Am EHF-Pokal 1999/2000 nahmen 30 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Es war die 19. Austragung des EHF-Pokals bzw. des IHF-Pokals. Titelverteidiger war SC Magdeburg. Die Pokalspiele begannen am 2. Oktober 1999, das zweite Finalspiel fand am 29. April 2000 statt. Im Finale konnte sich RK Metković gegen SG Flensburg-Handewitt durchsetzen.^[1]

Alle Runden inklusive des Finals wurden im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel durchgeführt. Der Wettbewerb startete mit den Sechzehntelfinals mit allerdings nur 14 Spielen. SG Flensburg-Handewitt und SC Magdeburg zogen durch Freilos in das Achtelfinale ein.

Die Hin- und Rückspiele fanden zwischen dem 2. Oktober 1999 und 10. Oktober 1999 statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
RK Metković Kroatien	46:39	Italien Pallamano Rubiera	24:20	22:19
RK Bosna Visoko Bosnien und Herzegowina	65:43	Belarus 1995 SKA Minsk	31:27	34:16
BM Ciudad Real Spanien	97:28	Georgien 1990 HC Mamuli Tbilisi	50:11	47:17
RK Mladost Bogdanci Nordmazedonien	57:54	Litauen 1989 Šiauliai Universitetas	34:25	23:29
TSV St. Otmar St. Gallen Schweiz	58:64	Slowenien RK Slovenj Gradec	30:27	28:37
Lokomotiv Tscheljabinsk Russland	37:41	Griechenland Panellinios Athen	20:24	17:17
Viking Stavanger Norwegen	48:39	Osterreich HC Linz AG	23:14	25:25
SC Szeged Ungarn	57:46	Schweden Alingsås HK	33:20	24:26
Diyarbakir Polis Gucu Turkei	52:48	Belgien Sporting Neerpelt	27:26	25:22
Radegast Frýdek-Místek Tschechien	51:57	Jugoslawien Bundesrepublik 1992 RK Lovćen Cetinje	28:23	23:34
Chambéry Savoie HB Frankreich	45:47	Portugal Académico Basket Clube	21:25	24:22
KS Warszawianka Polen	49:34	Ukraine Schachtjor Akademi Donezk	27:21	22:13
GOG Gudme Danemark	52:44	Rumänien Fibrex Săvineşti	31:21	21:23
HC Berchem Luxemburg	41:59	Niederlande HV Alsmeer	25:31	16:28

Die Hin- und Rückspiele fanden zwischen dem 13. November 1999 und 21. November 1999 statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
RK Bosna Visoko Bosnien und Herzegowina	44:48	Kroatien RK Metković	23:22	21:26
RK Mladost Bogdanci Nordmazedonien	47:57	Spanien BM Ciudad Real	17:27	30:30
RK Slovenj Gradec Slowenien	57:49	Griechenland Panellinios Athen	32:21	25:28
SC Szeged Ungarn	56:56⁠*	Norwegen Viking Stavanger	31:29	25:27
Diyarbakir Polis Gucu Turkei	44:64	Jugoslawien Bundesrepublik 1992 RK Lovćen Cetinje	20:32	24:32
Académico Basket Clube Portugal	49:47	Deutschland SC Magdeburg	26:23	23:24
KS Warszawianka Polen	46:56	Danemark GOG Gudme	22:31	24:25
HV Alsmeer Niederlande	41:66	Deutschland SG Flensburg-Handewitt	23:29	18:37

Die Hin- und Rückspiele fanden zwischen dem 19. Februar 2000 und 27. Februar 2000 statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
RK Metković Kroatien	50:49	Spanien BM Ciudad Real	22:20	28:29
Viking Stavanger Norwegen	51:62	Slowenien RK Slovenj Gradec	24:31	27:31
Académico Basket Clube Portugal	50:46	Jugoslawien Bundesrepublik 1992 RK Lovćen Cetinje	26:21	24:25
SG Flensburg-Handewitt Deutschland	52:46	Danemark GOG Gudme	28:24	24:22

Die Hinspiele fanden am 18./19. März 2000 statt und die Rückspiele am 26. März 2000.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
RK Slovenj Gradec Slowenien	48:50	Kroatien RK Metković	29:26	19:24
Académico Basket Clube Portugal	45:46	Deutschland SG Flensburg-Handewitt	27:23	18:23

Das Hinspiel fand am 22. April 2000 in Metković statt und das Rückspiel am 26. April 2000 in Flensburg.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
RK Metković Kroatien	47:47⁠*	Deutschland SG Flensburg-Handewitt	24:22	23:25

• Offizielle Seite der EHF zum Europapokal (engl.)

1. ↑ 1999/00 Men's EHF Cup. In: eurohandball.com. Europäische Handballföderation, abgerufen am 23. September 2018 (englisch).