehe ich somit eigentlich als unumstritten an. Wie oben schon gesagt steht das so in "Bergey's manual of systematic bacteriology" und auch bei Euzeby (vielleicht Bergey Quelle für Euzeby?). Bei den Unstimmigkeiten geht es doch eigentlich um „Kleinskrams“ (stark ironisch gemeint) innerhalb der Sphingomonaden, nicht aber um die Zugehörigkeit zu den Alpha-Proteobakterien, oder habe ich da etwas übersehen?

Das die einzelnen Gattungen innerhalb der Familie auf wackeligen Füßen stehen, ist mir auch bekannt, damit habe ich mich aber nicht so stark beschäftigt und habe in dem Ordnungsartikel wenig drüber geschrieben. Bei den Artikel über die Familie Sphingomonadaceae stehen ein paar Anmerkungen zu den Problemen, witziger Weise habe ich hier, im Artikel über die Familie, auch einige der von dir genannten Quellen genutzt und angeführt. Die Problem mit den einzelnen Gattungen wie die Rückstellung von Sphingobium, Novosphingobium und Sphingopyxis hatte ich auch in dem Ordnungsartikel nicht weiter ausgeführt, da der Artikel über die Familie schon existierte und es mir sinnvoller erschien auf die einzelnen Gattungen mehr innerhalb des Familienartikels einzugehen. Soviel erst einmal über die Systematik, was meinst Du jetzt dazu? Sicher könnte man wohl mehr über die taxonomischen Probleme (auch innerhalb des Ordnungartikel) schreiben, ich bin mir aber nicht sicher, ob mir das nicht zu sehr ins Detail geht. Eigentlich schwebte es mir ursprünglich mehr so vor, die Artikel kurz zu überfliegen und sozusagen im Schnelldurchgang Taxa die nicht bei Euzeby stehen mehr oder weniger raus zu schmeissen oder, wie jetzt bei diesen Gattungen, sie zur Seite stellen und im Artikel nur kurz zu erwähnen. Leider bin ich weiterhin nur beschränkt in der Lage etwas zu tun und werde mich etwas zurückhalten, und das wird sich in der nächsten Zeit nicht ändern, also wird es wohl, was meine Einsätze angeht, nur etwas schleppend weitergehen. Bei den Sphingomonadales werde ich zumindest versuchen kleine Ergänzungen und die von Dir vorgeschlagenen Formulierungsverbesserungen noch heute abend oder morgen zu machen. In wie weit ins Detail kann ich dann ja noch sehen und mit Dir dann abklären. Oder Du könntest dann ja noch weitere Ergänzungen machen, ich schau mir erst mal die "Munition" an und melde mich dann wieder. Grüße, --Kogge 16:25, 16. Okt. 2008 (CEST)

Kurz Überfliegen, so hatte ich mir das auch erst gedacht. Doch war zuerstmal die ganze Systematik zu machen und ich bin hier gelandet ;-). Die Sphingomonadales zeigen auf jeden Fall, dass offensichtlich die Taxonomie nicht mal so eben erstellt ist. Mir scheint aber, dass wir da auf dem richtigen Weg sind, denn nicht überall ist es so kompliziert.

Die Geschichte mit dem Pseudomonas paucimobilis und dem Transfer könnte ganz zentral am Anfang stehen. Denn der Typstamm steht für die Art, die Typart für den Genus und der Typgenus für Familie und (!) Ordnung, erst die Typordnung steht für Klasse und Phylum. Regel 30 und ein paar. Klingt kompliziert, ist aber so. Daher ist die Genusdefinition für die Ordnung entscheidend, nicht (!) die Familie. Da der Genus skurril entstanden ist, ist die Erwähnung sinnvoll. Dabei sollte man den Transfer von α zu γ durchaus erwähnen, sprich „ein falsch in die Gattung Pseudomonas eingeordnetes Bakterium“. Vielleicht auch noch dass einige weitere Mitglieder der Gattung Sphingomonas ursprünglich phylogenetisch nicht verwandten Gattungen angehörten. Ebenso kannst Du Asticcacaulis biprostheticum, Caulobacter leidyi und "Rhizomonas suberifaciens" als Mitglieder erwähnen, vielleicht erst im Artikel Sphingomonadaceae. Ich denke nach dieser Änderung und den richtig eingesetzten Genera paßt der Artikel. Die drei Genera von NCBI würde ich auch wieder streichen, bei Genbank gibt es nämlich keine Nachkontrolle (Jeder Scheiß bleibt da für die Ewigkeit), und NCBI basiert großenteils darauf. Allerdings kann es auch mal sinnvoll sein. In dem Fall empfehle ich Dir vielleicht einen Blick in Phil Hugenholtz' Datenbank Greengenes. Phil konzentriert sich nur auf wirkliche Neuigkeiten. Wenn Du Dinge von ihm entgegen Euzeby übernimmst, kannst Du nichts falschmachen. Meine Änderung bei Zymomonas hat die Textpassage auch verschlimmbessert, dort könnte man vielleicht direkt von Zymomonas mobilis reden, denn der ist einziges Mitglied des Genus Zymomonas, somit ist der Genus identisch mit der Art. Dann erst mal viel Spaß damit, --Bollisee 21:21, 16. Okt. 2008 (CEST)

Die Sphingomonadales sehen ja schon viel besser aus, merkt man gleich! Hab den von mir verschlimmbesserten Abschnitt mal schnell überarbeitet, schau mal rein, ob das so ok ist. Ich denke so kommen die Kontraste etwas besser raus und ein paar Stellen sind ein wenig korrekter formuliert. Allerdings habe ich aus Zeitgründen nicht in irgendwelche Quellen geschaut, sondern nur die Infos aus dem Abschnitt verwendet. Eigentlich wäre es noch schön zu wissen, ob Zymomonas mobilis sauerstofftolerant ist oder nur microaeroophil, dabei einen aeroben Stoffwechsel hat, oder nicht. Das geht leider nicht aus dem Zymomonas mobilis-Artikel hervor, könnte aber dann noch in einem Wort des Satzes Erwähnung finden. Gruß --Bollisee 16:00, 19. Okt. 2008 (CEST)

Hallo, ich habe nun den Abschnitt Systematik erweitert, schau dir das bitte mal an. Da kann man bestimmt einiges besser formulieren, also tu dir keinen Zwang an. Die Fragen zu Zymomonas werde ich mir nochmal anschauen.

Zu den Formulierungsvorschlag am Anfang der Artikel: Die „Ordnung Sphingomonadales ist eine phylogenetische Linie (innerhalb) der α-Proteobacteria“ ist sicherlich als Formulierung gut, aber für Laien nicht grade leserfreundlich, es macht den ganzen Artikel von Anfang an kompliziert, das die Sphingomonadales "nur eine Ordnung sein können" ist uns klar, aber nicht jeder Leser kennt die Wortendungen der mikrobiologischen Systematik und weiss auf Anhieb mit einer "phylogenetischen Linie" etwas anzufangen. Das gleiche gilt für "monophyletischem Cluster", das setzt ja schon einiges an Fachwissen voraus (was ist ein Cluster, was bedeutet monophyletisch?) bloß nicht am Anfang des Artikels. So etwas könnte vielleicht im Abschnitt Systematik erwähnt werden, hier kann man ja vielleicht einiges an Fachwissen voraussetzen. Auch denke ich das man die Geschichte der Ordnung besser nicht an den Anfang stellen sollte, denn dann setzt man auch den Schwerpunkt auf die Systematik (oder erzeugt zumindest den Eindruck beim Leser), hierzu besser im Abschnitt Systematik mehr ausführen. Man muß immer im Auge behalten, das man hier für ein „allgemeines“ Lexikon schreibt, nicht für ein Fachlexikon und das es sich nicht um „Pupblikationen“ handelt (ich finde es auch immer schwierig abzuwägen, ab wann man zu sehr ins Detail geht und es oft schwierig ist, allgemein verständlich zu bleiben) Ich bin mit dieser Einleitung eigentlich schon zu frieden. Grüße, --Kogge 17:23, 19. Okt. 2008 (CEST)

Ist auch ein Argument. Wie wäre es dann im ersten Satz mit dem Wort sind statt bilden, das wäre dann sachlich richtig (Die Sphingomonadales sind eine Ordnung innerhalb...). Die andere, schönere Möglichkeit wäre folgender Satzbeginn (Die Ordnung Sphingomonadales...). Bei zweiterer Möglichkeit müsste dann der ganze Satz umgestellt werden. Ich schlage vor, erst einmal bildet durch sind ersetzen. Später den ganzen Satz etwas umstellen. Vielleicht finden wir in dem Zug eine Formulierung die alle Ordungen oder Familien einleiten kann. Das erleichtert sicher die weitere Arbeit ungemein, und man kommt mit anderen Artikeln schneller durch.

Systematik: Es sieht sachlich schon ganz gut aus, es ist nichts mehr wirklich falsch: das war die Pflicht, jetzt kommt die Kür. Ich schreibe das alles hier noch ein wenig ausführlicher, denn vom Prinzip ist das ja oft gleich, wie bei anderen Bakterien. Ich werde mal das Yabuuchi 1990-Paper besorgen, dann sieht man ob der Genus Pseudomonas so deutlich erwähnt werden muß. Es macht einen Unterschied, ob jemand die „Pseudomonaden“ generell sortiert hat, oder ob nur die eine Art tangiert war. In letzterem Fall wäre eine Kürzung in der Passage sinnvoll. Ich werde das einfach reinschreiben, Du kannst es ja dann je nachdem freischalten oder nicht. Korrektur von Laborjargon: 16S-rRNS-Gensequenzanalyse analysiert die Sequenz des Gens (S steht für die Einheit Svedberg, rRNS=ribosomale RiboNucleinSäure, A steht für Acid und ist nach den Lemmata der deutschen Wikipedia falsch) 16S-rRNS-Analyse analysiert übrigens die Beschaffenheit der 16S-rRNS, also etwas anderes. Da dies furchterregend aussieht, schlage ich vor, den furchterregenden Term in Klammern zu setzen, und vielleicht nur die phylogenetische Analyse als Namen im Text stehen zu lassen, so bleibt der Lesefluss erhalten: „...wurde auf Grund von phylogenetischen Untersuchungen (mittels 16S-rRNS-Gensequenzanalyse)...“ Die Klammer kann man trotzdem erläutert lassen, denn es gibt mittlerweile Analysen auf den Basis von weiteren Genen (zB. bei den Tenericutes). So kann man das definiert lassen, je nach Original. Soweit erst einmal für jetzt, mehr später, dann müssen wir uns noch mit ein paar Kausalitäten noch rumschlagen, mit solchem Scheiß (!) kämpfe ich öfters selber, Gruss --Bollisee 13:01, 20. Okt. 2008 (CEST)

Zusammenfassung des Orginalartikels: Based on the partial nucleotide sequence analysis of 16S ribosomal ribonucleic acid (rRNA), presence of unique sphingoglycolipids in cellular lipid, and the major type of ubiquinone (Q10), we propose Sphingomonas gen. nov. with the type species Sphingomonas paucimobilis (Holmes et al, 1977) comb. nov. From the homology values of deoxyribonucleic acid-deoxyribonucleic acid hybridization and the phenotypic characteristics, three new species, Sphingomonas parapaucimobilis, Sphingomonas yanoikuyae, Sphingomonas adhaesiva, and one new combination, Sphingomonas capsulata, are described. S. parapaucimobilis JCM 7510 (= GIFU 11387), S. yanoikuyae JCM 7371 (= GIFU 9882), and S. adhaesiva JCM 7370 (= GIFU 11458) are designated as the type strains of the three new species. Emended description of the type strain of S. capsulata is presented.

Heißt folgendes: S. parapaucimobilis, S. yanoikuyae und S. adhaesiva wurden isoliert und sollten beschrieben werden. Aufgrund der 16S-rRNS-Gensequenzanalyse, bestätigt durch die Sphingoglycolipide und Ubiquinon mußte Pseudomonas mobilis in die neue Gattung Sphingomonas transferiert werden um als Typart die Gattung zu definieren, die Erstbeschreibung ist maßgeblich.

Daraus ergibt sich mein Vorschlag:

Die Ordnung Sphingomonadales^[8] besteht aus den Familien Sphingomonadaceae^[9] und Erythrobacteraceae^[10]. Die Typusgattung Sphingomonas wurde aufgrund phylogenetischer Analyse der 16S-rRNS-Gensequenzen und weiterer chemotaxonomischer Merkmale mit zunächst fünf Arten beschrieben.^[11] Sphingomonas paucimobilis (bis dato Pseudomonas paucimobilis^[12]) wurde die Typusart.^[11]

Weiterer Vorschlag auf Basis untenstehender Diskussion:

Die Ordnung Sphingomonadales^[8] besteht aus den Familien Sphingomonadaceae und Erythrobacteraceae und ist eine klar abgegrenzte monophyletische Linie innerhalb der Alphaproteobacteria.^[13] Die Typusgattung Sphingomonas wurde aufgrund phylogenetischer Analyse mit zunächst fünf Arten beschrieben.^[11] Deren Typusart Sphingomonas paucimobilis war bis dato als Pseudomonas paucimobilis^[12] beschrieben.^[11] Grundlage dieser Neueinteilung mittels phylogenetischer Analyse war die häufig verwendete 16S-rRNS-Gensequenzenanalyse. Dazu wurden zwei Arten von den Gammaproteobacteria und den Bacteroidetes transferiert, anschließend konnten drei neue Arten der neuen Gattung zugeordnet werden. Chemotaxonomische Vergleiche bestätigten die Verwandschaft wegen der in den Bakterien vorhandenen Sphingolipide und Ubiquinone.^[14] Bei der Namensgebung der Ordnung wurde die frühere Beschreibung der Gattung Zymomonas nicht berücksichtigt.

Warum ich einige Sachen radikal gekürzt habe: Diese taxonomische Strukturierung ist umstritten... betrifft eigentlich nur die Familie Sphingomonadaceae, nicht aber Erythrobacteraceae, sollte also eigentlich nur da diskutiert werden, transfer dahin? Die Jahreszahlen sind nicht wirklich relevant, der geneigte Leser erfährt sie aber problemlos mit einem Klick auf die Referenzen, Wikipedias Vorteil. Eine Umstellung gab es nicht (wie in andere Fällen), lediglich den Transfer einer Spezies, Pseudomonaden raus (damit auch das unglückliche deutsche Wort), „bis dato“ gibt einen Hint auf den Transfer. Dass es zwei Familien sind ergibt sich von alleine. Beachte die Stellung der Referenz von Erythrobacteraceae mit Absicht vor dem Punkt. Was meinst Du jetzt zum Abschnitt Systematik? Wäre übrigens auch nicht ohne den vorherigen langen Text auf diese Lösung gekommen, der war schon dazu nötig. Hättest Du noch eine gute Übersetzung für den Anfang: Die Ordnung Sphingomonadales besteht aus, im Englischen viel schöner: The order Sphingomonadales accomodates the families... Ufff... war heftig, Gruß --Bollisee 02:32, 21. Okt. 2008 (CEST)

Hallo, OK ziemlich stark gekürzt, aber mir erschien im Nachhinein (meine) Erläuterungen im Abschnitt Systematik auch ein wenig zu ausführlich und vielleicht nicht unbedingt notwendig. Allerdings war meine Absicht etwas zur Geschichte der Entstehung der Ordnung zu schreiben. Bei deinem jetzigen Vorschlag für den Abschnitt Systematik werden die Alpha / Gammaproteobakterien gar nicht erwähnt, finde ich aufgrund unserer vorherigen Mühen eigentlich Schade (aber auch nicht zwingend notwendig).

Da habe ich auch schon darüber nachgedacht (ToDo). Ohne den langen Text vorher wäre es schwieriger gewesen, so zu kürzen. Da hatte die Vorarbeit durchaus große Vorteile.

Trotzdem, wenn du Lust hast könntest Du ja noch mal drüber nachdenken, wie man das in den Text reinsetzt, schließlich ist das ja das auch wesentlich für die Entstehungsgeschichte der Ordnung. Bezüglich „taxonomisch umstritten“: a) sollte auch hier, in der Ordnung, erklärt werden, nicht nur innerhalb des Artikels über die Familie, schließlich sind die Sphingomonadaceae ja der Grundbaustein für die Ordnung.

