Diese Liste verzeichnet die Hauptstädte der Präfekturen (-to/-dō/-fu/-ken) Japans, formaler die Gemeinden, in denen sich der Sitz der Präfekturverwaltung (都道府県庁所在地 to/dō/fu/ken-chō shozaichi) befindet, wie er vom jeweiligen Präfekturparlament durch Satzung (jōrei) bestimmt wurde.

In vielen, aber nicht in allen Fällen ist die Hauptstadt auch die größte Stadt einer Präfektur (Ausnahmen Stand 2020: Fukushima, Gunma, Shizuoka, Mie, Yamaguchi).

Anmerkung: die Flächen- und Bevölkerungsanteile sind nicht voll vergleichbar, da der Zeitpunkt der verwendeten Angaben für verschiedene Präfekturen etwas variiert. Der Stand der Einwohnerzahlen liegt um den 1. März 2021, der der Flächenangaben um 1. Januar 2023; für genaue Datumsangaben siehe die Einzelartikel.

Präfektur (-to/-dō/-fu/-ken)	Hauptstadt/-bezirk (-shi/-ku)	Einwohneranteil der Hauptstadt	Flächenanteil der Hauptstadt	Form (Stand: März 2021)
Hokkaidō Hokkaidō	Sapporo	38 %	1 %	designierte Großstadt
Aomori Aomori	Aomori	22 %	9 %	Kernstadt
Iwate Iwate	Morioka	24 %	6 %	Kernstadt
Miyagi Miyagi	Sendai	48 %	11 %	designierte Großstadt
Akita Akita	Akita	32 %	8 %	Kernstadt
Yamagata Yamagata	Yamagata	23 %	4 %	Kernstadt
Fukushima Fukushima	Fukushima	16 %	6 %	Kernstadt
Ibaraki Ibaraki	Mito	9 %	4 %	Kernstadt
Tochigi Tochigi	Utsunomiya	27 %	7 %	Kernstadt
Gunma Gunma	Maebashi	17 %	5 %	Kernstadt
Saitama Saitama	Saitama	18 %	6 %	designierte Großstadt
Chiba Chiba	Chiba	16 %	5 %	designierte Großstadt
Tokio Tokio	Shinjuku	2 %	1 %	Sonderbezirk
	informell: Tokio (23 Bezirke)	69 %	29 %	ehemalige Stadt
Kanagawa Kanagawa	Yokohama	41 %	18 %	designierte Großstadt
Niigata Niigata	Niigata	36 %	6 %	designierte Großstadt
Toyama Toyama	Toyama	40 %	29 %	Kernstadt
Ishikawa Ishikawa	Kanazawa	41 %	11 %	Kernstadt
Fukui Fukui	Fukui	34 %	13 %	Kernstadt
Yamanashi Yamanashi	Kōfu	23 %	5 %	Kernstadt
Nagano Nagano	Nagano	18 %	6 %	Kernstadt
Gifu Gifu	Gifu	20 %	2 %	Kernstadt
Shizuoka Shizuoka	Shizuoka	19 %	18 %	designierte Großstadt
Aichi Aichi	Nagoya	31 %	6 %	designierte Großstadt
Mie Mie	Tsu	15 %	12 %	Stadt (ohne Sonderstatus) (Kandidat für Kernstadt)[1]
Shiga Shiga	Ōtsu	24 %	12 %	Kernstadt
Kyōto Kyōto	Kyōto	57 %	18 %	designierte Großstadt
Osaka Osaka	Osaka	31 %	12 %	designierte Großstadt
Hyōgo Hyōgo	Kōbe	28 %	7 %	designierte Großstadt
Nara Nara	Nara	27 %	8 %	Kernstadt
Wakayama Wakayama	Wakayama	39 %	4 %	Kernstadt
Tottori Tottori	Tottori	34 %	22 %	Kernstadt
Shimane Shimane	Matsue	30 %	9 %	Kernstadt
Okayama Okayama	Okayama	38 %	11 %	designierte Großstadt
Hiroshima Hiroshima	Hiroshima	43 %	11 %	designierte Großstadt
Yamaguchi Yamaguchi	Yamaguchi	14 %	17 %	Stadt (ohne Sonderstatus)
Tokushima Tokushima	Tokushima	35 %	5 %	Stadt (ohne Sonderstatus)
Kagawa Kagawa	Takamatsu	44 %	20 %	Kernstadt
Ehime Ehime	Matsuyama	38 %	8 %	Kernstadt
Kōchi Kōchi	Kōchi	47 %	4 %	Kernstadt
Fukuoka Fukuoka	Fukuoka	31 %	7 %	designierte Großstadt
Saga Saga	Saga	29 %	18 %	„Ausnahmestadt“ (Kandidat für Kernstadt)[1]
Nagasaki Nagasaki	Nagasaki	31 %	10 %	Kernstadt
Kumamoto Kumamoto	Kumamoto	43 %	5 %	designierte Großstadt
Ōita Ōita	Ōita	43 %	8 %	Kernstadt
Miyazaki Miyazaki	Miyazaki	37 %	8 %	Kernstadt
Kagoshima Kagoshima	Kagoshima	37 %	6 %	Kernstadt
Okinawa Okinawa	Naha	22 %	2 %	Kernstadt

Format: [Stadtteil], Stadt/Bezirk/Dorf, [Landkreis/Stadtkreis], Präfektur

• Urawa, Saitama bis 2001, als sie Teil der neu gegründeten Stadt Saitama wurde
• Marunouchi, Chiyoda, Tokio bis 1990, als die Verwaltung der Präfektur Tokio in einen neuen Gebäudekomplex in Nishi-Shinjuku, Shinjuku umzog
• Kōjimachi, Tokio bis 1947, als die ehemaligen Bezirke der Stadt Tokio zu „Sonderbezirken“ auf Gemeindeebene wurden und dabei neu organisiert wurden, der Bezirk Kōjimachi wurde Teil des Bezirks Chiyoda
• Tokio, Tokio bis 1943, als die Stadt Tokio abgeschafft und ihre 35 Bezirke zu direkten Untergliederungen der neu organisierten Präfektur wurden (siehe Tōkyō-tosei)
• Tochigi, Shimo-Tsuga, Tochigi bis 1884, als die Hauptstadt nach Utsunomiya verlegt wurde
• Yokkaichi, Mie, Mie (vorher Anotsu), 1872 bis 1873, als die Präfekturverwaltung zurück nach Anotsu (alter Name von Tsu) im Kreis Anō verlegt wurde; aber die Umbenennung der Präfektur nach dem Landkreis blieb.
• Iwatsuki, Saitama, Saitama (vorher Urawa, Iwatsuki und andere), 1871 durch Erlass der Meiji-Regierung (Dajōkan) gesetzlich vorgesehen, aber letztlich nicht umgesetzt, die Präfekturverwaltung blieb in Urawa im Kreis Adachi;^[2] bloß die (Um)Benennung der vergrößerten/fusionierten Präfektur nach dem Landkreis blieb.

Siehe auch die Liste der Präfekturen Japans für die Verwaltungssitze ehemaliger Präfekturen

1. ↑ ^{a b} 中核市市長会Chūkakushi shichōkai (Bürgermeisterkonferenz der Kernstädte), Liste der Kandidatenstädte auf der Titelseite, abgerufen am 1. März 2021.
2. ↑ 埼玉県近現代史主要年表（明治元年～平成28年） (Zeittafel zur modernen Präfekturgeschichte von Saitama 1868–2016) (Memento vom 27. Juni 2020 im Internet Archive), pdf S. 1, Präfekturverwaltung Saitama.