Die Qualifikation zur Afrikanischen Nationenmeisterschaft 2016 fand zwischen Juni und Oktober 2015 statt. Dabei kämpften 42 Nationen um die 15 zu vergebenen Startplätze bei der Afrikanischen Nationenmeisterschaft 2016.

Genau wie in der Endrunde durften auch in der Qualifikation nur Spieler eingesetzt werden, die in der jeweiligen heimischen Liga unter Vertrag standen.

Die afrikanischen Fußballnationalmannschaften wurden in sechs Zonen geteilt. Die Zonen „Nord“ und „West A“ erhielten jeweils zwei Startplätze bei der Afrikanischen Nationenmeisterschaft 2016, die anderen vier Zonen jeweils drei Startplätze, wobei in der Zone Zentral-Osten Ruanda als Gastgeber bereits einen Platz beanspruchte.

Als Mannschaft des Gastgeberlandes hatte sich die Ruandische Fußballnationalmannschaft automatisch für die Endrunde qualifiziert. Die FIFA klassifizierte die Spiele als "Freundschaftsspiele", was Auswirkung auf die Berechnung der FIFA-Weltrangliste hatte, zählte diese Spiele aber dennoch als A-Länderspiele, obwohl nur Spieler aus den heimischen Ligen spielberechtigt waren.

• Die ersten beiden qualifizierten sich für die Endrunde. Die ersten drei Spiele fanden alle in Casablanca, Marokko statt.

Pl.	Land	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Punkte
1.	Marokko Marokko	4	3	1	0	011:300	+8	10
2.	Tunesien Tunesien	4	1	1	2	003:400	−1	04
3.	Libyen Libyen	4	1	0	3	001:800	−7	03

• Die beiden Sieger der Qualifikationsrunde qualifizierten sich für die Endrunde.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Guinea-Bissau Guinea-Bissau	2:4	Mali Mali	1:1	1:3
Mauretanien Mauretanien	4:1	Sierra Leone Sierra Leone	2:1	2:0
Guinea Guinea-a	4:2	Liberia Liberia	3:1	1:1
Senegal Senegal	4:1	Gambia Gambia	3:1	1:0

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Mali Mali	3:2	Mauretanien Mauretanien	2:1	1:1
Guinea Guinea-a	(a)3:3(a)	Senegal Senegal	2:0	1:3

• Die drei Sieger der Qualifikationsrunde qualifizierten sich für die Endrunde.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Ghana Ghana	(a)2:2(a)	Elfenbeinküste Elfenbeinküste	2:1	0:1
Nigeria Nigeria	2:0	Burkina Faso Burkina Faso	2:0	0:0
Niger Niger	3:1	Togo Togo	2:0	1:1

• Die beiden Sieger der Qualifikationsrunde qualifizierten sich für die Endrunde.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Tansania Tansania	1:4	Uganda Uganda	0:3	1:1
Dschibuti Dschibuti	1:4	Burundi Burundi	1:2	0:2
Äthiopien Athiopien	2:0	Kenia Kenia	2:0	0:0

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Uganda Uganda	4:0	Sudan Sudan	2:0	2:0
Burundi Burundi	2:3	Athiopien Äthiopien	2:0	0:3

• Die drei Sieger der Qualifikationsrunde qualifizieren sich für die Endrunde.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Demokratische Republik Kongo Kongo Demokratische Republik	6:0	Zentralafrikanische Republik Zentralafrikanische Republik	3:0	3:0
Kamerun Kamerun	1:0	Kongo Republik Republik Kongo	0:0	1:0
Tschad Tschad	1:2	Gabun Gabun	0:2	1:0

• Die drei Sieger der Qualifikationsrunde qualifizierten sich für die Endrunde.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Simbabwe Simbabwe	2:0	Komoren Komoren	2:0	0:0
Lesotho Lesotho	(a)1:1(a)	Botswana Botswana	0:0	1:1
Namibia Namibia	3:3 (5:6 i. E.)	Sambia Sambia	2:1	1:2
Mosambik Mosambik	9:1	Seychellen Seychellen	5:1	4:0
Südafrika Sudafrika	5:0	Mauritius Mauritius	3:0	2:0
Swasiland Eswatini	2:4	Angola Angola	2:2	0:2

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Simbabwe Simbabwe	4:2	Lesotho Lesotho	3:1	1:1
Sambia Sambia	4:1	Mosambik Mosambik	3:0	1:1
Südafrika Sudafrika	2:3	Angola Angola	0:2	2:1

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