Nein, nur die Gattung Sphingomonas ist der Grundbaustein (!), da habe ich mich mühsam durch die Regeln gelesen.

b) über die Erythrobacteraceae gab es, meine ich zumindest, auch Unstimmigkeiten, werde ich noch mal nachschauen. Falls ich mich da vertan habe muss man das natürlich rausnehmen.

Bei den Unstimmigkeiten denke ich dürfen wir ein bisschen werten, denn ein Amokläufer bringt keine neuen Erkenntnisse

Ansonsten natürlich gute Formulierung. Die Einzelnachweise für die Ordnung und Sphingomonadaceae und Erythrobacteraceae sind nicht nötig (Du wolltest die Erstbeschreibungen hier reinsetzen, richtig?). Die Quelle ist Euzeby, wird auch weiter unten bei den Auflistungen der Familien und Gattungen als Einzelnachweis angeführt. Viele Einzelquellen im Text wirken auch nicht grad schön auf den Textfluss.

Leider treibt man da mit dem Teufel den Beelzebub aus. Euzeby ist keine statische Website. Eine Änderung durch die Orignalliteratur wird sofort nachvollzogen, was Wikipedia nicht kann. Am Ende ist Euzeby falsch zitiert, bei der Originalliteratur kann das nicht passieren, die ist statisch. Sprich gibt es eine Änderung, so ist die Literatur weiterhin richtig zitiert, lediglich die Ergänzung ist nicht nachgetragen. Aus diesem Grund würde ich durchaus stark für die Originalliteratur plädieren, zumal absehbar ist, dass das meiste Literatur auch für Ottonormalverbraucher einsehbar sein wird. Die kleine Zahl in Klammern stört nicht wirklich, ich habe schon philosophische Artikel mit weit mehr als hundert Zitaten gesehen. War für mich als Nichtfachmann sehr gut lesbar. Vielleicht sollten wir mal in anderen Bereichen testlesen...

Ich werde auch mal schauen, ob ich da etwas innerhalb des restlichen Artikels (Stoffwechsel und so) rausnehmen kann. Vieles deckt sich mit der Literatur (Prokaryotes). Quellen (=Einzelnachweise) werden bei Wikipedia (zumindest innerhalb der Biologie, ich glaube bei den Sozialwissenschaftlern oder so ist es anders) als Nachweise für einzelne Aussagen, die nicht innerhalb der Literatur zu finden sind, eingesetzt. Die Angaben im Abschnitt Literatur beziehen sich also auf die Quellen, aus der das wesentliche aus dem Artikel stammt. Einzelne, besondere Aussagen werden mit Einzelnachweisen belegt. Deswegen auch das anfängliche Problem mit Pseudomonas (meine Quelle war „The Prokaryotes“, welche ja auch im Abschnitt Literatur angegeben ist, aber Du hattest wohl Recht, besondere, sozusagen nicht ohne weiteres nachvollziehbare Aussagen sollte man zusätzlich mit Einzelnachweisen belegen (wie ich es ja eigentlich immer versuche), auch wenn die Quelle im Abschnitt Literatur schon steht, so wird es zumindest meistens gemacht. Auch die Quelle für die Erstbeschriebunbg von Pseudomonas paucimobilis ist nicht unbedingt nötig (irgendwann hat man mehr Zahlen als Buchstaben im Text). Die Erstbeschreibungen von Erythrobacteraceae und Sphingomonadaceae (natürlich wichtige Quellen für die Beschreibung der Ordnung) könnte man vielleicht im Abschnitt Literatur angeben. Wobei man wieder bedenken muss, dass es ein Lexikon ist und man nicht zwingend alle primären Quellen, wenn sie in den anderen zenutzten Quellen schon angegeben werden, wie es bei den Beschreibungen der Familie ja auch so ist.

16S-rRNS: Das ist wirklich schrecklich und ich beiße mir dabei auch immer die Zähne aus, was die Verständlichkeit für den Leser angeht. Die Formulierung „auf Grund von Untersuchungen der in den Ribosomen enthaltenen RNS (16S-rRNS-Analysen)“ ist doch so weit richtig, oder?

Leider nicht richtig, man versteht es zwar richtig, aber: Iist in Wirklichkeit beispielsweise eine Untersuchung der Ribosomen und zwar mit dem Fokus auf Eigenschaften der 16S-rRNS, nicht der Sequenz. Die Eigenschaften ergeben sich zwar aus der Sequenz, aber die würde dann nicht zwingenderweise analysiert. Man könnte statt phlogenetische 16S-rRNS-Gensequenzanalyse auch die phylogenetische Gensequenzanalyse der RNS der kleinen ribosomalen Untereinheit schreiben. Dann versteht es wahrscheinlich keiner mehr.

Dabei war ich eigentlich sehr glücklich. Der Begriff 16S-rRNS wird ja zur Konkretisierung noch benutzt. Auch hier das Problem mit auch für Laien verständlich bleiben. Ich würde denken, das Kenntnisse über die Zellbiologie (bei Laien, wohlgemerkt) eher vorhanden sind, als Wissen über molekulare Phylogenie, deswegen einfach die Erwähnung der Ribosomen, das wirkt dann nicht so abschreckend. Vielleicht so:

“…wurde auf Grund von phylogenetischen Analysen (mittels Untersuchungen der in den Ribosomen enthaltenen RNS, so genannte 16S-rRNS-Gensequenzanalysen).“ Den Artikel Phylogenetischer Baum kannte ich noch gar nicht, danke für den Hinweis.

Im Mittelpunkt der Taxonomie steht derzeit die phylogenetische Analyse, die sorgt für die Einteilung. Eine phylogenetische Analyse hat per se aber nichts mit der 16S zu tun. Man könnte also auch auf andere Weise phylogenetische Analysen machen. Meist bleibt es bei dem Konjunktiv, da wir derzeit als mächtigstes Tool die 16S-Datenbanken zur Verfügung haben. Prinzipiell ginge es mit 23S oder einigen anderen Genen auch, in Kombination noch besser (verketteter phylogenetischer Baum)! Langer Rede kurzer Sinn, die 16S kann rausfallen, nicht jedoch die phylogenetische Analyse. Man könnte das mit der 16S auch am Ende des Absatzes mit einem eigenen Satz klarstellen. Vielleicht erhöht das die Verständlichkeit und schafft für weitere, andere Taxa einen sinnvollen Rahmen?

Noch eine (dumme) Frage: Stehen Ordnungs- und Familiennamen eigentlich immer im Plural (also die Sphingomonadales sind, die Sphingomonadaceae wurden)? Ich formuliere es immer so (aber irgendwie aus dem Bauch raus, sozusagen). Grüße, --Kogge 13:15, 21. Okt. 2008 (CEST)

Gar nicht dumm, die Frage. Ja, bei Sphingomonadales handelt es sich um die Gesamtheit aller Bakterien die in der Ordnung zusammengefasst werden, die den Typgenus Sphingomonas enthält.

Mein Vorschlag zur Bequellung, in fließenden oder umstrittenen Bereichen genau, bei Sachen wie der Physiologie, Stoffwechsel viel entspannter, auch mal nur das Lehrbuch. So ist das Risiko von (künftigen) Falschaussagen gemindert. Vielleicht sollten wir einen Entwurf machen und dann erst später freischalten. Dann kann man die Wirkung der vielen Quellen mal nachvollziehen. Gruß, --Bollisee 19:02, 21. Okt. 2008 (CEST)

Jetzt habe den Vorschlag entsprechend nocheinmal aufbereitet. Eigentlich sollten alle wesentlichen Informationen drin stehen, die zur Erstellung der Ordnung geführt haben. In den ersten drei Sätzen steht alles wesentliche drin, dann zwei Sätze für die genauere Erklärung der Entstehung, Methoden und Abfolge, dann zwei Sätze weitere Informationen, wobei die Chemotaxonomie wenigstens die halbe Bedeutung bekommt, die sie in Wirklichkeit hat (Auch wenn die ME meist in Erbsenzählerei ausartet). Schau mal weiter oben (zum besseren Vergleich) beim urpünglichen Vorschlag. Zu den einzelnen Punkten, habe ich im Text Stellung genommen, ich hoffe, das kann ein bisschen Referenz für das Vorgehen bei weiteren Taxa sein. Weiter denke ich, dass der Artikel nicht unbedingt leichter lesbar geworden ist, andererseits denke ich, dass ein Artikel über ein Spezialgebiet durchaus mehr Fachausdrücke verwenden darf, als beispielsweise ein Artikel über sagen wir Teebeutel. Darüberhinaus ist mit der Verlinkung ein gewisses Verständnis auch für Fachfremde möglich. Ich denke da beispielsweise an die Lektüre eines philosophischen Artikels. Das verstehe ich bei Wikipedia wegen der Verlinkung, während ich bei einem gedruckten Lexikon aufgeben würde. Beispielsweise finde ich beim Wort Hermeneutik schnell den Begriff Wortbedeutungslehre und kann im Originalartikel gleich weiterlesen. --Bollisee 11:47, 22. Okt. 2008 (CEST)

Ja, das ist doch schon sehr schön. Ich habe deinen Vorschlag jetz auch schon umgesetzt und in den Artikel reingesetzt. Allerdings war ich so frech und habe einige Einzelquellen rausgenommen: Und zwar für "...die Ordnung Sphingomonadales" und "... datoa als Pseudomonad paucimobilies". Letzteres geht auch aus der vorher angegeben Quelle, Proposals of Sphingomonas paucimobilis, 1990, hervor, was ja auch für den Leser offensichtlich sein sollte (der Text bleibt beim gleichen Thema, die Bildung von Sphingomonas). Wobei Du, wenn bei dir angekommen, die Publikation im Volltext nochmal durchschauen solltest). Die Ordnungsbeschreibung ist natürlich im Bergey enthalten, der Bergey ist als wesentliche Quelle im Abschnitt Literatur angegeben. Bezüglich "Chemotaxonomische Vergleiche bestätigten" fehlt noch die konkrete Quellenangabe, müsstes Du noch nachliefern ansonsten stimmt m.E. alles. Ähnlich könnte man es in Sphingomonadaceae (aber nicht mit Copy und Paste) im Abschnitt Systematik formulieren. Den Hinweis auf die vorgeschlagende Rückstellung von Sphingobium, Novosphingobium und Sphingopyxis habe ich drin gelassen. Ich hoffe Du bist soweit zufrieden.

Und noch einmal zu Euzeby als Quelle: "Leider treibt man da mit dem Teufel den Beelzebub aus. Euzeby ist keine statische Website. Eine Änderung durch die Orignalliteratur wird sofort nachvollzogen, was Wikipedia nicht kann." Eben das kann Wikipedia ja doch!! Wir sind flexibel und passen uns ohne Probleme dem aktuellen Stand der Forschung an. Artikel, die bei mir auf der Beobachtungsliste stehen und wo Euzeby als Quelle steht, überprüfe ich regelmäßig und wenn ich Änderungen finde, wird der Artikel aktualisiert. Das ist doch einer der großen Vorteile hier. Ich bin mir Sicher, dass es bei Artikeln, wo ähnliche Onlinequellen angeben werden, ebenso verläuft.

Hallo, trotz des neuen Abschnittes Antworte ich noch einmal hier, da es ja speziell um Sphingomonadales geht. Ist das jetzt ein OK für die Entfernung oder ein Nein?

Hallo Kogge, ich schreibe gerade dazu einen asuführlichen Text. Ich denke prinzipiell ist das ein ok von mir. Aber vielleicht sollten wir das noch mal überdenken und die Fakten pro und Kontra Reduzierung der Quellen auflisten. Daher der neue Abschnitt. Warte mal auf meinen Text, der erst in die Sphingomonadales rutscht. Vielleicht weißt Du in der Zwischenzeit uns noch eine Quelle, wo wir die Richtlinien bei der Verquellung in Wikipedia nocheinmal nachlesen können, um einen sinnvollen Weg zu finden. Ich schwanke gerade sehr zwischen Einfachheit und Robustheit. Ich denke die Diskussion kann am Ende teilweise in den neuen Abschnitt rutschen. Gruß --Bollisee 13:35, 26. Okt. 2008 (CET)

Ich schreibe jetzt erst mal lokal, dann kommen wir uns nicht in die Quere bei der gleichzeitigen Bearbeitung dieses Abschnitts.

Wikipedia und Verquellung: Wikipedia:Belege, bleint aber so oder so immer ein Abwägen. (ich weiss nicht ob ich es heute noch schaffe zu antworten, deswegen jetzt schon der Link. weiteres von mir wahrscheinlich morgen)

Ja, der Abschnitt Systematik scheint mir vorerst vollkommen passend, ME fehlt nichts und es ist kein eklatanter Fehler dabei. Soweit ganz gut. Jetzt wie immer die Details und dann doch noch Widerspruch. Verquellung: Ich könnte soweit mit leben, auf Deutsch, man kann anhand der von Dir angegebenen Quellen das Thema nachvollziehen. Dennoch bin ich grundsätzlich anderer Meinung. Das heißt, wir sollten die von uns verwendeten Quellen angeben. Zumal man aus Höflichkeitsgründen die Originalquelle zitieren sollte, ist so Usus. Auf dieser Ebene sind das eben drei oder vier Quellen mehr. Hätten die Quellenangaben das Format (Yabuuchi et al., 2006) würde ich durchaus übereinstimmen, dass die Lesbarkeit leidet. Aber mit dem Wikipediaformat^[15] sehe ich da kein großes Problem. Ersteres schätze ich übrigens bei wissenschaftlichen Publikationen sehr, da man nicht immer nach hinten blättern muß, um den Autor zu sehen (sehr nervig bei Nature). Zweiteres finde ich hier einen idealen Kompromiss zwischen Lesbarkeit und Korrektheit. Beim Kommentieren wollte ich nocheinmal den Artikel nach meinen urprünglichen Recherchen schreiben und Dir hier zeigen. Dabei fiel mir auf, dass die Verquellung zusammen mit den Familien nicht konsistent ist. Ich muss also nocheinmal die Recherche machen. Persönlich finde ich allerings Artikel sehr attraktiv, in denen man durch zwei Klicks direkt die Origninalquelle erreicht. Ich muss mich dann nicht lange aufhalten, sondern kann direkt den Originalartikel finden. Je weniger ich über ein bestimmtes Feld weiß, um so wertvoller ist diese Information. Ich würde durchaus davon ausgehen, dass beim Artikel Sphingomonadales 30-50% der Leser aus dem wissenschaftlichen Umfeld kommen, der Rest sind sicher Leser die sich in die Materie vertiefen wollen. Die sind auch bereit genauer zu lesen. Aus Spaß wird kaum jemand in den Artikel schauen. Daher bin ich nach wie vor überzeugt, dass eine genaue Verquellung hier absolut sinnvoll ist. Mein Vorschlag ist nachstehend (Den ersten Satz, den Transfer und den letzten Satz habe ich noch etwas verbessert):

Die Ordnung Sphingomonadales^[16] besteht aus den Familien Sphingomonadaceae^[17] und Erythrobacteraceae^[18]. Die Ordnung beschreibt innerhalb der Alphaproteobacteria eine klar abgegrenzte monophyletische Linie.^[18] Die Typusgattung Sphingomonas wurde aufgrund phylogenetischer Analyse mit zunächst fünf Arten beschrieben.^[19] Deren Typusart Sphingomonas paucimobilis war bis dato als Pseudomonas paucimobilis^[20] beschrieben.^[19] Grundlage dieses Transfers war eine phylogenetischer Analyse durch die häufig verwendete 16S-rRNS-Gensequenzenanalyse. Dabei wurden zwei Arten von den Gammaproteobacteria und den Bacteroidetes transferiert, anschließend konnten drei neue Arten der neuen Gattung zugeordnet werden. Chemotaxonomische Vergleiche bestätigten die Verwandtschaft wegen der in den Bakterien vorhandenen Sphingolipide und Ubiquinone, dies führte sogar zum Vorschlag die Arten einiger Gattungen zur Gattung Sphingomonas zurückzutransferieren.^[21] Bei der Namensgebung der Ordnung wurde die frühere Beschreibung der Gattung Zymomonas^[22] und der Gattung Erythrobacter^[23] nicht berücksichtigt.

