Ernst Werner ist der Name folgender Personen:

• Ernst Werner (Verwaltungsbeamter), deutscher Verwaltungsbeamter
• Ernst Werner (Sportjournalist) (1899–1984), deutscher Sportjournalist und Autor
• Ernst Werner (Lehrer) (1907–1986), deutscher Lehrer und Schulleiter am Engelbert-Kaempfer-Gymnasium in Lemgo
• Ernst Werner (Historiker) (1920–1993), deutscher Historiker
• Ernst Werner (Bauingenieur) (1925–1990), deutscher Statiker und Hochschullehrer
• Ernst Werner (Physiker) (1930–2021), deutscher Physiker und Hochschullehrer
• Ernst Werner (Schachspieler) (* 1936), deutscher Schachspieler