MSE steht für:

• Modulare Sanitätseinrichtung, eine sich auf Container und Zelte stützende Sanitätseinrichtung der Bundeswehr
• Mse TV, einen georgischen TV-Sender
• Münchner Stadtentwässerung, ein öffentliches Unternehmen der Abwasserwirtschaft
• Mutterschaftsentschädigung, eine Erwerbsausfalls-Kompensationszahlung in der Schweiz
• den IATA-Code des Kent International Airport
• Muskel- und Skeletterkrankung, siehe Liste der Krankheiten des Muskel-Skelett-Systems und des Bindegewebes nach ICD-10
• Modell der soziologischen Erklärung, methodologisches Modell von Hartmut Esser

in der Informatik:

• Magic Set Editor, eine Open-Source-Software zur Erstellung von Sammelkarten
• Managed Stack Explorer, ein Debug Werkzeug für das .NET Framework
• Message Stream Encryption, eine Form der BitTorrent Protokollverschlüsselung
• Microsoft Script Editor, einen Editor für JavaScript
• Microsoft Security Essentials, ein Antivirenprogramm

in Bildung und Wissenschaft:

• Maturitätsschule für Erwachsene, eine vom Kanton Luzern getragene Bildungseinrichtung
• Master of Science in Engineering, einen Hochschulabschluss
• Master of Systems Engineering, einen Hochschulabschluss
• Methoden der Softwareentwicklung, ein Unterrichtsfach an manchen Schulen
• Munich School of Engineering, ein Organisationsformat der Technischen Universität München

• Mean Squared Error, zu deutsch mittlere quadratische Abweichung
• Meerschweincheneinheit, ein Begriff aus der Humanmedizin
• Mass Stranding Event, zu deutsch Massenstrandungen von Walen

MSE als Unterscheidungszeichen auf Kfz-Kennzeichen:

• Deutschland: Landkreis Mecklenburgische Seenplatte