Die Spielzeit 1999/2000 war die 62. reguläre Spielzeit der Nationalliga A. Im Playoff-Final wurden die ZSC Lions gegen den HC Lugano Schweizer Meister, während die SCL Tigers in den Play-outs direkt den Ligaerhalt erreichten. Der Verlierer der Play-outs, der SC Rapperswil-Jona, gewann die Ligaqualifikation gegen den Meister der NLB, den EHC Chur, und verblieb damit in der NLA.

Gespielt wurden von den zehn Teams zwei Doppelrunden zu je 18 Spielen. Danach folgte eine Einfachrunde (neun Spiele) und die besten acht Mannschaften ermittelten den Schweizer Meister im Playoff-Stil. Viertelfinals, Halbfinals und der Final wurden jeweils nach dem Modus Best of Seven gespielt.

Die letzten zwei Mannschaften ermittelten in den Play-Outs (im Modus Best of Seven) die Mannschaft, die gegen den Meister der Nationalliga B um den Klassenerhalt spielen musste.

Im Viertelfinal hatte nur der EV Zug ernsthafte Schwierigkeiten mit seinem Gegner, den Kloten Flyers. Drei der sieben Spiele der Serie wurden erst in der Verlängerung entschieden.

Nach dem Ende der Spielzeit entschied sich die Ligenleitung, die NLA um zwei Mannschaften aufzustocken. Daher erhielten die beiden Finalisten der Nationalliga B, der EHC Chur und der HC La Chaux-de-Fonds, ein Aufstiegsrecht, das diese wahrnahmen.

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