ME sollten wir das erst einmal so reinsetzen um dann zu diskutieren, was man wirklich kürzen kann und sollte. Was meinst Du dazu? Wenige grundlegende Sachen am gesamten Artikel sollten wir noch anpassen, um dann zur Verquellung zurückzukehren. Wäre das ein denkbares Vorgehen für Dich? Dann hätten wir auch ein nettes Beispiel zum Thema Verquellung. Danach könnten wir grundlegende Empfehlungen in diesem Bereich erstellen unter dem neuen Diskussionskapitel. Die beiden Familien sind für die Ordnung Sphingomonadales esssentiell daher habe ich die verlinkt und die Quelle eingefügt, das erspart einem Leser die Suche nach den Originalquellen (ME wäre es für den Leser zu umständlich das wieder neu bei den Familien rauszusuchen). Die γ-Proteobacterien und die Bacteroidetes haben nur am Rande mit der Ordnung Sphingomonadales zu tun, daher erhalten sie keine Quellen.

Zum Thema Formatierung der Quellen. Meine Vorschlag hier basiert auf der Formatierung der PLoS ONE Quellenformatierung. PLoS ONE ist ein Fachjournal, das auf einem wikipediaähnlichem Prinzip basiert. Die Jahreszahl durch Klammern oder Punkte getrennt, das ist vielleicht noch Geschmackssache (unbedingt Deine Meinung hierzu), aber den Rest halte ich für sinnvoll (Natürlich auch hier eine Meinung). Nur mit Punkten fände ich am konsequentesten, aber ein Hinweis auf PLoS ist vieleicht anderen Leuten schnell und einfach erklärt. Eine Formatierung wie bei Nature finde ich ehrlich gesagt, beschissen, die vielen Punkte bei den Namensabkürzungen wie bei AEM halte ich für absolut überflüssig. Überflüssig finde ich auch Angaben, wie die Monatsausgabe daher "Volume: Seite-Seite", fertig. Die Jahresangabe nach den Autoren schafft einen schnellen Überblick, besser als vor dem Volume, dort wäre es sowieso redundant. Den Online Link setzt man ME sinnvoll auf eine allgemeine Quelle, nicht direkt auf das Fachjournal. Dessen Links können sich ändern. Eine PMID ist sicher die bessere Möglichkeit, da die PMID höchstwahrscheinlich auch in fünfzig Jahren nicht ändert, ist bereits so in Wikipedia implementiert. Ich weiß nicht ob der Outlink von Wikipedia zu den DOIs so einfach funktioniert, daher bevorzuge ich derzeit die PMIDs, auch wenn die PMIDs nur eine nationale Behörde bereitstellt, gegenüber dem internationalen Charakter der DOIs. Leider sind PMIDs medizinische Links, daher sind nicht alle Artikel verlinkt. Daher sind vereinzelt direkte Links vorhanden, die könntest Du aber noch durch DOIs ersetzen. Noch ganz zum Schluss, die Quellenangabe Nr. 3 ist bei mir gleich der Ersten Quellenangabe, beachte das neue Format. Da ist übrigens zwar das Zitat für die Ordnung Sphingomonadales indirekt vorhanden aber der direkte Hinweis fehlt noch, hätte sich mit obiger Version erledigt. Was sieben Sätze doch für Arbeit machen... Gruss --Bollisee 15:23, 26. Okt. 2008 (CET)

Noch fünf Themen zum Artikel. (1) Bei der Quellenangabe Euéby würde ich den Stand mit Datum einfügen. Dann bleibt die Aussage korrekt. (2) Einen Verweis auf die Taxonomie von NCBI halte ich für fahrlässig. NCBI ist nicht autoritativ und zugleich wird Genbank nicht (!) reviewed. Das heißt, einmal einfügte Fehler gehen nicht wieder raus. Das ist ein Problem, wird aber derzeit nicht angegangen. Im Falle der drei Gattungen denke ich ist das passiert. Die werden auch in Zukunft nicht publiziert und validiert. ME fallen die unter die Kategorie 2 in Berücksichtigung von Taxa, die nicht valide publiziert sind. Ich würde Dir daher anraten den Punkt „weitere Gattungen“ ganz zu löschen, der sorgt nur für Verwirrung. Damit ist der Fall dieser Gattungen angedacht. Bei anderen Taxa kann die Einschätzung wieder ganz anders sein. Ich denke hier müssen (!) wir sogar die künstlerische Freiheit nutzen. (3) Hast Du die Quelle[1] im Original vorliegen? Meine Nase sagt, dass da was faul ist, aber vielleicht war das wirklich ursprünglich so schlecht in den Prokaryotes einsortiert. (4) Das Yabuuchi-2002-Paper^[21] erscheint mir sehr suspekt. Die chemotaxonomischen Analysen scheinen mir mit allen Schikanen gelöst zu sein, da ist Yabuuchi offensichtlich ein Experte, dagegen ist die phylogenetische Analyse absolut mangelhaft (Entschuldigung für die bösen Worte, Herr Yabuuchi). Hätte er die phylogenetische Analyse nach den Regeln der Kunst gemacht, wäre sein Fazit anders ausgefallen, nicht immer funktioniert der Peer Review. Daher würde ich die Gewichtung viel niedriger ansetzen. Ich finde die Aussage zum Thema ist im Artikel noch viel zu dominant. Das zB. solltest Du übrigens streichen. Dies ist die einzige Publikation zu diesem Thema. (5) Einen vorgesehenen Link für einen Autor in der Taxobox halte ich bei den Bakterien für völlig übertrieben. Hier gibt es kein System Linneus oder Haeckel oder ähnliches. Das Verdienst zum System durch die einzelnen Autoren ist im Gegensatz zur Botanik oder Zoologie eher marginal, da fällt mir als einzigster Stackebrandt ein, der den Namen Proteobacteria geschaffen hat, aber ein anderer erhält die Meriten. Es ist halt in anderen Bereichen so gelöst, wird hier aber vollkommen am Sinn und Zweck vorbei angewendet. Das gilt für alle Taxoboxen. System einhalten aber Contenance bewahren, würde ich daher vorschlagen... Wichtiger sollte eigentlich sein, dass klar ersichtlich die Originalpublikation zitiert wird, wo auch immer. Das war noch einmal Munition zum Artikel. Dann viel Spaß dabei, Gruß --Bollisee 17:06, 26. Okt. 2008 (CET)

Noch ein Tip, gib mal "Fegatella F" bei PubMed ein. Da sind ein paar nette Paper zur Größe einiger Gattungen. Ist eigentlich ganz interessant für die allgemeine Beschreibung der Gruppe. Vielleicht paßt es auch nur zur Familie. --Bollisee 17:19, 26. Okt. 2008 (CET)

Nur ein paar kurze Bemerkungen, mehr schaffe ich heute nicht, werde es mir die Tage noch mal genauer ansehen. Bezüglich Quellenformatierung: Ich persönlich bin dabei ein wenig schlampig, was die korrekte Formulierung angeht. Aber hierzu gibt es in Wikipedia Richtlinienen, die im allgemeinen anerkannt sind und (eigentlich) auch befolgt werden. Deine Überlegungen hierzu solltest Du besser in der Diskussion Biologie vorschlagen.

Ich denke ja, aber das Quellenformatierproblem ist ja fast universell. Überall wird es aus nachvollziehbaren Gründen anders gemacht, und es wird auch ausdrücklich gefordert, wenn es nötig ist von der Wikinorm abzuweichen, dies auch begründet zu tun. Ich habe ein wenig recherchiert. Entsprechend der Vorschlag mit PlosOne. Daher erst einmal grundsätzlich hier, wenn es Sinn macht, danach in Diskussion Biologie.

Angabe des Datums bei Euzeby oder ähnlichen Quellen ist natürlich sehr sinnvoll und eigentlich nötig und in Wikipedia in der Regel üblich (auch bei anderen Online-Quellen), ich persönlich verfahre auch so, habe es hier aber (peinlicherweise) schlicht vergessen.

Ansonsten ist seine Seite ja die Quelle bei den Gattungen, also vollkommen richtig.

Den 3 Gattungen von NCBI streichen stimme ich dann zu. Zu (3): Wenn du mit Quelle[1] Sphingomonas and Related Genera In: The Prokaryotes, Volume 7: Proteobacteria: Delta and Epsilon Subclasses. Deeply Rooting Bacteria meinst, ja die habe ich vorliegen und ich war auch verwirrt als ich, bei der Ausarbeitung des Artikels nach langer Suche endlich einen Beitrag über Sphingomonas in "The Prokaryotes" gefunden hatte. Hier allerdings unter Kapitel 6.10 Sphingomonas and Related Genera in 6. Bacteroides and Cytophaga Group (bezieht sich vielleicht auf Deeply Rooting Bacteria?), den genauen Kapitelnamen sollte man wohl bei der Quelle mit angeben.

Einfach die Quelle nach diesem Vorbild angeben: „Stuart AM (1969) Social behavior and communication. In: Krishna K, Weesner FM, editors. Biology of Termites. New York: Academic Press, Inc. 193–232.“ Der Autor des Artikels in den Prokaryotes ist vorne angegeben, dann der Artikelname und erst dann das Buch. Sollte dann alle Skepsis beseitigen. Ist meines Erachtens wichtiger als eine nutzlose ISBN-Nummer, kein Mensch wird sich je zur Recherche die Prokaryotes kaufen, ich glaube, ein Band kostet ca 1500 €.

(4): Mit Yabuuchi-2002 meinst du Emendation of the genus Sphingomonas...? Ich habe es angeführt, weil es mir halt wichtig erschien, schließlich kommt der Vorschlag zur Rückführung der Gattungen zu Sphingomonas vom Originalautor der Gattung, ich muss aber zugeben, dass ich nicht wirklich nach anderen Publikationen zu diesem Thema gesucht habe, vielleicht könnte man die Bemerkung dann doch ganz streichen.

Könnte man in meine Vorschlag noch einbauen, das Paper ist da ja anderer Stelle zitiert.

Zu (5) Auch bei den Taxoboxen gibt es festgelegte Regeln, also auch hier in Wikipedia Diskussion:Redaktion Biologie einen Vorschlag machen, ich persönlich halte Links auf die angegebenen Autoren aber für sinnvoll (außerdem handelt es sich bei den bestehenden Artikelen oft um eine nachträgliche Verlinkung der Autoren, das wird hier schon des längeren durchgeführt und es ist nicht immer leicht den vollen Namen (Vor- und Nachname) zu finden, einige machen sich hierbei richtig Arbeit, ich finde es stört auch nicht so sehr, wenn ein Link in der Taxobox rot ist.) Das hierbei falsche Lorbeeren vergeben werden... ich denke das ist in der Wissenschaft und im öffentlichen Leben wohl oft so, was will man machen. Bezüglich der Verquellung und deines Vorschlages: Ich bin damit immer noch nicht glücklich und ich habe das Gefühl, das es hier für ein Lexikon schnell zu weit gehen kann, andererseits verstehe ich auch deine Argumente und will mich hier auch nicht querstellen, also können wir deinen Vorschlag für den ABschnitt Systematik auch so umsetzen.

Ich würde meinen: reinsetzen und anschließend mit Begründung wieder löschen. Dann sieht man, ob etwas entbehrlich ist. Der Link in den Taxoboxen ist natürlich nebensächlich und üblich, ich meine allerdings bei den Bakterien nutzlos. Ich schätze 80% der Erstautoren werden nie wieder irgendwo auftauchen, weil das System ganz anders funktioniert. Ich jedenfalls wollte da keinen Artikel über mich finden.

Werde mich die Tage wieder melden, Grüße --Kogge 16:01, 27. Okt. 2008 (CET)

Wie wäre es mit den Planctomyceten als nächstes? Da besteht dringend Renovierungsbedarf und es wäre ein Beispiel, warum wir unsere Liste brauchen, bin da gerade drübergestolpert. Ich glaube danach wird die Diskussion bei anderen deutlich schneller gehen, da die Prinzipien die gleichen sind. Gruss --Bollisee 17:10, 29. Okt. 2008 (CET)

Hallo und nochmal eine kurze Rückmeldung. Schön das Du Vielleicht solltest Du nochmal deinen Vorschlag durchgehen, im Nachhinein finde ich einige Stellen eher ein wenig verwirrend. Ich hatte versucht den Vorschlag im Orginalartikel einzubauen wobei ich dann, und zwar auch inhaltlich, ganz schön durcheinander gekommen bin.

Da muß ich Dir wohl leider... zustimmen. Mittlerweile so aufgebläht, dass die Struktur verloren gegangen ist.

Hast Du die Arbeit von Yabuuchi 1990 jetzt vorliegen?

An den komme ich leider auch nur kostenpflichtig ran. ME ist aber die Info im Abstract für unsere Zwecke ausreichend.

Es wäre m.E. sinnvoll die zwei Arten von den Gammaproteobacteria und Bacteroides "mit Namen zu nennen", dann würde es auch viel verständlicher werden. Auch bei "zum Vorschlag die Arten einiger Gattungen zur Gattung" besser so etwas "wie später eingeführten" davor setzen oder auch hier die drei Gattungen mit Namen nennen (die stehen zwar auch in der Quellenangabe, aber während des Lesens schaut man da ja nicht immer sofort nach). Wenn Du das nochmal gebessert hast werde ich den Absatz auch gerne reinsetzen, Du könntest es natürlich auch gerne selbst machen (ist übrigens eine ganz schöne Arbeit, da einige Quellen ja schon vorher im Artikel genutzt werden, man muss ja praktisch umprogrammieren).

werde den Vorschlag noch ein wenig umarbeiten. Vielleicht Taxonomie und Phylogenie trennen.

Bezüglich Quellenformatierung würde ich nochmal dringend anraten, deinen Vorschlag erst einmal bei Redaktion Biologie vorzustellen - es macht keinen Sinn wenn einmal für die gemeinsame Arbeit und auch gemeinsam aufgestellte Regeln einfach, wenn auch nur in Teilbereichen, von einzelnen Benutztern wieder geändert werden ohne das öffentlich zu diskussieren oder zumindest mal vorzustellen. Dein Vorschlag macht m.E. ja auch Sinn (vor allem zu erst Nachnamen der Autoren zu nennen), wäre also durchaus interessant wie diese Vorgehensweise in Diskussion Biologie angenommen wird und ob sie für den Themenbereich Biologie eingeführt werden könnte. Bezüglich Autorenlinks bin grundsätzlich gegen das nachträgliche Löschen der Links. Die Literaturangabe bezüglich "The Prokaryotes": Wird auch grundsätzlich so vollzogen, zuerst eigentlicher Autor und Artikel, dann allgemeiner Buchname und Herausgeber, auch wieder meine Schlampigkeit. Schau ersteinmal wie Du den Vorschlag noch ändern könntest, dann sollten die Planctomyceten allerdings doch noch warten und wir setzen das eigentlich Projekt jetzt einmal um? Grüße, --Kogge 12:35, 30. Okt. 2008 (CET)

Gib jeder Quelle einen aussagekräftigen Namen, dann ist das Umprogrammieren unproblematisch. Funzt echt gut. Hab auch nochmal über die Quellenformatierung nachgedacht. Solange ein Link auf PMID oder DOI gesetzt ist, ist das Format eigentlich reichlich egal. Sinn und Zweck einer Quelle ist ja das andere die finden können. Da ist mit dem Klick schon das Ziel erreicht. Der Rest ist reiner Formalismus, da reichte auch das Nature-Format. Tatsächlich habe ich formalistisch keinen Vorschlag gefunden, der auf eine unserer Quellen zutreffen würde. Einzig ein Vorschlag, der einen Fachzeitschriftartikel wie ein Buchkapitel formatierte. Dennoch meine ich, wir sollten einfach erst mal ein wenig Fakten schaffen und dann die Geschichte diskutieren. Der Klick mittels Hyperlink schlägt halt doch alles andere, was Sinn und Zweck betrifft. Übrigens schau mal in den neuen Living Tree, da kannst Du jetzt Phylogenie ohne Spezialprogramme anschauen. Der Baum ist schon recht gut. Nur Einzelanalysen von Untergruppen werden das wohl noch schlagen. Gruß, --Bollisee 23:50, 31. Okt. 2008 (CET)

Hallo, der Baum ist beeindruckend (ein Mammutbaum würd' ich sagen). Kurz zu Quellenformatierung: Wikipedia:Literatur und hier Abschnitt Kurzübersicht der Formatierungsregeln". PMID und DOI ist natürlich sehr gut. Gibt es so etwas wie ein Archiv über die Nummern und zugehörigen Publikationen? Ich finde es manchmal etwas umständlich an die Nummer zu kommen. Wenn Du noch Literatur zu den Planctomaceten benötigst, kann ich Dir was per E-mail senden. Grüße und lass dir ruhig Zeit mit der Umformulierung bezüglich Sphingomonadales, --Kogge 13:10, 3. Nov. 2008 (CET)

