Michael Schloter (geb. 1966) ist Professor und Inhaber des Lehrstuhls für Umweltmikrobiologie an der Technischen Universität München. Darüber hinaus ist er Leiter der Abteilung für vergleichende Mikrobiomanalysen bei Helmholtz Munich.

Schloter studierte von 1984 bis 1989 in München an der LMU Biologie. 1994 promovierte er an der Universität Bayreuth im Jahr 1994. Nach einigen Postdoc-Positionen im In- und Ausland übernahm er 2003 die Leitung der Arbeitsgruppe Mikrobielle Ökologie am Institut für Bodenökologie des GSF Forschungszentrum. 2011 wurde er zum Leiter der Abteilung für vergleichende Mikrobiomanalysen bei Helmholtz Munich ernannt. 2023 erhielt er den Ruf als Professor für Umweltmikrobiologie an die TU München

Schwerpunkte seiner Forschung sind Untersuchungen zur Interaktion von Umweltmikroorganismen mit dem Mikrobiom unterschiedlicher Wirte. Seine Ergebnisse zeigen, dass Veränderungen in der Zusammensetzung von Mikroorganismen in der Umwelt einen direkten Einfluss auf die Struktur und Funktion z. B. des menschlichen Mikrobioms haben und damit auch Auslöser sogenannter Dysbiosen sein können, die letztendlich die Ursache von Krankheiten sind. Ähnliche Beobachtungen hat Schloter auch bei anderen Wirten (z. B. Pflanzen oder Insekten) gemacht.

Ziel seiner Arbeit ist es Umweltmikroorganismen die essentiell für das Funktionieren von Mikrobiomen unterschiedlicher Wirte sind zu identifizieren und zu isolieren um sie langfristig therapeutisch nutzbar zu machen. Darüber hinaus arbeitet Schloter gezielt an Ansätzen die Diversität von Mikroben in der Natur insbesondere im landwirtschaftlichen oder urbanen Umfeld zu erhöhen um so das Wirts assoziierte Mikrobiome in ihrer Funktionalität zu unterstützen.

Schloter gehört mit mehr als 650 Publikationen zu den am Meisten zitierten Mikrobiologen weltweit. Seit 2021 ist Schloter Mitglied der bayr. Akademie der Wissenschaften.