Der Deutsche Wasserzoll ist Bestandteil der Bundeszollverwaltung (Grenzaufsichtsdienst) und zuständig für die zollrechtlichen Belange auf den Deutschen See- und Wasserstraßen. Zudem ist sie Mitglied der Küstenwache (im Koordinierungsverbund Küstenwache) und nimmt im Auftrag der Wasser- und Schifffahrtsdirektionen Aufgaben der Schifffahrtspolizei wahr. Neben dem Einsatz auf Nord- und Ostsee überwacht der Wasserzoll auch die EU-Außengrenze auf dem Bodensee zwischen der Bundesrepublik Deutschland, Österreich und der Schweiz.

Im Gegensatz zum Landzoll sind die Farben des Hoheitszeichens Gold und Dunkelblau (Landzoll: Silberner Bundesadler mit Schrift "Zoll" auf grünem Hintergrund). Aufgrund seiner dunkelblauen Dienstbekleidung wird der Wasserzoll im Seefahrerjargon "Schwarze Gang" bzw. "Schwatte Gäng" genannt.

Zu den Besonderheiten der Dienstbezeichnungen im Wasserzoll vgl. dazu Dienstbezeichnungen der deutschen Zollverwaltung.

Der Wasserzoll ist auf örtlicher Ebene jeweils dem zuständigen Zollkommissariat unterstellt.

Es ist geplant, die zur Zeit 10 hochseegängigen Boote des Wasserzolls sukzessive durch große SWATH-Boote, die für ihre außerordentlich ruhige Seelage bekannt sind, zu ersetzen. Dies wird organisatorische Veränderungen nach sich ziehen, da geplant ist, längere Fahrten über ein-, zwei Wochen regelmäßig durchführen zu lassen, anstelle der bisherigen kurzen Patrouillen, bei denen die Boote immer anschließend zu ihren Heimathäfen zurückkehren.

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  Zollboot Hiddensee
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  Zollboot Priwall
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  Zollboot Kalkgrund
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  Der neue Zollkreuzer Glückstadt
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  Das Schiff Hamburg der Küstenwache
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  Das Hamburger Zollboot Norderelbe
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  Deutscher Zollkreuzer "Kingani" mit Geschützfloß im Ersten Weltkrieg auf dem Tanganjikasee
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  Zollboot Graf Zeppelin, Friedrichshafen, Bodensee
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  Zollboot Ericus, nähe den Landungsbrücken in Hamburg

• Seeaufgabengesetz (juris)
• http://www.zoll.de/d0_zoll_im_einsatz/c0_gad/b0_wasser/index.html
• http://www.kuestenwache.wsd-nord.de/
• Zollkreuzer und Zollboote des Herstellers Fassmer