Der Baum ist state of the art, wurde entsprechen auf einem Computer-Cluster mit 1000 Prozessoren gerechnet. Da ist alles drauf, was Du wissen mußt. Feinheiten können natürlich etwas widersprüchlich sein. Wolfgang Ludwig (der ARB-Erfinder) meinte übrigens. Die 16S erklärt am besten auf Familienebene. PMID: Wenn Du Literaturrecherche machst, dann gib einfach die Autorennamen nach diesem Schema ein, zB. Shiba T Simidu U, meist empfiehlt es sich die beiden Erstautoren zu nennen. Dann bekommst Du ein oder mehrere Paper genannt, das reicht, als letztes steht jeweils die PMID. Achtung, PubMed ist eine medizinische Datenbank, daher bei Bakterien nicht notwendigerweise vollständig. Da hilft manchmal DOI weiter. Bezüglich Wikipedia:Literatur: Welches Beispiel hattest Du da angedacht? Keines passt für Fachliteratur der Biologie. Der Titel kann auch nicht kursiv geschrieben werden, denn kursiv benötigen wir für Namen. Die Zeitschriften sind standartisiert abgekürzt, ist nach kurzem Anschauen selbsterklärend, dann kann auch das "In" entfallen, es sei denn es ist ein Buch. Damit sind auch Bücher sauber von Zeitschriften getrennt, was auch die Recherche deutlich unterscheidet. Der Band macht Sinn, nicht aber die Nummer der Ausgabe, denn die Seitenzahlen sind fortlaufend, und in den Bibliotheken sind die Jahrgänge gebunden, man findet selbst bei gutem Willen kaum die Nummer. Durch den Bis-Stich sind die Seitenzahlen selbsterklärend. Enfällt: Kursivschrift (kontraproduktiv), "In" bei Zeitschriften, Nummer, "S." (alle überflüssig). War aber sicher in der Anfangszeit, ohne Computer, sinnvoll; wenn ich so die alten noch nicht gebundenen Zeitschriften denken, dann fände ich die alte Formtierweise sinnvoll. Bleibt mein Fazit: Was will der Leser wissen? Antwort: Wer hat wann was publiziert: 1. Autor, 2. Jahr, 3. Titel. Genau diese Dinge sind leider im vorgeschlagenen Format versteckt. Daher denke ich, warum alles in ein veraltetes Format transferieren (Ist zusätzliche Arbeit), wenn man das alles schon vorgegeben in angepasstem, informativeren Stil schon haben kann. Allerdings trifft das sicher nicht auf alle Fachbereiche zu. Ich nehme an, gäbe es ein universell sinnvolles Format, dann wäre es in Benutzung, aber die verschiedenen Wissenschaften haben eben verschiedene Bedürfnisse. Übrigens fand ich in den ganzen Vorschlägen, die ich über die weiterführenden Links fand, etliche erhebliche Verstöße gegen die eigenen Regeln. Nun ja, ich denke mal, wenn Dir das Format in Wikipedia:Literatur mehr zusagt, solltest Du vielleicht die Quellen entsprechend umformatieren. Persönlich bin ich wohl doch eher der Meinung, dass Einheitlichkeit mit dem Fachbereich hergestellt werden sollte. Denn wer wirklich recherchiert, wird ganz schnell auf die dortigen Regeln stoßen. Prinzipiell würde zur Formatierung meinen, innerhalb eines Artikels einheitlich. Also, wenn Du die Sphingomonadales einheitlich nach Wikipedia:Literatur formatierst, werde ich natürlich nach diesem Schema eine Literaturangabe einfügen. Ansonsten würde ich mich eher dem Wohl des Lesers verpflichtet fühlen, das heißt Einheitlichkeit mit dem Fachbereich, sowie Klarheit und Informationsgehalt; daher die Reihenfolge der Einträge. Vielleicht gibt es ja auch Argumente, die dagegen sprechen. Das war wohl soweit ein Cent... mein Cent. Gruß, --Bollisee 22:20, 3. Nov. 2008 (CET)

A Robust Species Tree for the Alphaproteobacteria (Williams et al. 2007) lief mir gerade über den Weg. Hatte ich schon mal gesehen aber nicht wiedergefunden. „However, only one multiply represented order, Sphingomonadales, was retained intact in all the trees.“ Der baute vekettete phylogenetische Bäume von Proteinen und ribosomalen Untereinheiten. Das kommt auch noch rein. Und dann gut verständlich. Eine Herkulesaufgabe, aber erst morgen. --Bollisee 00:06, 4. Nov. 2008 (CET)

Die Diskussion über die Formatierung von Quellenangaben ist hier an vollkommender falscher Stelle! Ich schlage jetzt folgendes vor: Schreib den Artikel erst einmal in Ruhe so weit fertig und formatiere die Quellen nach deinem Vorschlag, danach stellen wir, ich oder Du, diese Formatierungsart in Wikipedia Diskussion:Redaktion Biologie zur Diskussion. Dann hat man dort ein Beispiel, ist zwar auch irgenwie unpraktisch, weil man die Formatierung, je nach Ergebniss, dann ja vielleicht wieder ändern müsste, aber sonst kommen wir hier ja nicht richtig vorwärts. Zu Wikipedia:Literatur: Ich habe mich wohl unpraktisch ausgedückt, sorry. Schau in Tabelle "Quelltext-Vorlagen zum Kopieren" direkt über dne Abschnitt "Kurzübersicht der Formatierungsregeln". Hier nach: Autor grade, Titel kursiv, In:, Zeitschrift kursiv, Rest wieder grade. Ich persönlich stimme dir teilweise zu: Autor zuerst mit Nachnahme, dann Vornamen nennen (nach den jetzigen Regeln anderes herum), dann Datum oder Jahr in Klammern. Den Rest würde ich allerdings so lassen, zumindest den Zeitschriftnamen ausschreiben (Ich hatte immer wieder mit Zeitschriftkürzeln Probleme, wahrscheinlich bin ich nicht der Recherche-Profi, aber für dieses Publikum sollte ja der Inhalt zugänglich gemacht werden). Aber nun erstmal Erfolg bei dem Artikel, Grüße, --Kogge 13:23, 4. Nov. 2008 (CET)

Hallo Kogge, bin erst einmal aus Zeitgründen und „Kompliziertheitsgründen“ mit der Formulierung stecken geblieben. Ich habe allerdings, um die Formulierung abzusichern noch einmal schnell eine genaue phylogenetische Analyse gemacht, da ist noch ein Ärger drin. Die wollte ich Dir zukommen lassen (pdf), damit auf dem gleichen Stand bist und meine Worte kommentieren kannst, oder mich gegebenenfalls ausbremsen. Wie schicke ich Dir das? Oder hochladen? Für die kurze Textstelle werde vielleicht erst einmal partielle Entwürfe speichren, die Du vielleicht auch gleich kommentierst. Gruß --Bollisee 09:38, 7. Nov. 2008 (CET)

Deine Kritik und meine neue Erkenntnis auf Basis vom neuesten LTP habe ich mal in folgendem Vorschlag berücksichtigt. Teil 1 definiert die Ordnung, Teil 2 skizziert die Unordnung in der Ordnung mit weniger Details und Teil 3 gerechtfertigt die Ordnung und skizziert eine Ausnahme. Ist es so besser verständlich?

Die Ordnung Sphingomonadales^[16] beschreibt innerhalb der Alphaproteobacteria eine phylogenetisch klar abgegrenzte Linie und besteht aus den Familien Sphingomonadaceae^[17] und Erythrobacteraceae^[18]. Die Typusgattung Sphingomonas wurde aufgrund phylogenetischer Analyse mit zunächst fünf Arten beschrieben,^[19] wobei deren eigene Typusart Sphingomonas paucimobilis bis dato „Pseudomonas paucimobilis“^[20] benannt war. Bei der Namensgebung der Ordnung wurde die frühere Beschreibung der Gattungen Zymomonas^[22] und der Gattung Erythrobacter^[23] nicht berücksichtigt.

Neue Erkenntnisse in der Phylogenie als Grundlage der Bakterientaxonomie sorgte für gewaltige Umstellungen in der Domäne Bakterien.^[24] Im Zuge dieser Neuordnung entstand später die sehr weit gefasste Gattung Sphingomonas. Einige Arten wurden von anderen Gattungen transferiert, beispielsweise Flavobacterium (Bacteroidetes), Pseudomonas (Gammaproteobacteria).^[25] Andererseits waren sowohl vorher (als auch danach) einige genauer gefasste Gattungen beschrieben worden.^[25] Obwohl versucht wurde, die Taxonomie im Sinne der Phylogenie umzugestalten,^[26] ist innerhalb der Familie Sphingomonadaceae noch keine tragfähige Grundlage der Nomenklatur gefunden. Abgeschwächt gilt das auch für die Familie Erythrobacteraceae.

Nach außen ist die Ordnung Sphingomonadales gut abgegrenzt gegenüber anderen Ordnungen in den Alphaproteobacteria, chemotaxonomisch^[21] und phylogenetisch (16S rRNA Gensequenzanalyse^[18] und Analyse von 106 ausgewählten Protein- und rRNA codierenden DNA-Sequenzen^[27]). Da allerdings innerhalb der Familie Sphingomonadaceae der Genus Asticcacaulis und Caulobacter leidyi bislang der Familie Caulobacteraceae zugeordnet sind, kann man die Ordnung Sphingomonadales trotz guter Datenlage noch nicht als monophyletisch, sondern nur als paraphyletisch bezeichnen.^[28] --Bollisee 12:50, 7. Nov. 2008 (CET); vervollständigt, Bollisee 22:54, 9. Nov. 2008 (CET)

Hallo, auch wieder nur eine kurze (und etwas späte) Rückmeldung von mir. Der Text ist sehr gut und auch verständlich geschrieben, schön gemacht! Die Unterlagen könntest Du mir per Email schicken, geh auf meine Benutzerseite, einfach unter "Werkzeuge" auf "E-Mail an diesen Benutzer" klicken. (Aber natürlich bist Du der Fachmann, ich mecker ja lieber im Teil Formatierung und Quellenangabe, was Inhalt betrifft vertraue ich Dir schon :) --Kogge 12:07, 9. Nov. 2008 (CET)

Hallo Kogge, jetzt schau mal in den Text und vergleiche ihn auch mit dem phylogenetischen Baum. Alle, von mir für den Text verwendeten Quellen, sind jetzt angegeben. Wenn Du kürzen willst, dann mach das (vielleicht mit einer kurzen Begründung, vielleicht können wir ja wirklich die eine oder andere Quelle ohne Bauchschmerzen kürzen, ich habe da ja auch noch Hoffnung). Weiterhin habe ich erst einmal das Plos-Format verwendet und würde das erst einmal so in die Sphingomonadales einfügen. Einige Deiner Quellen vom oberen Text wären im alten Format. Du kannst Dich dann entscheiden, ob Du meine Quellen ins Wikipedia-Format umsetzt, oder Deine Quellen anpasst. Wie auch immer ist es ok für mich. --Bollisee 23:19, 9. Nov. 2008 (CET)

Ich muss gestehen, das ich mit diesem (doch sehr komplexen) phylogenetischen Baum nicht viel anfangen kann und somit wohl leider nicht viel helfen kann (allerdings vertraue ich da Dir natürlich). Den Abschnitt Systematik könnte man ja nun als fertig bezeichnen, ganz schön harter Akt! Das Thema Quellenformat sollte man nun ins Portal zur Diskussion stellen und erst dann die Formatierung dem Ergebnis nach entsprechend durchführen. Ich denke ich schaffe es wohl bis morgen Abend. Die „Bequellung“ an sich können wir auch so lassen, ist für mich auch OK. Was denkst Du sollen wir mit dem Artikel Systematik der Bakterien tun, wäre es für dich OK ihn jetzt Online zu stellen. Mir wäre es sehr lieb, da es für mich ja hauptsächlich um einen Leitartikel für das System ging (also zuerst den Hauptartikel und dann die einzelnen Bakterienartikel anpassen). Grüße, --Kogge 00:11, 12. Nov. 2008 (CET)

Ich denke, wenn Du Zeit hast könntest Du beides organisieren. Selber habe ich übrigens die Systematik auch schon benutzt, um Dinge nachzuschauen, dass die vollständig und richtig ist, weiß ich ja schon ;-) Vorstellen und nach dem besten Ort schauen, wo man das ins Bioportal einbauen könnte. Mir persönlich schwebt keine Klassifizierung der Artikelqualität, wie bei den Masterplänen vor (das sollen andere machen), aber es wäre ME der richtige Ort.

Die Unterschiede des Quellenformats sind gerade bei den Sphingomonadales ganz deutlich zu sehen. Du könntest also unsere Diskussion kurz zusammenfassen und zur weitergehenden Diskussion stellen. Ich glaube der Zeitpunkt ist gar nicht schlecht, denn so könnte man mal einige Stimmen dazu sammeln. Nenne das Format bitte nicht PlosOne-Format sondern nur Plos-Format (Mein Fehler). Plos ist eine ganze Zeitschriftenfamilie. Einen Gedanken hatte ich noch die letzten Tage. Man muß ja nicht immer den Originalautor zitieren, wenn man ein zusammengefasstes Werk weiter kondensiert beschreibt. Bei den Sphingomonadales haben wir aber viel eigenen Gehirnschmalz anhand der Originalquellen eingebracht. Das heißt, wir müssen dann auch genau diese verwendeten Quellen einbringen, ein Zusammenfassung der Quellen ist dann ME nicht zulässig.

Mach erst mal, wenn Du Zeit da ist und gib mir kurz ne Notiz. Ich habe die nächsten Tage leider kaum Möglichkeiten, würde mich aber im Zweifel schon noch kurz dazu jeweils äußern können. Gruß --Bollisee 16:49, 12. Nov. 2008 (CET)

Ja das klingt doch schon mal gut, ich denke so am Wochende können wir über die Formatierung diskussieren. Ich denke mit dem Gedanken nicht immer den Originalautor zu zitieren meinte ich das gleiche bezüglich Literaturangaben, wichtige Werke, an denen sich der Artikel orientiert, müssen nur einmal unter dem Abschnitt Literatur angezeigt werden und es ist keinesfalls nötig Quellenangaben, die innerhalb der jeweiligen Literatur vorkommen, noch einmal zu zitieren, wobei Ausnahmen natürlich möglich und manchmal wohl auch erforderlich sind. Bis zum Wochende, --Kogge 17:34, 12. Nov. 2008 (CET)

Ich kenne natürlich nicht die Diskussion der Wikipedia über Sinn und Zweck der Quellenangaben hier, wahrscheinlich mit einigem Eifer geführt. Aber aus der besonderen Konstellation, Enzyklopädie ohne verantwortliche Redaktion oder namentlich bekannten Redakteur, liegt der Umgang mit Quellenangaben eigentlich nahe. Man dokumentiert die Entstehung des Artikels, d.h. alle verwendeten Quellen und nichts weiter. Wer sagt denn, dass selbst ein Standardwerk in einem Bereich alles richtig wiedergiebt, aus welchen Gründen auch immer. Damit bleibt der Artikel soweit korrekt, wenn man also dieses Werk zitiert.

Ein Buch, daß sich als Leitfaden durch einen Artikel zieht, muß man sicher nicht immer zitieren, das denke ich auch. Was entscheidend ist, daß die Quelle dann irgendwo aus dem Artikel hervorgeht. Natürlich wird es immer Artikel mit mehr oder weniger Recherche geben, weil es Zusammenfassungen gibt oder eben nicht gibt. Das schlägt sich dann in der Anzahl Quellen nieder. Eigentlich trifft das ja auch alles zusammen auf den Artikel zu.

