Unter RNA-Interferenz (RNAi) versteht man einen natürlichen Mechanismus in eukaryotischen Zellen, der die Expression von einzelnen Genen reguliert. Bei dieser Genregulation ist immer RNA als regulierendes Molekül beteiligt. Nach neuesten Erkenntnissen kann die RNA-Interferenz auf unterschiedlichen Ebenen eintreten: auf Chromatin-Ebene, post-transkriptionell oder translationell.

Gemeinsam ist diesen regulatorischen Mechanismen das circa 21nt lange doppelsträngige RNA-Molekül, das für die genspezifische Runterregulation verantwortlich ist. RNAi führt zur Spaltung, zur Translationsblockade der Ziel-mRNA oder zum Methylieren und Abschalten des entsprechenden Gens. Somit wird die Produktion bestimmter Proteine gestoppt, dies spielt bei Tieren in der Genregulation eine bedeutende Rolle, aber auch in der Abwehr von Viren (v.a. bei Pflanzen).

Für die RNA-Interferenz kann zum einen miRNA, zum anderen siRNA verwendet werden. Der Unterschied liegt in der Entstehung der beiden kleinen RNAs. So wird miRNA in der Zelle von eigenen miRNA-Host-Genen aus transkribiert und prozessiert, die siRNA hingegen entsteht aus längerer freier dsRNA, die z.B. von Transposons oder von Viren stammen oder in der Molekulargenetik künstlich eingeführt werden kann.

Für die Technik der RNA-Interferenz erhielten die beiden US-Wissenschaftler Andrew Z. Fire und Craig C. Mello den Nobelpreis für Medizin 2006.

Dicer, eine Typ-III-Ribonuclease, spielt sowohl bei der Biogenese von siRNAs als auch von miRNAs eine große Rolle indem es die circa 21nt langen RNAs aus größeren Vorläufermolekülen prozessiert. Das Enzym Dicer ist ein Protein (im Menschen 220kDa groß), das 2 RNase III-Domänen, eine PAZ-Domäne, eine dsRNA-Bindestelle und eine Helicase-Domäne besitzt. Es liegt in der Zelle assoziiert mit Proteinen der Argonaut-Familie vor, die wichtige Funktionen bei der RNAi wahrnehmen. Dieser Komplex aus Dicer und Ago-Proteinen (besitzen eine PAZ-Domäne zur miRNA-Übernahme und eine PIWI-Domäne zum Zerschneiden der Ziel-mRNA) erkennt spezifisch doppelsträngige RNA (lange RNA-Duplices im Falle der siRNA oder aber kurze Hairpin-Strukturen bei der Biogenese von miRNAs, vgl. kleine RNAs) und zerschneidet diese in die charakteristischen circa 21nt langen si- oder miRNAs. Anschließend werden die kurzen RNA-Doppelstränge unter ATP-Verbrauch entwunden und eine der entstehenden kleinen – nun reifen – RNAs wird bevorzugt in den so genannten RISC (RNA-induced silencing complex) – einen Ribonucleoprotein-Komplex (RNP) – eingebaut (bzw. der RISC auf dem Dicer-siRNA Komplex assembliert). Auch hier spielen neben weiteren Proteinen (z.B. R2D2 in C. elegans) die Ago-Proteine eine große Rolle. Die Auswahl welcher der beiden komplementären RNA-Stränge schließlich im RISC endet, findet anhand der Stabilität der Enden des RNA-Duplexes statt. Bei mehr oder weniger „symmetrischen“ RNA-Duplices kann man beide RNAs in ähnlichen Mengen in der Zelle nachweisen, bei unterschiedlicher Stabilität der Enden wird eine der beiden RNAs bevorzugt.

Je nach Organismus findet man unterschiedliche Anzahlen von Dicer-Proteinen und verwandten Typ-III-RNAsen, die z.T. unterschiedliche Funktionen wahrnehmen. Die RNAse III namens Drosha mit seinem Partner Pasha z.B. findet sich im Zellkern und ist für den ersten Schritt bei der Prozessierung von miRNAs essentiell (vgl. kleine RNAs).
In einigen Organismen (wie z.B. Pflanzen, nicht aber im Menschen) findet sich weiterhin eine RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), die den Duplex (Doppelstrang) aus siRNA und target-mRNA als Template verwenden kann. So entsteht neue Doppelstrang RNA, die wiederum von Dicer erkannt und gespalten wird, was zu einem selbstverstärkenden Zyklus führt. In Organismen mit RdRP äußert sich dies darin, dass künstlich in die Zelle eingebrachte antisense-Einzelstrang-RNA weit weniger effektiv für den gene knockdown ist als dsRNA.

Um das Jahr 1990 versuchten Forschergruppen um Mol und Jorgensen die Blütenfärbung von Petunien zu verstärken. Sie beabsichtigten zusätzliche Kopien des Gens Dihydroflavonol-Reduktase in die Pflanzen einzubringen und hofften dadurch die Produktion der Blütenfarbstoffe (aus der Gruppe der Flavonoide) anregen zu können. Das Gegenteil war jedoch der Fall. Zur Überraschung Aller waren die meisten der genetisch veränderten Pflanzen weniger stark gefärbt als unbehandelte Pflanzen, einige sogar schneeweiß. Für dieses Phänomen wurde zunächst der Begriff „Cosuppression“ geprägt, da nicht nur die in die Pflanzen eingebrachten Gene sondern auch das korrespondierende, natürlich in den Pflanzen vorkommende Gen der Dihydroflavonol-Reduktase kein bzw. nur wenig funktionelles Protein lieferte.

