Eberharter startete zwischen 1999 und 2001 parallel im Skisprung-Weltcup und im Skisprung-Continental-Cup. Sein erstes Weltcup-Springen bestritt er am 3. Januar 1999 in Innsbruck. Drei Wochen später am 24. Januar 1999 gewann er im japanischenSapporo mit dem 17. Platz seine ersten Weltcup-Punkte. Bis zum Saisonende konnte er noch mehrmals in die Punkteränge springen und beendete die Saison 1998/99 auf dem 60. Platz der Weltcup-Gesamtwertung. In der Skiflug-Wertung belegte er den 24. Platz, nachdem er in zwei von drei Skiflug-Wettbewerben in Planica in die Punkteränge springen konnte. In den beiden folgenden Jahren startete Eberharter nur noch bei drei Weltcup-Springen, blieb jedoch ohne größeren Erfolg und beendete daraufhin nach Abschluss der ebenfalls erfolglos verlaufenen Continental-Cup-Saison 2000/01 seine aktive Skisprungkarriere.
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