Die Obersten-Affäre war eine politische Affäre, die sich während des Ersten Weltkrieges in der Schweiz abspielte.

Vor und nach Ausbruch des Ersten Weltkrieges belieferten Friedrich Moritz von Wattenwyl und Karl Egli, beides Oberste im Generalstab die Militärattachés Deutschlands und Österreich-Ungarns mit den Tagesbulletins des Schweizer Generalstabs und mit verschiedenen Telegrammen unterschiedlicher Bedeutung und Vertraulichkeit, die der Schweizer Nachrichtendienst entschlüsselt hatte.

Im Dezember 1915 erfuhr der Bundesrat davon und hoffte, diese Affäre diskret beilegen zu können. Der damals amtierende General Ulrich Wille versetzte die beiden Offiziere. Nachdem Parlamentarier, die Presse sowie die Öffentlichkeit Druck auf den Bundesrat ausübten, verordnete dieser am 11. Januar 1916 eine Administrativuntersuchung. Die beiden Offiziere wurden, obwohl Wille nicht sehr glücklich darüber war, am 18. Januar vor das Militärgericht gestellt. Aus Furcht vor zu grossen Reputationsschäden der Schweizer Armee lehnte Wille eine Verurteilung ab. Der Bundesrat leitete am 19. Januar ein vollständiges Gerichtsverfahren ein. Das Divisionsgericht 5 in Zürich erklärte am 28. Februar die beiden als strafrechtlich nicht schuldig und wies den Fall zur disziplinarischen Beurteilung an die Militärbehörde zurück. General Wille bestrafte die beiden Offiziere mit je zwanzig Tagen Arrest und der Bundesrat enthob sie ihrer Funktionen.

In der Deutschschweiz wurde die Affäre schöngeredet, anders in der Romandie. Das milde Urteil und die Sanktionen wurden von den Westschweizer Medien stark thematisiert und lösten damit eine Vertrauenskrise in der Bevölkerung aus. Die welschen Bürgerlichen versuchten zwar einzulenken, aber auch ihr Vertrauen war erschüttert. Vor allem die Sozialisten übten scharfe Kritik an der Armee und der Regierung. In der Bevölkerung kam das Gefühl auf, dass sich ein grosser Graben zwischen den Sprachregionen öffne und die sozialen Klassen voneinander trennten. Sowohl Intellektuelle als auch Politiker führten eine Debatte über den Wert der Schweizer Neutralität, die sich wegen des offenen Ausgangs des Weltkriegs weiter verschärfte. Der Hauptkritikpunkt war die deutschfreundliche Haltung der Armeeführung.

• Félix Bonjour: Souvenirs d'un journaliste 2. 1931, S. 191–212. 
• Jürg Schoch: Die Oberstenaffäre: Eine innenpolitische Krise 1915/1916. 1972, ISBN 3-261-00763-X. 
• Max Mittler: Der Weg zum Ersten Weltkrieg. Wie neutral war die Schweiz? Neue Zürcher Zeitung, Zürich 2003, ISBN 3-85823-969-0, S. 769–782. 

• Catherine Guanzini: Obersten-Affäre. In: Historisches Lexikon der Schweiz.