Am EHF-Pokal 1999/2000 nahmen Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatländern über die Platzierung in der heimischen Liga für den Wettbewerb qualifiziert haben. Der EHF-Pokal wurde diese Saison das siebte Mal ausgespielt. Titelverteidiger aus der Vorsaison war die dänische Mannschaft Viborg HK.

Das komplette Turnier wurde im K.o.-Runden mit Hin- und Rückspielen gespielt, bis zu den Endspielen.

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Spanien El Ferrobus Mislata	Osterreich SC Sparkasse Allround	08.10.1999	09.10.1999	71 : 36
		41 : 19	30 : 17
		300 Zuschauer	400 Zuschauer
Slowakei Slovan Duslo Šaľa	Italien Cassano Magnago	02.10.1999	09.10.1999	77 : 35
		37 : 17	40 : 18
		800 Zuschauer	100 Zuschauer
Rumänien Silcotub Zalău	Faroer Ítróttarfelag Stjørnan	08.10.1999	10.10.1999	84 : 38
		38 : 19	46 : 19
		420 Zuschauer	200 Zuschauer
Nordmazedonien Partizan Kičevo	Norwegen Tertnes Idrettslag	09.10.1999	10.10.1999	30 : 83
		15 : 43	15 : 40
		300 Zuschauer	350 Zuschauer
Bulgarien ChK Pirin Blagoewgrad	Polen GZKS Sośnicy Gliwice	03.10.1999	05.10.1999	37 : 60
		22 : 30	15 : 30
		300 Zuschauer	200 Zuschauer
Frankreich E.S.B.F. Besançon	Portugal Colégio de Gaia	03.10.1999	10.10.1999	51 : 35
		21 : 15	30 : 20
		2000 Zuschauer	500 Zuschauer
Turkei Izmir Külübü	Russland AGU-Adyif Maikop	07.10.1999	09.10.1999	34 : 64
		15 : 29	19 : 35
		500 Zuschauer	800 Zuschauer
Griechenland AC Filippos Verias	Kroatien RK Split Kaltenberg	01.10.1999	03.10.1999	21 : 67
		9 : 33	12 : 34
		500 Zuschauer	600 Zuschauer
Finnland Helsinki IFK	Bosnien und Herzegowina Interinvest Mostar	02.10.1999	03.10.1999	31 : 43
		17 : 22	14 : 21
		1000 Zuschauer	1000 Zuschauer
Schweiz ZMC Amicitia Zürich	Ukraine Awtomobilist Browary	02.10.1999	03.10.1999	39 : 67
		25 : 34	14 : 33
		150 Zuschauer	150 Zuschauer
Niederlande AAC 1899 Arnheim	Belarus Drut Beliniche	09.10.1999	10.10.1999	46 : 44
		23 : 23	23 : 21
		350 Zuschauer	250 Zuschauer

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Niederlande AAC 1899 Arnheim	Slowakei Slovan Duslo Šaľa	30.10.1999	07.11.1999	36 : 51
		15 : 24	21 : 27
		400 Zuschauer	1200 Zuschauer
Kroatien RK Split Kaltenberg	Spanien El Ferrobus Mislata	30.10.1999	07.11.1999	35 : 57
		21 : 25	14 : 32
		1000 Zuschauer	800 Zuschauer
Frankreich E.S.B.F. Besançon	Slowenien ŽRK Žalec	31.10.1999	06.11.1999	53 : 39
		26 : 21	27 : 18
		2000 Zuschauer	600 Zuschauer
Polen GZKS Sośnicy Gliwice	Rumänien Silcotub Zalău	30.10.1999	06.11.1999	49 : 51
		26 : 26	23 : 25
		300 Zuschauer	1000 Zuschauer
Ukraine Awtomobilist Browary	Deutschland Borussia Dortmund	30.10.1999	01.11.1999	57 : 64
		30 : 35	27 : 29
		500 Zuschauer	500 Zuschauer
Norwegen Tertnes Idrettslag	Danemark Frederikshavn F.I.	31.10.1999	07.11.1999	54 : 45
		26 : 24	28 : 21
		600 Zuschauer	1000 Zuschauer
Bosnien und Herzegowina Interinvest Mostar	Ungarn Debreceni VSC	30.10.1999	07.11.1999	38 : 58
		21 : 27	17 : 31
		1000 Zuschauer	1800 Zuschauer
Russland AGU-Adyif Maikop	Danemark Frederiksberg IF	06.11.1999	07.11.1999	52 : 55
		26 : 30	26 : 25
		325 Zuschauer	425 Zuschauer

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Frankreich E.S.B.F. Besançon	Deutschland Borussia Dortmund	19.03.2000	26.03.2000	44 : 48
		22 : 23	22 : 25
		3000 Zuschauer	800 Zuschauer
Ungarn Debreceni VSC	Spanien El Ferrobus Mislata	18.03.2000	25.03.2000	39 : 56
		19 : 33	20 : 23
		2200 Zuschauer	1000 Zuschauer
Danemark Frederiksberg IF	Slowakei Slovan Duslo Šaľa	18.03.2000	25.03.2000	50 : 51
		24 : 22	26 : 29
		500 Zuschauer	1800 Zuschauer
Rumänien Silcotub Zalău	Norwegen Tertnes Idrettslag	19.03.2000	25.03.2000	50 : 52
		31 : 26	19 : 26
		1000 Zuschauer	800 Zuschauer

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Deutschland Borussia Dortmund	Norwegen Tertnes Idrettslag	22.04.2000	30.04.2000	51 : 65
		25 : 25	22 : 25
		1000 Zuschauer	1100 Zuschauer
Spanien El Ferrobus Mislata	Slowakei Slovan Duslo Šaľa	23.04.2000	29.04.2000	56 : 44
		29 : 19	27 : 25
		350 Zuschauer	800 Zuschauer

Es nahmen die zwei Sieger aus dem Halbfinale teil. Das Hinspiel fand am 21. Mai 2000 statt. Das Rückspiel fand am 28. Mai 2000 statt.

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Spanien El Ferrobus Mislata	Norwegen Tertnes Idrettslag	21.05.2000	28.05.2000	42 : 41
		24 : 22	18 : 19
		2000 Zuschauer	5200 Zuschauer

• EHF Champions League der Frauen 1999/2000
• EHF-City-Cup der Frauen 1999/2000

• EHF-Pokal auf der offiziellen Seite des EHF (engl.)