Zwei Gedanken kamen mir jetzt doch noch. (1) Gibt man die weiterführenden Bücher an, um dem Leser die Bücher ans Herz zu legen, oder um die Entstehung des Artikels zu dokumentieren. Eigentlich sollte das doch ersichtlich sein. (2) Eigenleistung: Bei Quelle 17 in den Sphingomonadales ging das noch relativ elegant mit einer Quelle zu verbinden, aber was, wenn nicht? Kein Mensch kann ersehen, ob der Schreiberling hier nur ein Hochstapler ist, oder ob das Hand und Fuß hat. Ist vielleicht beides erst mal nicht oberdringlich, aber irgendwie drückt mir da der Schuh. Gibt es dazu schon Lösungen? --Bollisee 23:53, 14. Nov. 2008 (CET)

Bezüglich Literatur und Quellen reden wir jetzt glaub ich aneinader vorbei. Zu (1): Es ist Gang und Gebe unter dem Abschnitt Literatur ausschließlich verwendete Literatur anzugeben, für weiterführende Literatur wird dann ein eigener Abschnitt angelegt oder die Angaben sonst wie entsprechend gekennzeichnet, bei vielen lesenswerten Artikeln existiert beispielsweise ein Abschnitt Weiterführende Literatur. Zu (2): Was meinst Du mit Eigenleistung? Unveröffentlichte eigene Arbeiten sind bei Wikipedia am falschen Platz. Auch eigene, also vom Autor selbst gemachte Interpretationen oder weitergehende Schlussfolgerungen sind hier falsch. Es ist ja schließlich eine Enzyklopädie und kein Forum. Die Frage ob Schreiberling hier nur ein Hochstapler ist sollte man hier ja eigentlich gar nicht stellen müssen, deswegen ja auch Quellenangaben. Die Lösung ist halt einfach: Die Angaben müssen in den Quellen nachlesbar sein - mit Systematik der Bakterien sind wir meiner Meinung nach eigentlich auch schon hart an der Grenze. Grüße, --Kogge 19:29, 17. Nov. 2008 (CET)

Tja, dann müssen wir den Systematikteil bei den Sphingomonadales wieder komplett streichen. Zumindest den gesamten von mir geschriebenen Text inclusive der phylogenetischen Analyse. Denn ganz ohne Eigenleistung wird man da nie nach der Datenlage (öffentlich zugängliche) korrekte Aussagen treffen können. Ein abschließender Artikel ist darüber nicht geschrieben worden. Die falsch einsortierten Arten können wir dann nicht erwähnen, sondern müssen eine Falschdarstellung auf Basis bereits geschriebener Literatur machen. Damit hätte ich allerdings ein ethisches Problem. Im Artikel Sphingomonadales ließ sich das zumindest einigermaßen umgehen. Die phylogenetische Analyse von LTP96 deckt sich mit meiner genaueren Analyse von den Sphingomonadales, sprich, die publizierte Analyse von Rossello-Mora deckt sich mit meinen für den Text angefertigten Analysen. Meine eigene Analyse (auf Basis publizierter Primär und Sekundärdaten; Genbank, LTP) war aber zuerst Basis des Texts, der aber in jeder Aussage durch Literatur gedeckt ist, daher auch die vielen Zitate. Sprich, wenn der Text bleibt, dann steht kein einziges Zitat zur Disposition, wenn obige Kriterien anliegen. Vom Prinzip her muß ich Dir leider in allen Punkten recht geben, denn sonst könnte ja jeder kommen. Desweiteren kann durch Weglassen ein Falscheindruck entstehen. Bei der Verwendung von Primärliteratur hat auch in Wikipedia nur ein Fachmann im jeweiligen Bereich Kontrolle über die Richtigkeit. Demnach wäre (hier nicht existente) Sekundärliteratur zu Rate zu ziehen. Da man beide Dinge leider in diesem Fall nicht unter einen Hut bringen kann, werde ich meine Mitwirkung bei der Wikipedia wohl doch noch mal überdenken müssen. Daten aus unveröffentlichten Untersuchungen sind keine eingeflossen, die eigene Analyse öffentlich zugänglicher Daten hat den Text jedoch beeinflußt und sie ist komplett belegt. Aber machen wir uns nichts vor, hier war die Daten- und Literaturlage recht gut.

Übrigens sollte dann auch überall die NCBI-Taxonomie rausgenommen werden, denn die ist weder gut, noch autoritativ, noch als publiziert anzusehen. Alternativ kann man bei RDP die offizielle Taxonomie nachschlagen, besser jedoch dann bei Euzeby.

Zu Literatur, gemeint ist natürlich die Verwendung von Sekundärliteratur, entgegen dem Grundsatz, dass Primärliteratur verwendet werden sollte, weil das den Autoren nicht zuzumuten ist, vielleicht habe ich das etwas unklar formuliert. Gruß --Bollisee 21:26, 17. Nov. 2008 (CET)

Was die Sphingomonadales betrifft hatte ich bis jetzt nicht den Eindruck einer Eigeninterpretation deinerseits, eist doch eine neutrale Auflistung von Fakten? Vielleicht haben wir uns jetzt wieder falsch verstanden? Ich kann mich wohl erst übermorgen wieder melden, dann sage ich hierzu noch etwas genaueres. Grüße, --Kogge 00:03, 18. Nov. 2008 (CET)

Bei dem Begriff Eigenleistung habe ich dich wohl missverstanden. Ich dachte da an etwas wie eigene, unveröffentliche, selbst produzierte Laborergebnisse eines Wikiautoren oder sonst etwas. Ich weiss nicht genau, aber bei dem von Dir geschriebenen Abschnitt Systematik würde ich als Eigenleistung eher etwas im Sinne wie "Mitdenken", Auswertung und Zusammenfassung vorhandender Literatur und Veröffentlichungen verstehen, was ja auch dem Sinne einer Enzyklopädie entspricht: Die jetzige Wissenlage zusammenfassen und wiedergeben. Ich möchte dich auf keinne Fall hier verscheuchen. Ein extremes Beispiel was ich auch im Kopf hatte ist hier mal bei dem Artikel Delfine passiert. Ein Wikiautor wollte eigene Beobachtungen des Verhaltens und darauf hin gemachte Interpretationen, Verhaltensanalysen der Delfine, mit in den Artikel einbinden. Die Beobachtungen und Erklärungen waren aber in der Spezialliteratur noch nie gemacht oder angesprochen, d.h. Quellenangabe war nicht möglich, die einzige Quelle die der Autor hatte, war "er selbst". So etwas ist hier falsch, eine eigene Webseite wäre für so etwas eher richtig. Ich denke dies ein extremes aber doch gutes Beispiel. Natürlich muss man auch bei der Auswertung von vorliegender primär Literatur, wie es bei Dir der Fall war, vorsichtig sein, sprich keine Schlussfolgerungen aufstellen die schon Hypothesen gleichen, sondern möglicht neutral die vorhandenen Quellen zusammenfassen. Aber das Problem bei Primärliteratur ist auch bei Sekundärliteratur vorhanden, das es meist sehr sinnvoll ist, mehrere sekundäre Veröffentlichungen zu benutzen und zusammen zu fassen. Man ist hierbei auch gezwungen verschiedene Daten und Wissen zu sammeln und zusammen zu fassen. Hierbei ist ja auch Eigenleistung, sei es nun in geringeren Maßen, erforderlich. Man muss also immer versuchen abzuwegen ob man bei einer Widergabe von dem vorhandenen Wissen nicht zu viel eigene Interpretation dazu gibt, ob es nun mehr in den Maßen wie 2+2 ergibt 4 oder ob es schon in Richtung Unendlich zum Quadrat geht. Bei dem jetzigen Abschnitt Systematik sehe ich persönlich keine Probleme (es wäre anders, wenn hier keine Quellenangaben existieren würden, wie Du auch schon sagtest). Was den Artikel Systematik der Baktieren betrifft finde ich es schon ein bissle mehr heikel, aber letzendlich ging es hierbei um eine Auswahl bei zwei oder mehreren vorhandenen Daten (je nach Autor gehört die Bakterie zu der Ordnung X oder zu Y?), um eine Entscheidung, was ja auch letzlich bei NCBI der Fall ist, man muss sich zwischen zwei Quellen entscheiden. Bei in der Wissenschaft noch im entstehenden Wissen, wo "noch dran gearbeitet wird" kann man nicht alle bestehenden Meinungen in einem Lexikon auflisten. Bei NCBI ging es um die Entscheidung ob, oder in welchen Maße, man NCBI mit einbezieht. Was man bei der Phylogenie der Mikrobiologie in einem Lexikon schreiben sollte, ist bei dem sich in starker Bewegung befindlichen Wissenstandes halt schwierig und erfordert ja nach Sachlage, bei jedem neuen Artikel, immer eine neue Abwägung. Ich fürchte ich habe mich hier schon wieder etwas umständlich ausgedrückt, aber ich hoffe das es trotzdem etwas verständlicher geworden ist. Grüße, --Kogge 13:20, 18. Nov. 2008 (CET)

Nun ja, um Neutralität war ich natürlich sehr bemüht bei dem Artikel, ich glaube es ist sogar ganz gut gelungen, obwohl die Artikel von Takeuchi und Yamaguuchi wohl eher als handfester Streit zu interpretieren sind. Man muß ja nicht gleich schreiben, dass einer der Artikel ziemlich daneben ist. Zur Eigenleistung bei der Systematik im Allgemeinen ist wohl eine Beurteilung der Lage unerläßlich, damit der Artikel nicht schon beim Schreiben 10 Jahre veraltet ist. Diese Beurteilung der Lage geht wohl nicht ohne Eigenleistung, aber auf Basis öffentlich zugänglicher, peer-review-publizierter Daten. Sonst bleiben die Artikel komplett unzuverlässig. Das heißt, ohne diese Aktion, wäre ich nicht in der Lage, vernünftige Worte über die Phylogenie zu schreiben. Dabei entstehen jedoch Daten (e.g. der Baum, den ich Dir als pdf geschickt habe), die dann nicht als Beleg zugänglich sind. Hier ist sicherlich der Einwand Deinerseits vollkommen berechtigt. Aber leider: OHNE GEHT ES NICHT. Durch heftige Zitiererei läßt sich der Schaden begrenzen, aber ein schaler Beigeschmack bleibt tatsächlich. Bei einem kann ich Dich übrigens beruhigen. NCBI ist bei der Systematik sicherlich bei weitem die ungenauere Quelle gegenüber unserer Liste. Die benutze ich übrigens mittlerweile selber als Referenz und würde sie auch guten Gewissens empfehlen. Gruß --Bollisee 01:20, 19. Nov. 2008 (CET)

Den Artikel Sphingomonadales betrachten wir von der Systematik bis auf weiteres als abgeschlossen, bleiben noch die Sphingomonadaceae anzupassen. Bist Du da einverstanden, Kogge? --Bollisee 19:23, 1. Dez. 2008 (CET)

Hallo, ich habe jetzt im Artikel Systematik der Bakterien die einzelnen Taxa verlinkt. Viele davon sind natürlich rot und es mag unschön aussehen, andere Möglichkeit wäre die noch nicht geschriebenen Artikel und hier rot erscheinenden nicht zu verlinken, aber ich denke so macht es mehr Sinn, ansonsten müsste man jeden neuen Artikel immer im nachhinein verlinken. Außerdem sieht man so besser was noch fehlt (außerdem wird es ja auch in allen Bakterienartikeln so praktiziert, auch bei anderen Systematiklisten, s.h. beispielsweise Systematik der Bedecktsamer nach APG)

Da jetzt wohl fertig, werde ich jetzt den richtigen, echten Artikel erstellen und den Inhalt entsprechend hinein kopieren. Wie soll er denn nun heißen? Grüße, --Kogge 16:43, 20. Nov. 2008 (CET)

Hallo, ich habe den Text jetzt zu der Diskussion des eigentlichen Artikels Caulobacterales gestellt. Es geht ja ausschließlich um diese Ordnung, bei dem Artikel hier Systematik der Bakterien wird sich ja nix ändern. So können andere Autoren und Leser auch die Entwicklung von Caulobacterales besser verfolgen. Grüße, --Kogge 13:18, 20. Nov. 2008 (CET)

Hallo Kogge, habe einen Fehler im Artikel Caulobacteraceae beseitigt. --Bollisee 00:47, 25. Nov. 2008 (CET)

Bitte schaut mal bei der Diskussion Caulobacterales, ob mein vorgeschlagener Text so in Ordnung ist. Dann würde ich den in den Artikel transferieren. --Bollisee 01:23, 29. Nov. 2008 (CET)

@Kogge. Ich glaube die Caulobacteraceae sind so ok. Die Gattung Woodsholea ist raus, die Quelle NCBI auch. Ich würde meinen der Hinweis auf die Taxonomie im Text Systematik mit der Quelle Yarza et al.^[28] reicht. Schau mal ob es schon „sichtbar“ ist. Gruß --Bollisee 17:57, 1. Dez. 2008 (CET)

Den Artikel Caulobacterales/Caulobacteraceae betrachten wir von der Systematik bis auf weiteres als abgeschlossen.--Bollisee 19:18, 1. Dez. 2008 (CET)

Hallo Kogge, habe bei den Alphaproteobacteria einen groben Fehler entfernt. Solltest Du vielleicht mal schnell sichten. --Bollisee 17:02, 15. Nov. 2008 (CET)

Bollisee, möchtest du Sichterrechte haben? Denis Barthel 17:51, 28. Nov. 2008 (CET)

Eigentlich lebe ich ganz gut ohne. Es sei denn ich gehe Euch auf die Nerven mit häufigem „sichtet mal schnell dies und das“. Sagen wir nur in dem Fall. --Bollisee 18:04, 28. Nov. 2008 (CET)

Hallo,

ich möchte euch hier dringend um euren Input bitten. Gruß, Denis Barthel 23:22, 30. Nov. 2008 (CET)

Klingt skurril, wäre aber möglich, sowohl Größe als auch Lebensraum (würde wohl vermuten in der flüssigen Grenzschicht zwischen Gletscher und Gestein können Bakterien leben). Melde mich bei den Löschkandidaten, wenn ich mehr weiß. --Bollisee 01:48, 1. Dez. 2008 (CET)

Hallo Denis, sieht ja schon mal nett aus. Allerdings würde ich Viren trotzdem nicht einschließen, auch wenn sie in Deutschland per Gesetz Mikroorganismen sein müssen, ob sie wollen oder nicht. --Bollisee 22:51, 4. Dez. 2008 (CET)

Ach ums Gesetz gehts mir ja gar nicht, sondern einfach nur, dass wir allem Kleinsten eine Heimat sein sollten. :) Denis Barthel 18:24, 5. Dez. 2008 (CET)

@Denis, im Moment erscheint mir die Hauptseite der Systematik der Bakterien verwaist. Da wurde bereits Deine Diskussionsweiterleitung gelöscht. Ich habe den Eindruck, das sollte wieder hergestellt werden, da sonst Leute möglicherweise unbemerkt dort diskutieren. Ich denke die ganze Diskussion ist schon jetzt, wie das Thema selbst, sehr zerfranst. Wir sollten vielleicht einmal überlegen, wie man ein wenig Struktur reinbringen könnte. Ich bin da ein bisschen ratlos. --Bollisee 23:25, 9. Dez. 2008 (CET)

Dass sie gelöscht werden würde, war klar, denn sie gehört da ja ebenso wenig hin wie die ganzen Diskussionen zuvor. Im Moment denke ich aber, kennt auch jeder der möglichen Ansprechpartner diese Seite, also Kogge, Brudersohn, du und ich. Das ist erstmal okay so. "ein wenig Struktur reinbringen" ? Ich habe den Archivbot hier reingepackt, der räumt ab jetzt alles Alte ins Archiv. So hat es dann die Übersicht zurück. Denis Barthel 00:11, 10. Dez. 2008 (CET)

Allem Kleinsten, daher haben auch die Archaeen jetzt Platz auf der Projektseite und ein Stammbaum des Lebens. Etwas abseits dann die Viren... Hoffe es ist nicht zu breit so. --Bollisee 12:19, 10. Dez. 2008 (CET)

Es ist unüblich, aber aufgrund der großen Länge der Diskussion bisher erlaube ich mir mal, einen neuen Absatz hier oben anzufügen.

Soweit ich das von weit draußen beobachten konnte, ist die Systematik weitgediehen und eigentlich doch schon soweit, dass sie in den Artikelnamensraum verschoben werden könnte. Wenn ihr das auch so seht, dann würde ich euch um zwei Dinge bitten:

• Die "Kurzanleitung für Autoren" sollte aus der Seite herausgenommen werden, solche Anweisungen sind im Artikelnamensraum tabu.
• Die Absätze "Es ist daher nur zu verständlich, dass je nach Quelle vollkommen andere Informationen vorliegen können..." und "In den nächsten Jahren werden zu vielen Organismen die gesamten Genome vorliegen, so dass durch bessere Beurteilungsmöglichkeiten noch eine ganze Zeit tiefgreifende Änderungen möglich sind..." sollten ebenfalls herausgenommen werden. Das sind beides Sachen, die in Systematik (nicht nur bei Bakterien und nicht erst in der Gegenwart) selbstverständlich sind.