Weitere Arbeiten zeigten einige Jahre später, dass die Gene nicht nur auf der Ebene der Transkription abgeschaltet wurden, sondern dass zusätzlich die von ihnen produzierte mRNA in den Zellen schnell abgebaut wurde – ein Vorgang der ‚Post-Transcriptional Gene Silencing’ (PTGS) getauft wurde. Etwa zur gleichen Zeit wurden ähnliche Phänomene aus Pilzen (Neurospora crassa) unter dem Namen ‚Quelling’, aus Algen und Caenorhabditis elegans, einem Fadenwurm (Nematoden), berichtet.

1998 schließlich war nach einer Reihe von Untersuchungen klar, dass die mRNA selber maßgeblich an dem Phänomen des PTGS beteiligt ist. Fast gleichzeitig – zusammen mit der vollständigen Sequenzierung des Genoms von C. elegans – veröffentlichten Andrew Fire und Craig Mello 1998 die Technik der RNA Interferenz (RNAi), bei der doppelsträngige RNA (dsRNA) in C. elegans zu einem effizienten und spezifischen Gen-knockdown führt, wofür ihnen der Nobelpreis für Physiologie oder Medizin des Jahres 2006 zuerkannt wurde. Wie genau das Einbringen von dsRNA in den Organismus jedoch zum Abbau der Ziel-RNA führt wurde erst klar, als 1999 Hamilton und Baulcombe kurze RNAs mit einer Länge von ca. 25 Nukleotiden isolieren konnten, die in direktem Zusammenhang zu den regulierten RNAs stehen: die siRNAs (small interfering RNAs), die der RNAi ihre Spezifität verleihen, indem sie die Ziel-RNAs über Basenpaarung binden.

Bei dem Versuch die von Mello und Fire verwendete Strategie auf höhere Eukaryoten zu übertragen traten jedoch in der Folgezeit erhebliche Probleme auf: die verwendeten Zellen schienen die langen doppelsträngigen RNAs nicht zu tolerieren und es kam zu Apoptose (dem programmierten Zelltod) ausgelöst durch die PKR (Protein Kinase R). Erst die bahnbrechende Arbeit von Sayda Elbashir et al. unter der Leitung von Thomas Tuschl konnte 2001 dieses Problem umgehen, indem kurze dsRNAs von 21nt Länge verwendet wurden, die nicht zu einer Aktivierung von PKR führen, für einen knockdown jedoch funktionell sind.

Da postuliert wurde, dass siRNAs bei der Abwehr von RNA-Viren und bei der Regulation einiger mobiler genetischer Elemente (Transposons) eine Rolle spielen könnten, versuchte man noch im gleichen Jahr – motiviert durch die Tatsache, dass RNAi einen in Eukaryoten wohl universellen Prozess darstellt – siRNAs aus unbehandelten Zellen zu isolieren. Dabei stieß man jedoch auf eine weitere Gruppe von kleinen RNAs, die micro RNAs (miRNAs). Zwei dieser miRNAs (lin-4 und let-7) waren bereits zuvor in C. elegans entdeckt worden, doch nun zeigte sich, dass dies nur die Spitze des Eisberges war, eine Entdeckung, die im Dezember 2002 im Fachjournal Science als 'Breakthrough of the year' (Durchbruch des Jahres) gefeiert wurde. Heute glaubt man, dass weit über 100 verschiedene miRNAs fast zwei Drittel der menschlichen Gene regulieren.

Aus vorausgegangenen Studien an lin-4 und let-7 in C. elegans war bekannt, dass diese miRNAs (zu diesem Zeitpunkt noch als stRNAs – small temporal RNAs – bezeichnet) ähnlich den siRNAs Zielgene über Basenpaarung binden. Nach vorläufigen Erkenntnissen sollten im Gegensatz zu den siRNAs miRNAs jedoch nicht zu einem Abbau der RNA führen, sondern zu einer Repression der Translation. Heute jedoch ist klar, dass miRNAs und siRNAs zwar unterschiedliche Biogenesewege haben, sich in ihrer Wirkung jedoch nur unwesentlich unterscheiden (vgl. kleine RNAs), Erkenntnisse die vor allem Forscherteams um David Bartel, Victor Ambros, Narry Kim, Amy Pasquinelli und Greg Hannon zu verdanken sind.

RNAi hat sich als gentechnisches Verfahren zum Ausschalten von Genen in Laborversuchen etabliert. Vor allem die Verringerung der Genaktivität statt des Ausschaltens bietet Möglichkeiten zur weiteren Erkenntnisgewinnung.

Es gibt intensive Forschungen an der Nutzung zur Heilung von Krankheiten. Dabei erhofft man sich besonders bei der Therapie von AIDS, Hepatitis C, Hepatitis B u.a. ein wertvolles Instrument. Allerdings fanden Gitlin et al. 2002 auch eine Polio-Viren-Mutante, die der RNAi entgehen kann. Therapien basierend auf RNA-Interferenz sind bisher noch im Forschungstadium.

• Themenausgabe des online-Magazins sciencegarden zur RNA-Interferenz