RE 3 steht für folgende Bahnlinien in Deutschland:

• Regional-Express zwischen Jüterbog bzw. Lutherstadt Wittenberg und Stralsund bzw. Schwedt (Oder), siehe Liste der Eisenbahnlinien in Sachsen-Anhalt #RE 3, Liste der Eisenbahnlinien in Brandenburg und Berlin #RE 3 und Liste der Eisenbahnlinien in Mecklenburg-Vorpommern #Regional-Express
• Regional-Express zwischen Hamburg und Hannover, siehe Liste der SPNV-Linien in Niedersachsen
• Rhein-Emscher-Express zwischen Hamm und Düsseldorf
• Regional-Express zwischen Dresden und Hof, siehe Liste der Eisenbahnlinien in Sachsen #Nahverkehr und Liste der SPNV-Linien in Bayern #Linien 3, 30–39 (Nord)
• Regional-Express zwischen Erfurt und Altenburg bzw. Greiz, siehe Liste der Eisenbahnlinien in Thüringen #RE 3
• Nahe-Express zwischen Saarbrücken und Frankfurt (Main)
• Regional-Express zwischen Passau und München, siehe Liste der SPNV-Linien in Bayern #Linien 3, 30–39 (Süd)