Christoph Werner (geboren 1633; begraben 23. September 1706 in Berlin) war ein deutscher Orgelbauer in Berlin. Sein Positiv in der St.-Nikolai-Kirche in Jüterbog ist die älteste erhaltene Orgel in Brandenburg.

Christoph Werner war ein Sohn des Orgelbauers Andreas Werner. 1659 wurde er als Instrumentenbauer und Kalkant am Hof in Berlin genannt. Nach dem Tod des Vaters übernahm er um 1663 dessen Werkstatt. 1667 wurde er zum Hoforgelbauer in Berlin ernannt.

Christoph Werner war mit Dorothea Buntebart verheiratet. Am 23. September 1706 wurden beide auf dem Petrikirchhof in Berlin begraben.

Das Positiv in St. Nikolai in Jüterbog ist die älteste erhaltene Orgel in Brandenburg.

• Christhard Kirchner, Uwe Pape: Werner, Christoph. In: Uwe Pape, Wolfram Hackel, Christhard Kirchner: Lexikon norddeutscher Orgelbauer. Band 4. Berlin und Brandenburg. Pape Verlag, Berlin 2017, S. 619.

1. ↑ Wiederinbetriebnahme der ältesten Orgel Brandenburgs. (Memento des Originals vom 6. Mai 2019 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/kirche-jueterbog.com Kirche Jüterbog, 22. August 2018.
2. ↑ Ein einzigartiges Instrument erklingt wieder. (Memento desOriginals vom 6. Mai 2019 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.blickpunkt-brandenburg.de Blickpunkt Brandenburg vom 27. August 2018.