Die Systematik sollte dann auf die beiden Domänen verteilt werden, da sonst eine klare Kategorisierung nicht möglich wäre. Die der Archaeen wäre problemlos in den Hauptartikel integrierbar, für die Systematik der Bakterien sollte ein eigener Artikel aufgemacht werden. Da das lizenzgerecht recht umständlich ist, biete ich mich gern an, das zu machen, wenn ihr den Startschuss gebt. Beste Grüße, Denis Barthel 18:47, 20. Nov. 2008 (CET)

Ja klingt gut, wäre Dir sehr dankbar. Vielleicht nochmal abwarten, was Bollisee zum Rausnehmen sagt. Grüße, --Kogge 17:57, 21. Nov. 2008 (CET)

Melde mich morgen dazu, prinzipiell klingt es ok, kommt noch ein Einwand, dann sollten wir beschließen. Gruß --Bollisee 21:59, 22. Nov. 2008 (CET)

Hallo Denis, die Kurzanleitung kannst Du natürlich wikipediagerecht verpacken, verschieben oder auch ganz streichen. Sie war eigentlich dazu gedacht, notwendige Info gleich an Ort und Stelle rüberzubringen, dass man nicht hinterher jeden Artikel noch einmal nachbearbeiten muss. Dabi bin ich eben wikipediatechnisch Anfänger.

Den Absatz zu den unterschiedlichen Infos in unterschiedlichen Quellen würde ich dringend (!) empfehlen drinnen zu lassen. Die Auswirkungen hierzu sind selbst medizinischen oder E.-coli-Mikrobiolegen kaum bekannt und sind ja der Grund für Existenz dieser Liste. Frisches Beispiel: Redaktion_Biologie, Knöllchenbakterien. Benutzer Tigerente hat den Knackpunkt im Artikel Knöllchenbakterien gefunden, der erzählt nur etwas über Symbiose, und dass Frankia alna nicht dahin gehört. Nach der Definition am Anfang stimmt das auch: "Als Knöllchenbakterien oder Rhizobien (altgriechisch ῥίζα riza = Wurzel und βίος bios = Leben) werden bestimmte Bakterien aus der Familie der Rhizobiaceae bezeichnet." Mit unserer Systematik und dem Hinweis wäre schon eher auffällig, dass der ersten Satz und die Taxobox möglicherweise falsch sind: Die verlinkte Information (über Umwege) über den Originalartikel^[29] gibt einen Hinweis. Ich kenne den Sachverhalt selber nicht, würde aber vermuten (habe nur den Titel von Woronins Arbeit gelesen), dass irgendwann einmal irgendjemandem aufgefallen sein muss, dass die Knöllchenbakterien ≠ bzw. nur ≈ Rhizobiaceae (Phylum Proteobacteria), weil sie gleichzeitig auch Frankia alni (Phylum Actinobacteria) definieren. Da sind wir am Ausgangspunkt der Liste, wo eben erst im Zusammenhang mit dieser Warnung klar wird, dass die deutschen Namen aus historischen Gründen sehr ungenau definieren. Woronin konnte eben noch nicht wissen, dass Frankia ≈ Rhizobien. Möglicherweise ist die Lösung in dem Fall von den Knöllchenbakterien zu den Rhizobiaceae und Frankia alna weiterzuleiten, ich bin sicher, dass es zum Thema bereits Publikationen gibt, wobei natürlich keiner heute die deutschen Namen mehr aktualisiert.

Dieses Beispiel also als Einwand, warum der Hinweis besser so stehen bleiben sollte. Wenn dem aber irgendwelche Regelungen bei Wikipedia im Wege stehen, so kannst Du natürlich das entsprechend verändern, denn der Zweck der Liste bleibt mit oder ohne Hinweis bestehen. Gruss --Bollisee 19:12, 23. Nov. 2008 (CET)

Ich halte den Absatz eher für überflüssig, der Sinn und Zweck dieser Referenzliste wird ja schon durch die Überschrift "Die hier wiedergegebene Systematik ... gilt in der Wikipedia als Referenz..." erklärt. Ich denke man kann auf den Absatz verzichten. Wäre für mich also völlig OK --Kogge 20:19, 24. Nov. 2008 (CET)

Ich würde meinen, Ihr seid die Profis. Macht mal, wie Ihr das für am besten geeignet haltet, da vertraue ich den Fachleuten, die Argumente für und wider liegen ja auf dem Tisch. Sagen wir ich spreche für den Wikipediaanfänger, der eben immer wieder von der Tatsache demotiviert wird, alle Information zusammensuchen zu müssen. Andererseits verstehe ich sehr wohl, dass unnötige Redundanz eher für Probleme sorgt. Ich plädiere also für schnellstmöglichen Einbau, ich glaube, das geht vor. Gruss --Bollisee 00:25, 25. Nov. 2008 (CET)

So, in Archaeen ist die Systematik eingebaut. Während des sprachlichen und vor allem "Wikischliffs" ist mir dabei aufgefallen, dass es es laut unserem Artikel und der dort angegebenen Literatur durchaus eine Isolierung von Nanoarchaeum equitans gegeben hat. Damit wäre das Phyla nicht mehr ungesichert. Dementsprechend habe ich den alten Stand (also: gültig) erst mal erhalten. Ich bitte dringend um Überprüfung der Sachlage, bevor die neue Eintragung (also: ungültig) wieder eingefügt werden kann.

Habe ich schnell gemacht: Zumindest hat vor 6 Wochen der Reinhard Rachel nichts davon gesagt, dass es isoliert sei, ich denke der sollte es wissen. Welches Paper wurde da zitiert? Vielleicht bin ich ja doch nicht up to date (Wobei ich bezweifle, dass eine Isolierung bei dem Winzlingsgenom je funktionieren wird). Meines Wissens wird nur in Waters et al. (2003) ganz dreist N. equitans geschrieben. So einfach geht das nicht, wie die Genomschreiberlinge sich das vorstellen. Die hätten das Dings "Candidatus Nanoarchaeum equitans" nennen müssen, mir unverständlich warum das nicht in der Huber-Publikation gemacht wurde. Genau aus diesem Grund hatte ich die Kategorie nicht bestätigter Taxa eingeführt. Sprich, in dem Fall wäre wieder die Originalkategorie herzustellen und der Text bei den Archaeen entsprechend anzupassen. Meines Erachtens ist die erfolgreiche Isolation von Nanoarchaeum equitans (man beachte die Nichtkursivschreibung) glatt gelogen und auch im Artikel Archaeen nicht mit einem Zitat belegt. (Wow, steht seit mehr als zwei Jahren unbemerkt da drin...) --Bollisee 20:34, 25. Nov. 2008 (CET)

Sieh bitte mal unter [1]. Dort steht was von Kultur. Könnte das das notwendige Paper sein? Denis Barthel 23:19, 25. Nov. 2008 (CET)

Schau ich nachher mal rein, vorab die Info zwischen den Zeilen aus dem Titel: „The “Nanoarchaeota” are a novel archaeal phylum, forming a unique, deep branch in the 16S rRNA based phylogenetic tree of life. “Nanoarchaeum equitans”, the first cultivated representative, is a hyperthermophilic, anaerobic nano-sized coccus with a genome size of about 490 kb. Growth occurs only in coculture with a new chemolithoautotrophic Ignicoccus species.“ Huber schreibt da von kultiviert, aber nicht isoliert. Daher schreibt er auch "Nanoarchaeum equitans", also in Klammern, sprich, es ist kein etablierter allgemein bekannter Begriff. Noch eine Spitzfindigkeit: Dieses Paper ist ein Review, darin kann er gar keine Art beschreiben. Na ja, aalglatt formuliert. IHMO oder sollte man das deutschsprachig formulieren (nach meiner unbedeutenden Meinung) ist das alles sowieso Schwachsinn, das Internationale Komitee für systematische Bakteriologie sollte sich auf den Hosenboden setzen und endlich mal die Möglichkeit schaffen, solche Taxa nach irgenwelchen Regeln sinnvoll beschreiben zu können, damit man die nennen kann, ohne Klimmzüge zu machen. Man kann einfach nicht nur stur an Regeln festhalten, die gemacht wurden, als man noch keine Ahnung von der Welt hatte (ich meine der Welt der Mikroben). Nun gut, bislang ist es eben so, und wir dokumentieren ja nur.

@Denis. Vielleicht sollten wir diesen Thread unter eine eigene Kategorie stellen (2.4 Die Domäne Archaeen). @Denis und Kogge. Ich würde gerne unsere Diskussionen (zB. Sphingomonadales) in der nächsten Zeit (oder Weihnachten) mit Euerem Einverständnis auf das Wesentliche kürzen, so, dass auch andere Leute diese Diskussionen auch später nachlesen können. Einige der Infos sind nämlich sehr praktisch für das Verständnis für Leute, die vielleicht noch dazustossen (Man gibt die Hoffnung ja nie auf).--Bollisee 11:05, 26. Nov. 2008 (CET)

Zugleich sollte der Artikel und die Integration der neuen Systematik darin noch einmal von euch gegengelesen werden, ich kann nicht müde werden, meine fachliche Ahnungslosigkeit zu betonen. Sobald das okay gegeben ist, mache ich dann die Bakterien fertig (die viel größer sind als die paar Archaeen). Gruß, Denis Barthel 01:17, 25. Nov. 2008 (CET)

In die Bakterien sollte ME die Riesenliste nicht rein, wäre kontraproduktiv, vielleicht ein eigener Artikel und dahin verlinkt, von den Bakterien. Die Spezialkategorie "Taxa, deren Zuordnung nicht oder noch nicht zweifelsfrei feststeht" sollte beibehalten werden, und zwar im Anschluss an die Liste. Na dann erst mal viel Spaß mit den Bazis und dem reitenden Feuerzwerg (Ist der deutsche Name vom Erfinder für das Nanoarchaeum). Gruß --Bollisee 20:34, 25. Nov. 2008 (CET)

Klar, das geht in eine eigene Liste, siehe oben. Gruß, Denis Barthel 23:19, 25. Nov. 2008 (CET)

Hi, habe eben den Artikel bearbeitet und jetzt erst eure Diskussion bemerkt. Wie ich den Artikel jetzt strukturiert habe (Archeen raus, Umstellung der Abschnitte) sollte er in den Artikelraum. Ich bin mir nicht ganz sicher, was die Reihenfolge der Abschnitte angeht, den früheren Abschnitt "Referenzliste höherer Taxa in den Domänen der Archaeen und Bakterien " habe ich rausgenommen, da dies ja eigentlich den Artikelnamen entspricht. So steht der Text als Einleitung, "Begründung und Ziel dieser Referenzliste" folgt dann nach dem Inhaltsverzeichniss. Man könnte aber auch beide Abschnitte unter dem Inhaltsverzeichniss setzen, könntet ihr euch ja nochmal ansehen, die alte Version ist ja noch in der Versionsgeschichte zugänglich. Grüße, --Kogge 23:49, 25. Nov. 2008 (CET)

Außer dem Problem Nanoarchaeum equitans (ich schreibs mal Kursiv) erscheint mir die Version der Archeen OK, Dank für die Arbeit. Nanoachaeum könnte man sich (also speziell Bollisee, ich fühle mich da auch überfordert) ja später genauer ansehen und jetzt ersteinmal die Bakterien vollenden. --Kogge 00:13, 26. Nov. 2008 (CET)

Hallo Kogge, ich hatte gestern eine Diskussion über die Schreibweise von solchen Geschichten. Ist nicht ganz so einfach, aber eines ist klar geregelt. Daher ein kleiner Tip: "Taxa with standing in nomenclature" schreibt man kursiv. Höhere Taxa (>Genus) können kursiv, müssen aber nicht kursiv geschrieben werden. Sprich, wer auf Euzebys Liste steht, darf kursiv geschrieben werden, allen anderen bleibt das verwehrt. Für Candidati ist die Schreibweise wie oben, gilt aber für Nanoarcheum selbst nicht, weil es kein Candidatus ist. Lies aber auch meine Meinung oben zum Thema Nomenklaturschwachssinn. --Bollisee 11:05, 26. Nov. 2008 (CET)

Okay, wie gesehen, ist die Liste jetzt im Namensraum, ich finde einen einleitenden Text eigentlich sehr spannend, die ewig langen Listen sind eher ermüdend. Ich bitte um Durchsicht. Wenn die Sache mit Nanoarchaeum geklärt ist, werde ich das auf Zuruf wiederherstellen. Das Löschen von Diskussionsbeiträgen ist gar keine gute Idee, sondern gilt als schwere Sünde in der WP :) . Wer das nachvollziehen will, muss sich halt durch die durchaus lange Diskussion "quälen". Jetzt gilt es als nächstes, die Einträge in den Taxoboxen und (soweit nötig) die Kategorien umzustellen. Kann jemand die anfallende Arbeit abschätzen? Denis Barthel 11:29, 26. Nov. 2008 (CET)

Kann man die Diskussionen archivieren und anschließend zusammenfassen? Ich meine es muß nicht sein, ist ja nur zusätzliche Arbeit, und sündigen soll man ja nicht. Ich dachte an die Übersicht, ist ja wie bei einer Festplatte.

Ich nehme an, dass die Taxoboxen weitgehend unproblematisch sind, so wie ich bisher beurteilen kann. Schwierig wird es mit der Konsistenz im Text, oder Umstellungen bei den Artikellemmata, Bsp. Knöllchenbakterien/Rhizobien (zB. BKL erfordelich oder teilen in drei Artikel). Da sehe ich ernsthafte Arbeit, man kann ja unten gesehen, was für eine Heidenarbeit die Sphingomonadales gemacht haben, und das für 6 Sätze im Artikel (auch wenn es jetzt schneller gehen wird).

Wenn ich nachkomme kann ich auf Wunsch geänderte Artikel/Taxoboxen auf grobe Fehler überprüfen, und nach Dringlichkeit für Änderungen einstufen. Vielleicht sollte man das in der Diskussion hier in jeweils eine eigene Kategorie eintragen unter Diskussion über die Taxonomie und Phylogenie anderer Artikel. Dann sehe ich die Änderungen und würde hier jeweils eine kurze Bemerkung loslassen. Ich meine es gibt ja auch andererseits viele unproblematische Artikel.

