In dieser Liste der Orgeln in Niederbayern sind die erhaltenen historischen Orgeln und überregional bedeutenden Orgelneubauten in Niederbayern verzeichnet. Diese Liste ist eine Ergänzung zum Hauptartikel Orgellandschaft Niederbayern, wo sich auch die zugrunde liegende Literatur findet.

In der dritten Spalte sind die hauptsächlichen Erbauer angeführt; eine Kooperation mehrerer Orgelbauer wird durch Schrägstrich angezeigt, spätere Umbauten durch Komma. Kursivschreibung gibt an, dass nur das Gehäuse erhalten ist. In der fünften Spalte bezeichnet die römische Zahl die Anzahl der Manuale, ein großes „P“ ein selbstständiges Pedal, ein kleines „p“ ein nur angehängtes Pedal und die arabische Zahl die Anzahl der klingenden Register. Die siebte und achte Spalte führen die letzte umfassende Restaurierung an. Nähere Informationen zu den einzelnen Orgeln finden sich in der letzten Spalte mit Links innerhalb der Wikipedia oder mit externen Weblinks.

Ort	Kirche	Bild	Orgelbauer	Jahr	Manuale	Register	Bemerkungen
Aich	Pfarrkirche St. Ulrich		Johann Schweinacher	um 1760			Ursprünglich im Chorgestühl der Landshuter Dominikanerkirche aufgestellt. Prospekt erhalten. → Orgel
Aigen am Inn	St. Leonhard		Leopold Freundt?
Antenring	Wallfahrtskirche Unsere Liebe Frau		Veichtmayr	1748	I/P	6	Prospekt erhalten, 1748 für Pönning erbaut, um 1765 versetzt nach Antenring. 2021 Restaurierung Andreas Hemmerlein
Asbach	Ehem. Klosterkirche St. Matthäus		Johann Schweinacher	1787	II/P	16	Umbau durch Martin Hechenberger 1895 (seitdem 17 Register).
Binabiburg	Wallfahrtskirche St. Salvator		Anton Bayr	1747	I/P	9	→ Orgel
Bogen	Wallfahrtskirche Bogenberg			1730			Prospekt erhalten, 1994 Neubau Rieger Orgelbau (31/II/P)
Dingolfing	Dreifaltigkeitskapelle		Johann Peter Plersch	1769
Fürstenzell	Ehem. Klosterkirche Mariä Himmelfahrt		Philipp Jakob Schmid	1746	I	6
Halbmeile	Wallfahrtskirche Zur Schmerzhaften Mutter Gottes		Johann Peter Plersch	1787	I	6
Hellring	St. Ottilia		Johann Konrad Brandenstein	um 1740	I	7	Erhalten, 2002 von Eisenbarth restauriert. → Orgel
Kößlarn	Wehrkirche		Johann Ignaz Egedacher	1722	I	8
Laaber	St. Stephan		Josef Mühlbauer junior	um 1840	I/P	6
Landau an der Isar	Mariä Himmelfahrt		Franz Mitterreither	1741			1979 Neubau Weise (39/III/P), 2011 Umbau und Reorganisation Andreas Utz
Landshut	Dominikanerkirche		Orgelbau Schmid	1965	V/P	75	→ Orgel
Landshut	St. Jodok		G. F. Steinmeyer	1890	II/P	30	1966 Umbau durch Gerhard Schmid. → Orgel
Landshut	St. Jodok		Jürgen Ahrend	1997	II/P	15	→ Orgel
Landshut	Wallfahrtskirche Maria Bründl		Joseph Schweinacher	1832	I/P	6	→ Orgel
Landshut	Martinskirche		Ekkehard Simon	1984	IV/P	76	Gehäuse-Mittelteil von der historischen Christoph-Egedacher-Orgel (um 1680)[1] übernommen. → Orgel
Landshut	Theklakapelle		Johann Schweinacher	1759	I	5	1976 restauriert durch Ekkehard Simon. → Orgel
Loitzendorf	St. Margaretha		Johann Peter Plersch	um 1766			Fischer und Wohnhaas ordnen den typischen Prospekt Andreas Weiß (Orgelbauer, 1722) zu.
Mettenbach	St. Vitus		Franz Mitterreither	1730	I	10	→ Orgel
Oberhornbach	St. Stephan		Josef Mühlbauer junior	um 1840	I/p	3	→ Orgel
Oberlauterbach	Unserer Lieben Frau		Josef Mühlbauer junior	1840	I/P	8
Oberotterbach	Wallfahrtskirche St. Leonhard		Johann Schweinacher	1782			Prospekt erhalten.
Oberotterbach	Wallfahrtskirche St. Leonhard		Josef Mühlbauer junior	um 1845	I/P	12	→ Orgel
Paindlkofen	St. Stephan		Adam Fundesin (?)	1683	I/p	5	1855 aus dem Kloster Seligenthal in Landshut erworben und durch Johann Ehrlich in Paindlkofen wiederaufgebaut. Restauriert 1884 durch Ludwig Edenhofer und um 1975 durch Ekkehard Simon. → Orgel
Passau	St. Michael		Johann Ignaz Egedacher	1721
Passau	Dom St. Stephan		Johann Ignaz Egedacher, Orgelbau Eisenbarth	1715/1732, 1978	V/P	126	Seit 2020 Reorganisation und Erweiterung (Johannes Klais Orgelbau und Karl Schuke Berliner Orgelbauwerkstatt in Kooperation mit Orgelbau Eisenbarth und Casavant Frères). → Orgel
Passau	Dom St. Stephan, eigentlich Kloster Vornbach		Johann Ignaz Egedacher	1737	I	5	Restauriert 1954 durch Orgelbau Eisenbarth. → Orgel
Pürkwang	St. Andreas		Johann Schweinacher	um 1765	I/P	9	Prospekt erhalten. Werk von Steinmeyer 1896 (13/II/P)
Rainertshausen	St. Erhard		Johann Peter Plersch	um 1765			Prospekt erhalten.
Saal an der Donau	Christkönig		E. F. Walcker & Cie.	1965	III/P	38	2020 umgebaut durch Thomas Jann → Orgel
Sandsbach	St. Petrus		Johann Peter Plersch	um 1765			Prospekt erhalten. Werk von Weise 1983 (!!/I/P)
Schönberg	St. Margaretha		Johann Peter Plersch	um 1770			Prospekt erhalten. Werk von Eisenbarth 1984 (28/II/P)
Stallwang	St. Michael		Johann Peter Plersch	um 1785			Prospekt erhalten.
Stollnried	Mariä Himmelfahrt		Josef Mühlbauer junior	1847	I/P	6
Straubing	Karmelitenklosterkirche Hl. Geist		Johann Sebastian Wild	1702			Prospekt erhalten. Werk 1993 Sandtner (39/II/P)
Straubing	Kloster Azlburg		Johann Peter Plersch	um 1765			Prospekt erhalten. Werk Weise 1965 (15/II/P)
Straubing	St. Veit		Leonhard Veichtmayr	1741
Straubing	Basilika St. Jakob		Orgelbau Eule	2020	IV/P	94	Orgelanlage aus Haupt-, Chor- und Fernorgel mit zwei Spieltische, Hauptgehäuse von Franz Borgias Maerz (1898). → Orgel
Taufkirchen	Maria Himmelfahrt		Orgelbau Vleugels	1997	II/P	28	→ Orgel
Thurnstein	Schloss		Johann Petrus Sixt	1846	I/P	6	Prospekt von 1770
Train	St. Michael		Josef Mühlbauer junior	1836
Vilsbiburg	Spitalkirche Hl. Dreifaltigkeit		Ludwig Ehrlich	1825	I/P	7
Vilshofen	Wallfahrtskirche Maria Hilf am Birnbaum		unbekannt	um 1653
Weltenburg	Klosterkirche Weltenburg		Johann Konrad Brandenstein	1728	I/P	13	1992/93 von Georg Jann restauriert. → Orgel
Windberg	Klosterkirche Mariä Himmelfahrt		Johann Ignaz Egedacher	1725	I/P	15	Prospekt erhalten. Werk 1971 von Gerhard Schmid (26/III/P) → Orgel
Zwiesel	Stadtpfarrkirche St. Nikolaus		Orgelbau Eisenbarth	1979/1990	III/P	48	→ Orgel

