Die ersten beiden Runden wurden in einem Spiel entschieden. Bei unentschiedenem Ausgang gab es eine Verlängerung. Stand danach kein Sieger fest wurde die Partie wiederholt. Ab dem Achtelfinale wurden die Begegnungen in Hin- und Rückspiel ausgetragen. Auch hier wurde bei Gleichstand ein Entscheidungsspiel ausgetragen. Das Finale wurde in einem Spiel entschieden.
Die Teams von Kap Verde, Madeira und den Azoren stiegen in dieser Runde ein. Die Hinspiele fanden am 9. und 13. März 1966 statt, die Rückspiele am 20. März 1966. Freilos: SC Beira-Mar und Vitória Setúbal
Félix Mourinho – Carlos Torpes (C), Joaquim Conceição – Jaime Graça, Armando Bonjour, Carriço, Manuel Leiria, Augusto Martins – José Maria Júnior, Carlos Manuel, Quim Cheftrainer: Fernando Vaz