Das Nanoarchaeum nimm mal raus bis zum Beweis, dass es isoliert ist raus, also das entsprechende Paper, der Review kann es jedenfalls nicht sein. Ich glaube das würdest Du sogar in der Tageszeitung lesen, wäre zumindest ein Nature-Artikel. --Bollisee 17:29, 26. Nov. 2008 (CET)

Ich denke es ist nicht viel Arbeit. Bezüglich Taxoboxen hatte ich auch nur die Knöllchenbakterien im Kopf, so etwas wie Artikelumstellungen wird es, wenn überhaupt, nicht häufig geben. Bei den von mir in den letzten 2 Jahren aufgearbeiteten Artikel muss man eigentlich nur die Liste der Gattungen durchgehen, da habe ich mich anfangs auf NCBI bezogen. Hier handelt es sich vielleicht höchstens um die 30 Artikel, die (weil auf meinem Mist gewachsen) werde ich auch übernehmen, einen Teil habe ich auch schon bearbeitet. Hierbei handelt es sich im wesentlichen um Proteobakterien, ich denke ich werde das bis Anfang oder Mitte nächster Woche schaffen. @Bollisee wie schreibt man den nun einen "echten" "Candidatus"? Das Wort Candidatuts schräg und Bakterienname grade? Sprich Candidatus Bakterium bakterium? Oder umgekehrt? Ich habe mich das schon immer gefragt und jetzt habs ich immer noch nicht verstanden. Bis denne, --Kogge 18:38, 26. Nov. 2008 (CET)

Der Candidatus ist das lateinische Wort. Zusammen geht das mit dem vorgeschlagenen Namen: "Candidatus Magnetobacterium bavaricum".^[30] Es kann auch Anderes als nur Genus und Epithet vorgeschlagen werden – A brief form of this for first mention in the text of a paper could be "Candidatus (δ-Proteobacteria) intracellularis", Gebhart et al., 1993. Because this designation does not qualify as a valid name under the code, it should be printed within quotation marks.^[30] --Bollisee 20:07, 26. Nov. 2008 (CET)

Ah OK, danke für die Info. --Kogge 14:14, 27. Nov. 2008 (CET)

Ich übernehme zuerst einmal die Proteobakterien (die hatte ich auch am meisten bearbeitet). --Kogge 14:36, 27. Nov. 2008 (CET)

Bei Fragen, melde Dich einfach hier und richte eine neue Unterkategorie ein. --Bollisee 15:56, 28. Nov. 2008 (CET)

Habe Nanoarchaeum equitans rausgenommen aus der Liste der Archaeen, im Fließtext ist es noch drin. Den Artikel zur Art allerdings möchte ich dich, Bollisee, bitten anzupassen, mir steht die Literatur zum Systematikteil nicht zur Verfügung. Abschließend mal ein dickes Lob an euch beide. Das war ein echtes Stück Arbeit das ihr da geleistet habt. Besten Dank, Denis Barthel 16:17, 27. Nov. 2008 (CET)

Schreibe was zum „Nanoarchaum equitans“, zusammen mit „Korarchaeota“ erst mal hier unten in der entsprechenden Kategorie. Ansonsten war für die Liste sowie auch für das Folgende die Diskussion mit Kogge sehr produktiv. Ich würde also vorschlagen, dass wir vorläufige Diskussionen zu einzelnen Artikeln evtl. hier führen, um dann nur wesentliches in die einzelnen Diskussionen anderer Artikel zu übertragen. Über weiterhin viele kritische Anmerkungen wäre ich auch sehr dankbar. Und sei es nur, wenn es wieder mal unverständlich formuliert ist. --Bollisee 15:56, 28. Nov. 2008 (CET)

Diskussionen zu einzelnen Artikeln sollten eigentlich stets am Ort des Geschehens stattfinden, sprich, auf der Diskussionsseite des entsprechenden Artikels. Nur so kann man auch in einem Jahr noch nachvollziehen, warum etwas so und nicht anders gemacht wurde. Aber vielleicht sollten wir einfach mal überlegen ein WikiProjekt Mikrobiologie zu gründen, das den Bereich von Bakterien, Archaeen, Protisten bis zu Viren abdecken könnte. Dort könnte man koordinierende Gespräche am besten führen und zugleich hätte man eine Anlaufstelle für neu Hinzustoßende. Denis Barthel 17:58, 28. Nov. 2008 (CET)

Ein Wikiprojekt hatten wir ja schon mal nachgedacht, allgemeiner Kontext war das wir momentan zu wenig sind, was ich persänlich auch immer noch denke. Eine weitere Möglichkeit wäre hier einen Absatz wie z.B. "Kontrollierte onder Überarbeitete Taxa", hier sollte dann jeder kurz die schon gemachten Taxa auflisten - der Stand der Bearbeitung wäre somit für jeden hier sichtbar. Wenn Probleme auftreten könnte man hier einen Verweis auf die Diskussionseite des jeweilgen Artikel posten. Die Probleme würde dann am eigentlichen Artikel weiter diskutiert. Wäre mein Vorschlag, bin aber auch für andere Meinungen offen. Allerdings bin ich auch weiterhin nur begrentz in der Lage am Geschehen teil zu nehmen, was wohl bis in des Jahres sich nicht ändern wird. --Kogge 00:05, 29. Nov. 2008 (CET)

@ Denis. Vom Prinzip her gebe ich Dir vollkommen recht. Ich merke nur, dass bereits unsere Diskussionen hier recht unüberschaubar werden, gleichzeitig sehe ich sie als effektiv an. Prinzipiell geht es mir um den Beginn der jeweiligen Diskussion und die Orientierung im jeweiligen Bereich. Da ließ es sich hier recht unbeschwert diskutieren, im jeweiligen Artikel gehe ich davon aus, dass auch die einzelnen Fachleute durchaus mal lesen, was darin steht. Das hemmt dann schon die Diskussion, da man seine Texte dann schon mal nach Kommafehlern, durchsucht, oder auch etwas fachliches erstmal nicht schreibt, solange man sich noch nicht sicher ist. Ich wäre schon froh um diesen zentralen Ort hier, zumal wir nur wenige sind. Ich glaube, so lässt sich schneller eine hohe inhaltliche Qualität erreichen, lass mich aber auch gerne eines besseren belehren oder vom erprobten Konzept überzeugen, auch wenn wir nicht gerade über Hunde oder Pferde schreiben. Eine kurze Zusammenfassung der Diskussion in der Diskussion des Artikels hingegen fände ich dann sehr passend, das würde einem Neuankömmling einen schnellen Einstieg in den einzelnen Artikel sehr erleichtern.

Pojekt Mikrobiologie? Mit ein paar mehr Personen eher. Viren würde ich, angesichts des praktisch nicht vorhandenen Wissens über Viren in der Umwelt, mindestens die nächste Dekade eher den Medizinern überlassen. Protisten sind auch so ein Spezialgebiet. Da bräuchte man auch einen Fachmann, sind eben doch Eukaryoten. Gruss --Bollisee 00:10, 29. Nov. 2008 (CET)

@ Kogge. Stand der Dinge vorerst hier, wenigstens eine kurze Notiz, wäre für mich ein sauberer Kompromiss zwischen Regeln und Effektivität. --Bollisee 00:16, 29. Nov. 2008 (CET)

Ich will den Gedanken an ein solches Projekt nicht überstrapazieren. Und auch wenn es natürlich substanzielle systematische Unterschiede zwischen den genannten Gruppen gibt, so sind diese in den Artikeln nicht so übermäßig wichtig. Bakterien und Protisten teilen in einem enzyklopädischen Rahmen vieles miteinander. Strukturell -also was den Artikelaufbau betrifft- scheint mir, dass es eigentlich egal ist ob man einen Protisten (vgl. Cafeteria roenbergensis, Gromia sphaerica) oder ein Bakterium (Epulopiscium fishelsoni, Thiomargarita namibiensis) schreibt. Und da in all diesen Bereichen nur sehr wenige Leute unterwegs sind, hielte ich es für sinnvoll, die Synergien zu nutzen. Ein solches Projekt kann auch erstmal nur ein Diskussionsort ohne riesige Pläne sein, einfach nur ein Platz für grundlegende Diskussionen. Aber wie gesagt, da will ich nicht drängen. Beste Grüße, Denis Barthel 00:40, 29. Nov. 2008 (CET)

Könnte man aber als Ziel formulieren, ist am Ende vielleicht weniger langfristig als gedacht. --Bollisee 00:48, 29. Nov. 2008 (CET)

Die Idee in das Projekt Einzeller mit ein zu beziehen finde ich wiederum gar nicht schlecht, könnte die Mitarbeiterzahl wohl erhöhen (sozusagen). Trotzdem würde ich lieber erst noch abwarten. @Bollisee: Hier eine kurze Notiz war ja auch meine Idee. Sollten dann Fragen auftauchen, verlegen wir die (aufkommende) Diskussion auf die entsprechende Diskussionsseite. --Kogge 18:44, 30. Nov. 2008 (CET)

Die Arbeit bei den Proteobakterien habe ich wohl doch unterschätzt, wird also noch länger dauern.

Ich habe jetzt "Abgeschlossen" hinzugefügt, hier diejenigen die man nach Bearbeitung als fertig ansieht (hier könnte auch noch eine letzt Gegnkontrolle erfolgen, halte ich aber eigentlich nicht für zwingend Notwendig.) Hoffe das macht die Sache ein wenig übersichtlicher. Meine fertigen, problemlose Artikel habe ich bereits aufgelistet --Kogge 11:30, 2. Dez. 2008 (CET)

Nachdem ich gerade auf der Diskussionsseite der Burkholderiaceae eine Bitte um Durchsicht ganz anderer Artikel hinterlassen habe, bin ich einfach gegen euren Rat doch dazu übergegangen und habe Wikipedia:WikiProjekt Mikroorganismen angelegt. Lasst uns einfach das, was bisher hier lief, in Zukunft dort tun, okay? Keine großen Erwartungen, einfach nur ein Ort zur Kommunikation. Beste Grüße und nichts für ungut. Denis Barthel 19:35, 4. Dez. 2008 (CET)

Ist wohl doch die beste Vorgehensweise, vor allem was die Diskussion und Organisation betrifft. Ist auch schon eine schöne Seite. Somit hab Dank und Prost auf ein gutes Gelingen! (na ja, habe grad Kaffee zur Hand) --Kogge 12:29, 5. Dez. 2008 (CET)

Vor einigen Jahren wurde die Beschreibung der zusätzlichen Phyla „Korarchaeota“ und „Nanoarchaeota“ veröffentlicht. Ein Vertreter des vorgeschlagenen Phylums „Nanoarchaeota“ konnte erfolgreich co-kultiviert^[31] und sein Genom sequenziert werden,^[32] das sogenannte „Nanoarchaeum equitans“. Vom vorgeschlagene Phylum Korarchaeota, zunächst anhand ihrer 16S rRNA-Gensequenzen in Proben heißer Quellen nachgewiesen,^[33] gibt es Anreicherungskulturen. Daraus konnte nun ein komplettes Genom veröffentlicht werden,^[34] mit dem informellen Namen „Candidatus Korarchaeum cryptofilum“ versehen. Ohne isolierte Stämme haben die Vertreter dieser Phyla nach den derzeitigen Regeln des ICSB keinen validierten Platz in der Taxonomie,^[2] stellen jedoch zwei von lediglich vier bekannten Phyla der Archaeen dar. --Bollisee 16:52, 28. Nov. 2008 (CET)

Den Artikel „Nanoarchaeum equitans“ habe ich dann schon mal so weit entschärft, dass keine Falschaussage mehr drin steht. Es sind noch zwei Sätze drin die ME auf keinen Fall ohne direkte Zitierung drinnen bleiben dürfen: „Anders als verschiedene bekannte bakterielle Parasiten oder Endosymbionten handelt es sich bei dem kleinen Genom offensichtlich nicht um ein reduziertes Genom. Aus diesem Grunde nimmt man an, dass „Nanoarchaeum equitans“ ein sehr basaler Vertreter der Archaea ist.“ Vielleicht hat jemand Zeit mal in die Artikel reinzuschauen (Wer damit unterversorgt ist melde sich per e-Mail). Ansonsten sollten die zwei Sätze auf die Streichliste.

Die Kursivschreibung von „Nanoarchaeum equitans“ könnte man übrigens im Zweifelsfall noch damit begründen, dass es in IJSEM bereits folgendermaßen geschrieben wurde: ‚Nanoarchaeum equitans‘.^[35] Wahrscheinlich den Reviewern durchgerutscht. Da es noch nicht direkt validiert wurde, würde ich trotzdem die Kursivschreibung streichen. @Denis schau einfach, was alles Du sichtest. --Bollisee 17:22, 28. Nov. 2008 (CET)

Bitte noch ein paar kleine Änderungen bei den Archaeen sichten. --Bollisee 01:30, 29. Nov. 2008 (CET)

Bitte einige Korrekturen bei den Archaeen sichten, habe den Text für die Phylogenie beider Phyla fertiggestellt. Achtung, Quelle 12 (Waters et al. 2003) wird falsch zitiert, wenn im Wikipediaformat alles kursiv geschrieben wird. Hier sollte richtig "falsch" zitiert werden. --Bollisee 23:01, 9. Dez. 2008 (CET)

@Denis ich schreibe mal vorerst noch hier rein. Mykobacterien sind grampositiv, färben aber gramnegativ. Das liegt an den Mykolsäuren, die die Bakterien ähnlich wie die äußere Membran der gramnegativen umgeben. Bei Gelegenheit könntest Du das ein wenig ausführlicher in die beiden Artikel schreiben, ist nämlich ein außergewöhnliches Merkmal der Mykobakterien. --Bollisee 23:14, 4. Dez. 2008 (CET)

Sorry, nehme ich alles zurück, das ist ganz ausführlich bei dem Artikel über die Gattung Mycobacterium dargestellt. --Bollisee 00:44, 7. Dez. 2008 (CET)

Wenn das man stimmt, dass die Mykobakterien grampositiv gefärbt werden („... färben aber gramnegativ“)! Denn das bedeutet ja, dass sie bei der Gegenfärbung mit verdünnter Fuchsin-Färbelösung hellrot gefärbt werden. Aber durch die lipophile Außenschicht können sie ja überhaupt nur schwer angefärbt werden, wie das ja auch im Artikel Mykobakterien erwähnt wird (deshalb Ziehl-Neelsen-Färbung unter Erhitzen). Dass sie nach der Vorbehandlung nach Gram mit verdünnter Fuchsin-Färbelösung anzufärben sind, bezweifle ich jedenfalls für Mycobacterium tuberculosis. --Brudersohn 14:59, 7. Dez. 2008 (CET)

Hallo Brudersohn. Tatsächlich handelt es sich bei den Bakterien der Gattung Mycobacterium um sehr ungewöhnliche Bakterien. Daher wurden die zunächst nicht den grampositiven Bakterien zugeordnet. Basis dieser Technik ist die starke Anfärbung und schlechte Entfärung der äußeren Zellwand. Gramnegative Bakterien haben eine dünne Zellwand, die zudem von einer zweiten Membran umgeben ist. Daher die großen Unterschiede, die man mit einigen Methoden schnell feststellen kann. Die Mycobakterien gehören phylogenetisch (16S, 23S sowie verkettete Bäume inklusive einiger Gensequenzen für hochkonservative Proteine) zu den Actinobacterien (früher High-GC-Grampositive genannt; HGC). Die sind definitiv grampositiv. Wegen der ungewöhnichen Mykolsäuren ist der Zellaufbau wohl eher ähnlich den gramnegativen Bakterien (da gibt es inzwischen neuere Untersuchungen zur genauen Struktur, bei Interesse kann ich die raussuchen). Daher die Aussage: Sie sind grampositiv, obwohl sie nicht grampositiv färben. Dieses Paradoxon gibt es auch bei anderen Bakterien (ohne Mykolsäuren), der Unterschied ist einfach graduell und überlappt; den Unterschieden im Färbeverhalten liegen Unterschiede in einem oder beidem, Anfärbung und Entfärbung, zugrunde. Man muss also die feinen Formulierungsunterschiede beachten. Heute ist die Gramfärbung de facto nur noch für Mediziner interessant (schnelle Bestimmung und wichtig für die erste Entscheidung einer zielführenden Antibiotikatherapie), ansonsten wird sie nur noch pro forma in der Artbeschreibung durchgeführt. Bei den Mykobakterien werden wahrscheinlich deswegen nur von besondere Färbemethoden verwendet, die klassische Gramfärbung eher totgeschwiegen. Die Gramfärbung kann man übrigens mit verschiedenen Färbe- und Entfärbetechniken nachweisen, da sind einige Farbstoffe im Gebrauch, zusätzlich gibt es noch nichtfärbende Methoden. --Bollisee 17:40, 7. Dez. 2008 (CET)

Hallo Bollisee. Das ist mir ja alles klar und das meinte ich auch gar nicht. Mir geht es darum, dass es zwar richtig ist, dass die Mykobakterien nicht wie Grampositive gefärbt werden, aber dass sie eben wohl auch nicht wie Gramnegative gefärbt werden, nämlich mit verdünnter Fuchsin-Färbelösung oder einer anderen bei der Gramfärbung zur Gegenfärbung verwendeten Färbung. Sie sind überhaupt schwer anfärbbar. Also: Es geht mir nicht um ihre Zellstruktur und nicht um ihre phylogenetische Verwandschaft, sondern nur darum, ob es richtig ist zu sagen, sie würden wie Gramnegative gefärbt. Es geht mir in diesem Zusammenhang nur um die Beschreibung der sichtbaren Erscheinung bei der Gramfärbung. --Brudersohn 23:20, 7. Dez. 2008 (CET)