• Michael Bernhard: Orgeldatenbank Bayern. München 2009. 

• Georg Brenninger: Orgeln in Altbayern. 2. Auflage. Bruckmann, München 1982, ISBN 3-7654-1859-5. 
• Hermann Fischer, Theodor Wohnhaas: Lexikon süddeutscher Orgelbauer. Florian Noetzel Verlag, Heinrichshofen-Bücher, Wilhelmshaven 1994, ISBN 3-7959-0598-2. 
• Hermann Fischer: Die Orgelbauerfamilie Steinmeyer. Pape, Berlin 2011, ISBN 978-3-921140-90-1. 
• Stefan Hammermayer: Bayerischer Orgelbau um die Jahrhundertwende. Franz Borgias März (1848–1910). Wiedemann, Bad Reichenhall 1999, ISBN 3-00-004382-9. 
• Otmar Heinz: Frühbarocke Orgeln in der Steiermark. Zur Genese eines süddeutsch-österreichischen Instrumententyps des 17. Jahrhunderts. Lit-Verlag, Berlin 2012, ISBN 978-3-643-50232-2. 
• Christian Vorbeck: Die Orgelbauer Martin Binder und Willibald Siemann. Siebenquart Verlag Dr. Roland Eberlein, Köln 2013, ISBN 978-3-941224-02-5. 

• Orgellandschaft Oberbayern
• Liste von Orgeln in Oberbayern
• Orgellandschaft Niederbayern
• Liste von Orgelbauern
• Orgelzentrum Valley
• Portal:Orgel

• Organ index: Niederbayern

1. ↑ Das Instrument war fälschlicherweise dem Münchner Orgelbauer Hans Lechner zugeschrieben worden; Otmar Heinz: Frühbarocke Orgeln in der Steiermark. Zur Genese eines süddeutsch-österreichischen Instrumententyps des 17. Jahrhunderts, Berlin 2012, (Forschungen zur geschichtlichen Landeskunde der Steiermark, hg. von der Historischen Landeskommission für Steiermark, Band 53), S. 161 (Fußnote 375) und 162.