Am Europapokal der Landesmeister 1988/89 nahmen 27 Handball-Vereinsmannschaften aus 27 Ländern teil. Diese qualifizierten sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatländern für den Europapokal. Bei der 29. Austragung des Wettbewerbs kam es zum dritten Mal in Folge zum Finale zwischen Titelverteidiger Spartak Kiew und Hypobank Südstadt Wien. Nach zwei Niederlagen in den Vorjahren, sicherte sich erstmals mit Wien eine österreichische Mannschaft einen Titel in einem europäischen Handballwettbewerb.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Lyngså BK Danemark	43:31	Finnland Åbo IFK	28:15	15:16
Byåsen IL Norwegen	46:37	Schweden Tyresö HF	29:19	17:18
Wakefield Metros Vereinigtes Konigreich	23:59	Island Fram Reykjavík	13:30	10:29
Maccabi Holon Israel	27:72	Niederlande Zeeman Vastgoed SEW	14:34	13:38
ES Besançon Frankreich	44:25	Belgien Initia HC Hasselt	22:80	22:17
Espérance Rumelange Luxemburg	19:77	Deutschland Bundesrepublik TV Lützellinden	09:37	10:40
Club Balonmano Íber Valencia Spanien	75:10	Portugal Ginásio Clube do Sul	44:40	31:60
LC Brühl Handball Schweiz	34:35	Italien Macchi Cassano Magnago	23:19	11:16
Iskra Partizánske Tschechoslowakei	46:40	Polen 1980 AKS Chorzów	25:15	21:25
VIF G. Dimitrov Sofia Bulgarien 1971	54:27	Griechenland Gymnastiki Enosi Véria	29:12	25:15
CS Mureșul Târgu Mureș Rumänien 1965	65:20	Turkei Arçelik SK Istanbul	37:50	28:15

Durch ein Freilos zogen der SC Leipzig, RK Voždovac Belgrad, Debreceni MVSC, Hypobank Südstadt Wien und Titelverteidiger Spartak Kiew direkt in das Achtelfinale ein.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
TV Lützellinden Deutschland Bundesrepublik	40:39	Jugoslawien Sozialistische Föderative Republik RK Voždovac Belgrad	26:18	14:21
Club Balonmano Íber Valencia Spanien	38:29	Frankreich ES Besançon	22:16	16:13
SC Leipzig Deutschland Demokratische Republik 1949	60:32	Danemark Lyngså BK	34:13	26:19
Debreceni MVSC Ungarn 1957	63:43	Bulgarien 1971 VIF G. Dimitrov Sofia	35:19	28:24
Hypobank Südstadt Wien Osterreich	51:36	Tschechoslowakei Iskra Partizánske	30:17	21:19
Zeeman Vastgoed SEW Niederlande	42:42	Italien Macchi Cassano Magnago[A 1]	25:19	17:23
CS Mureșul Târgu Mureș Rumänien 1965	51:50	Norwegen Byåsen IL	32:23	19:27
Fram Reykjavík Island	30:57	Sowjetunion Spartak Kiew	14:35	16:22[A 2]

1. ↑ Macchi Cassano Magnago qualifizierte sich aufgrund der Auswärtstorregel für das Viertelfinale.
2. ↑ beide Spiele fanden in Reykjavík statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Club Balonmano Íber Valencia Spanien	45:52	Rumänien 1965 CS Mureșul Târgu Mureș	24:21	21:31
Spartak Kiew Sowjetunion	49:38	Italien Macchi Cassano Magnago	29:17	22:15
Debreceni MVSC Ungarn 1957	42:40	Deutschland Bundesrepublik TV Lützellinden	22:18	20:22
SC Leipzig Deutschland Demokratische Republik 1949	42:55	Osterreich Hypobank Südstadt Wien	20:25	22:28

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Debreceni MVSC Ungarn 1957	39:49	Osterreich Hypobank Südstadt Wien	24:29	15:20
CS Mureșul Târgu Mureș Rumänien 1965	39:49	Sowjetunion Spartak Kiew	22:25	17:24

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Spartak Kiew  Sowjetunion	33:37	Osterreich Hypobank Südstadt Wien	14:16	19:21

• Deutsches Sportecho. Sportverlag Berlin, ISSN 0323-8628 (1988–1989). 
• Handball. Sportverlag Berlin, ISSN 0138-1296 (1988–1989).