Ok, jetzt verstehe ich. Du sprachst vom Unterschied zur Ziehl-Neelsen-Färbung, da es Gramfärbungsprotokolle gibt, die Fuchsin einsetzen. Das Prinzip Färben/Entfärben ist das gleiche, die Grundlagen der Anfärbung ein wenig anders. Hier werden zunächst die Bakterien durch Erhitzen mit Farbstoff geärgert, sie sind ja nicht hyperthermophil. So dringt der Farbstoff ein. Anschließend wird er mit Säure wieder rausgewaschen. So kannst Du eben säurefeste Bakterien erkennen (wahrscheinlich gleichzeitig nicht hyperthermophile). Die Mykobakterien werden zwar beim Einfärben geschädigt, aber bleiben intakt genug, um anschließend die Säurebehandlung zu überstehen, nun aber nicht entfärbt werden. In der Gramfärbung dagegen wird zwar auch erhitzt (zur Fixierung der Bakterien auf dem Objektträger), aber der Farbstoff wird anschließend kalt angewendet. Ich vermute, das reicht bei den superresistent eingepackten Mykobakterien nicht aus, um deren Mykolsäureschicht zu überwinden. Wahrscheinlich würden sie bei heißer Anwendung der Gramfärbung anschließend gefärbt bleiben, eher unabhängig vom Farbstoff (nur spekulativ). Ich hoffe das beantwortet die Frage zumindest so ungefähr? --Bollisee 08:18, 8. Dez. 2008 (CET)

Wir reden offenbar immer aneinander vorbei. Beide Färbungen, Gram-Färbung und Ziehl-Neelsen-Färbung kenne ich sehr gut, habe sie lange Zeit routinemäßig angewendet und kenne auch deren Prinzip. Was ich meinte, ist etwas anderes: Da die Mykobakterien so schwer anfärbbar sind, werden sie wohl auch nicht bei der Gegenfärbung der üblichen Gramfärbungsprozedur angefärbt. Drücke ich mich so schwer verständlich aus? Das täte mir leid. --Brudersohn 21:38, 8. Dez. 2008 (CET)

Vielleicht habe ich es jetzt verstanden, ich hoffe es mal. Die Gegenfärbung bei der Gramfärbung ist gemeint (normal Safranin). Ich gehe mal davon aus, dass die bei den Mykobakterien auch nicht funktioniert. Bei den Mykobakterien muss man wahrscheinlich ebenso für die Gegenfärbung tiefer in die Trickkiste greifen, denn bei M. tuberculosis oder M. leprae sollte man ja durchaus die Bakterien vom Gewebe unterscheiden können. Die Gegenfärbung hat allerdings nichts mit der Aussage grampositiv oder gramnegativ zu tun. Das heißt alle Nichtgrampositiven sind gramnegativ. ME kommt die Gegenfärbung davon, dass man im 19. Jahrhundert Bakterien anfärben mußte, um sie im Mikroskop überhaupt zu sehen. Sonst könnte man gramnegativ nicht von „keine Bakterien vorhanden“ unterscheiden, ist bei Grams Objekt Klebsiella pneumonie sicherlich entscheidend. Ich würde mal postulieren, dass die Gegenfärbung seit der Erfindung des Phasenkontrasts (evtl. auch DIC) zumindest bei einer Reinkultur obsolet ist und nur aus Tradition weitergemacht wird. Vielleicht rührte daher mein Nichtverstehen.

Letztlich hast Du demnach recht, man kann nicht behaupten: „Sie färben gramnegativ.“ Nach dem ursprünglichen Protokoll ist auch da eine Färbung im Spiel, selbst wenn man die Gegenfärbung heute mit Einschränkungen nicht mehr wirklich braucht. Man kann das auch nicht umgehen mit der Aussage: „Sie sind gramnegativ.“ Denn das ist ja bereits durch die Phylogenie belegt und ausgerechnet bei den Mykobakterien falsch. Bleibt nur noch: „Sie färben nicht grampositiv.“ Dann hat man nichts falsches gesagt, auch wenn es sehr umständlich ist. Das wäre eventuell in den Artikeln zu berücksichtigen. Somit ist meine erste Aussage, sie färbten gramnegativ, falsch. Die Aussage im Artikel: „sie sind schlecht anzufärben.“ vermeidet den Konflikt, hilft aber sachlich auch nicht weiter, da sie nichts darüber aussagt, ob sie nun grampositiv färben oder nicht. Bleibt mir nur zu sagen, gut aufgepasst, das ist doch eine nette Spitzfindigkeit, aber doch sehr berechtigt. Bleibt zusätzlich noch festzustellen, wie sich die Zellen bei einer klassischen Gramfärbung im Vergleich mit Escherichia coli und Bacillus subtilis verhalten. Dazu fehlt mir jedenfalls eine Quellenangabe. --Bollisee 00:28, 9. Dez. 2008 (CET)

Das ist genau das, was ich meinte! Gruß --Brudersohn 22:39, 10. Dez. 2008 (CET)

Da sollte jede Menge Literatur dazu vorhanden sein, aber wahrscheinlich alles unter dem Namen Ralstonia eutropha. Da lohnt sich wegen der technischen Applikationen sicher mal ein wenig Literatursuche. --Bollisee 23:16, 4. Dez. 2008 (CET)

Habe die Artnamen korrigiert. Bitte sichten, der Artikel wurde noch nie gesichtet. --Bollisee 23:45, 9. Dez. 2008 (CET)

Hier gibt es einigen Bedarf. Habe bei Clostridium difficile den Gattungsnamen in Clostridium geändert und sensu lato hinzugefügt. Bitte sichten. --Bollisee 00:10, 10. Dez. 2008 (CET)

• Archaeen
• Caulobacterales
• Caulobacteraceae
• Sphingomonadales
• Aeromonas
• Burkholderiaceae
• Chromatiales
• Chromatiaceae
• Ectothiorhodospiraceae
• Halothiobacillaceae
• Pseudomonadaceae
• Gammaproteobacteria
• Alphaproteobacteria
• Betaproteobacteria
• Deltaproteobacteria
• Desulfobacteraceae
• Acidithiobacillales
• Alteromonadales
• Pasteurellaceae

Genus Ralstonia bei Burkholderiaceae sollte noch mal überprüft werden, ob das nicht inzwischen Genus Cupriavidus ist. --Bollisee 14:21, 2. Dez. 2008 (CET)

Hallo, ich habs auf die Diskussionseite verlegt Diskussion:Burkholderiaceae, --Kogge 09:18, 4. Dez. 2008 (CET)

Mit Archivierung erscheint mir die Diskussion schon deutlich übersichtlicher.

In dem Fall können wir ja Punkt 3 und 4 auslaufen lassen und sonst auch immer unten anhängen. Sobald die Sphingomonadales raus sind ist sowieso wieder Übersicht da, die waren ja der Kickstart. Kannst Du eventuell die Literaturangaben unverrückbar noch hinter alles andere setzen, oder geht das gar nicht? Die sind ME momentan noch ein wichtiger Bestandteil der Diskussion. Vielleicht ändert sich das ja noch, aber jetzt sind wir noch nicht so weit. Bei Literatur mit PMID oder DOI ist das vielleicht unproblematisch, da kann man im Rahmen der Diskussion ja auf den detaillierten Rest wegen des Links verzichten. Aber die Lesbarkeit der Systematikteile würde ich gerne hier testen, und auch von Euch dann Feedback erhalten. Sonst passiert u.U. das Gleiche wie bei den Archaeen, da war ein Satz versehentlich 14 Tage unvollständig, was ich erst gestern beim Einsetzen der Quellenangaben gemerkt habe. --Bollisee 11:22, 10. Dez. 2008 (CET)

1. ↑ Pester M, Tholen A, Friedrich MW, Brune A. Methane oxidation in termite hindguts: absence of evidence and evidence of absence. Appl Environ Microbiol. 2007 Mar;73(6):2024-8. Epub 2007 Jan 19. PMID 17261514.
2. ↑ ^{a b} De Vos P and Trüper HG. 2000. Judicial Commission of the International Committee on Systematic Bacteriology. IXth International (IUMS) Congress of Bacteriology and Applied Microbiology. Minutes of the meetings, 14, 15 and 18 August 1999, Sydney, Australia. Int J Syst Evol Microbiol. 50:2239–2244 Referenzfehler: Ungültiges <ref>-Tag. Der Name „De Vos and Trüper (2000)“ wurde mehrere Male mit einem unterschiedlichen Inhalt definiert.
3. ↑ SP Lapage, PH Sneath, VBD Skerman, EF Lessel, HPR Seeliger, WA Clark. International Code of Nomenclature of Bacteria, 1990 Revision. (Bacteriological Code). ASM Press, Washington, D.C. 1992, ISBN 155581039X
4. ↑ Kim MK, Schubert K, Im WT, Kim KH, Lee ST, Overmann J. 2007. Sphingomonas kaistensis sp. nov., a novel alphaproteobacterium containing pufLM genes. Int J Syst Evol Microbiol 57:1527-1534.
5. ↑ Yurkov VV, KriegerS, Stackebrandt E, and Beatty JT. 1999. Citromicrobium bathyomarinum, a novel aerobic bacterium isolated from deep-sea hydrothermal vent plume waters that contains photosynthetic pigment-protein complexes. J Bacteriol. 181:4517-4525
6. ↑ Chung WK, King GM. 2001. Isolation, Characterization, and Polyaromatic Hydrocarbon Degradation Potential of Aerobic Bacteria from Marine Macrofaunal Burrow Sediments and Description of Lutibacterium anuloederans gen. nov., sp. nov., and Cycloclasticus spirillensus sp. nov. Appl Environ Microbiol. 67:5585–5592
7. ↑ SP Lapage, PH Sneath, VBD Skerman, EF Lessel, HPR Seeliger, WA Clark. International Code of Nomenclature of Bacteria, 1990 Revision. (Bacteriological Code). ASM Press, Washington, D.C. 1992, ISBN 155581039X
8. ↑ ^{a b} Ref Ordnung 2006
9. ↑ Ref Sphingomonadaceae 2000
10. ↑ Ref Erythrobacteraceae 2005
11. ↑ ^{a b c d} Gattung1990
12. ↑ ^{a b} Pseudomonas paucimobilis 1973?
13. ↑ robust tree of the alphaproteobacteria
14. ↑ Chemotaxonomie
15. ↑ Lesbarkeitstest
16. ↑ ^{a b} Yabuuchi E, Kosako Y (2005) Order IV. Sphingomonadales ord. nov. In Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd edn, vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria), pp. 230−233. Edited by D. J. Brenner, N. R. Krieg, J. T. Staley & G. M. Garrity. New York: Springer.
17. ↑ ^{a b} Kosako Y, Yabuuchi E, Naka T, Fujiwara N, Kobayashi K (2000) Proposal of Sphingomonadaceae fam. nov., consisting of Sphingomonas Yabuuchi et al. 1990, Erythrobacter Shiba and Shimidu 1982, Erythromicrobium Yurkov et al. 1994, Porphyrobacter Fuerst et al. 1993, Zymomonas Kluyver and van Niel 1936, and Sandaracinobacter Yurkov et al. 1997, with the type genus Sphingomonas Yabuuchi et al. 1990. Microbiol Immunol. 44: 563−75. PMID 10981829
18. ↑ ^{a b c d} Lee KB, Liu CT, Anzai Y, Kim H, Aono T, Oyaizu H (2005) The hierarchical system of the 'Alphaproteobacteria': description of Hyphomonadaceae fam. nov., Xanthobacteraceae fam. nov. and Erythrobacteraceae fam. nov. Int J Syst Evol Microbiol. 55: 1907−19. PMID 16166687
19. ↑ ^{a b c} Yabuuchi E, Yano I, Oyaizu H, Hashimoto Y, Ezaki T, Yamamoto H (1990) Proposals of Sphingomonas paucimobilis gen. nov. and comb. nov., Sphingomonas parapaucimobilis sp. nov., Sphingomonas yanoikuyae sp. nov., Sphingomonas adhaesiva sp. nov., Sphingomonas capsulata comb. nov., and two genospecies of the genus Sphingomonas. Microbiol Immunol. 34: 99−119. PMID 2111872
20. ↑ ^{a b} Holmes B, Owen RJ, Evans A, Malnick H, Willcox WR (1977) Pseudomonas paucimobilis, a new species isolated from human clinical specimens, the hospital environment, and other sources. Int J Syst Bacteriol. 27: 133−146. online
21. ↑ ^{a b c} Yabuuchi E, Kosako Y, Fujiwara N, Naka T, Matsunaga I, Ogura H, Kobayashi K (2002) Emendation of the genus Sphingomonas Yabuuchi et al. 1990 and junior objective synonymy of the species of three genera, Sphingobium, Novosphingobium and Sphingopyxis, in conjunction with Blastomonas ursincola. Int J Syst Evol Microbiol. 52: 1485−96. PMID 12361250
22. ↑ ^{a b} Kluyver AJ, Van Niel CB (1936) Prospects for a natural system of classification of bacteria. Zentralblatt fur Bakteriologie, Parasitenkunde, Infektionskrankheiten und Hygiene. Abteilung II. 94: 369-403.
23. ↑ ^{a b} Shiba T and Simidu U (1982) Erythrobacter longus gen. nov., sp. nov., an aerobic bacterium which contains bacteriochlorophyll a. Int. J. Syst. Bacteriol., 1982, 32, 211−217. Online
24. ↑ Woese CR, Stackebrandt E, Macke TJ, Fox GE (1985) A phylogenetic definition of the major eubacterial taxa. Syst Appl Microbiol. 6: 143-51. PMID 11542017
25. ↑ ^{a b} Euzéby JP. List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature. Ordnung Sphingomonadales. Details können (auf diesem Internetauftritt zusammengefasst) in den weiterführenden Links der einzelnen Gattungen und Arten eingesehen werden, ebenso die dazu verwendete Originalliteratur
26. ↑ Takeuchi M, Hamana K, Hiraishi A (2001) Proposal of the genus Sphingomonas sensu stricto and three new genera, Sphingobium, Novosphingobium and Sphingopyxis, on the basis of phylogenetic and chemotaxonomic analyses. Int J Syst Evol Microbiol. 51: 1405−17. PMID 11491340
27. ↑ Williams KP, Sobral BW, Dickerman AW (2007) A robust species tree for the alphaproteobacteria. J Bacteriol. 189: 4578−86. PMID 17483224.
28. ↑ ^{a b} Analyse mit dem Datensatz des Living Tree Projekts (Stand: LTP95). Yarza P, Richter M, Peplies J, Euzeby J, Amann R, Schleifer KH, Ludwig W, Glöckner FO, and Rossello-Mora R (2008) The All-Species Living Tree project: A 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains. Syst Appl Microbiol 31:241-250. PMID 18692976
29. ↑ Woronin M (1866) Über die bei der Schwarzerle (Alnus glutinosa) und bei der gewöhnlichen Gartenlupine (Lupinus mutabilis) auftretenden Wurzelanschwellungen. In: Mémoires de l'Academie Impériale des Sciences de St. Pétersbourg. VII Series, vol. X.
30. ↑ ^{a b} Murray RGE and Schleifer KH (1994) Taxonomic Notes: A Proposal for Recording the Properties of Putative Taxa of Procaryotes. Int J Syst Bacteriol. 44: 174-176. DOI 10.1099/00207713-44-1-174
31. ↑ Huber H, Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO (2002) A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont. Nature. 417: 63–7. PMID 11986665.
32. ↑ Waters E, Hohn MJ, Ahel I, Graham DE, Adams MD, Barnstead M, Beeson KY, Bibbs L, Bolanos R, Keller M, Kretz K, Lin X, Mathur E, Ni J, Podar M, Richardson T, Sutton GG, Simon M, Soll D, Stetter KO, Short JM, Noordewier M (2003) The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism. Proc Natl Acad Sci U S A. 100: 12984–8. PMID 14566062.
33. ↑ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (1996) Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences. Proc Natl Acad Sci U S A. 93: 9188–93. PMID 8799176.
34. ↑ Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, Hedlund BP, Brochier-Armanet C, Kunin V, Anderson I, Lapidus A, Goltsman E, Barry K, Koonin EV, Hugenholtz P, Kyrpides N, Wanner G, Richardson P, Keller M, Stetter KO (2008) A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea. Proc Natl Acad Sci U S A. 105: 8102–7. PMID 18535141.
35. ↑ Walter P, Jahn U, Hohn MJ, Kronner M, Näther DJ, Burghardt T, Rachel R, Stetter KO, Huber H (2007) Ignicoccus hospitalis sp. nov., the host of ‘Nanoarchaeum equitans’. Int J Syst Evol Microbiol 57: 803-808. PMID 17392210.