Die Serie A und die Serie B wurden in zwei regionale Gruppen eingeteilt. Ein Sieg brachte 2 Punkte, ein Remis 1 Punkt ein. Der Sieger jeder Gruppe qualifizierte sich für die jeweiligen Finalspiele. Der Sieger der Finalspiele der Serie A wurde Schweizer Meister 1900/01.
Der Final musste wiederholt werden, weil der Grasshopper Club Zürich im ersten Spiel einen nicht qualifizierten Spieler eingesetzt hatte. Am 14. April 1901 gewann der Grasshopper Club Zürich gegen den FC Bern, womit er Schweizer Meister 1901 wurde.