In 52 Spielen spielen alle Teams jeweils viermal gegeneinander, jedes Team hat in der gesamten Saison 26 Heim- und 26 Auswärtsspiele. Die Mannschaften auf den Plätzen 1.–8. qualifizieren sich direkt für die Play-offs, die im Best-Of-Seven-Modus ausgetragen wird. In der Saison 2003/04 findet eine Liga-Relegation um den Aufstieg in die Extraliga statt. Dafür qualifiziert sich der Meister der 1. Liga, der gegen den Tabellenletzten der Extraliga eine Best-of-Seven-Serie bestreiten muss.
Der HC Hamé Zlín setzte sich gegen den HC Slavia Prag mit 4-1 durch und gewann den ersten Titel der Vereinsgeschichte.
Eine überragende Reihe mit Ondřej Veselý, Petr Leška und Jaroslav Balaštík, der Verteidiger Martin Hamrlík sowie das Torhüterduo Igor Murín (Gegentorschnitt von 2,01; zwei Shutouts; Fangquote: 93,89 %) und Martin Altrichter (Gegentorschnitt von 0,72; ein Shutout; Fangquote: 98,5 %) waren Garanten für diesen Erfolg.
Der überragende Spieler der Play-downs war der erst 24-jährige Torhüter Jaroslav Suchan, der mit zwei Shutouts, einem Gegentorschnitt von 0,96 und einer Fangquote 97 % dem HC Dukla Jihlava zum Aufstieg verhalf. Damit ist Dukla Jihlava wieder Mitglied der Extraliga, während die Mannschaft des HC České Budějovice den Gang in die 1. Liga antreten muss.
