Der Fußballklub wurde am 20. Juni 1908, damals unter dem ungarischen Namen Zsolnai Testgyakorlók Köre, gegründet. Žilina wurde zwischen den Weltkriegen zweimal slowakischer Meister – 1928 und 1929. Die Mannschaft war die elftbeste Mannschaft der Tschechoslowakei und spielte in 31 Spielzeiten in der ersten tschechoslowakischen Liga. In den Spielzeiten 2001/02, 2002/03, 2003/04, 2006/07, 2009/10 2011/12 und 2016/17 war der MŠK Žilina slowakischer Meister. Außerdem erreichte Žilina 2010/11 als bisher letzte slowakische Mannschaft die Gruppenphase der UEFA Champions League.
Ende März 2020 meldete der schon länger finanziell angeschlagene Club, durch die Folgen der COVID-19-Pandemie, Insolvenz an. Der Traditionsverein ist das erste prominente Opfer der Coronakrise. Die Finanzstrategie ist auf den Erlös von Spielerverkäufen aufgebaut. Durch die Pandemie sind im Sommer des Jahres keine Einnahmen zu erwarten, erklärte der MŠK Žilina auf seiner Website. Die Spieler wollten sich bei Verhandlungen über einen Gehaltsverzicht (bis zu 80 Prozent) von einem Vertreter der Spielergewerkschaft vertreten lassen. Dies wertete der Club in der aktuellen Krise als „unfair“ und „existenzbedrohend“. Der MŠK Žilina entschied sich dazu, sich von seinen Profis, besonders die mit den höher dotierten Verträgen, zu trennen. Dies bedeutet aber auch, das die Spieler den Verein in der kommenden Wechselperiode ablösefrei verlassen können. Um dies auf eine rechtlich einwandfreie Grundlage zu stellen, wurde zum 1. April 2020 ein Liquidator, entspricht einem deutschen Insolvenzverwalter, bestellt. Er wird sich um die weitere Abwicklung kümmern. Der Liquidator wird dabei u. a. das Vermögen des Clubs bewerten, aber auch neue Verträge mit jungen Spielern aushandeln. Der MŠK Žilina will seine Arbeit fortsetzen. „Ein insolventer Verein kann nach slowakischer Rechtslage seine Geschäfte weiterhin ausüben, einschließlich der Fortsetzung nationaler und internationaler Wettbewerbe“, so der Verein. Der MŠK Žilina steht in der Saison 2019/20 nach der Hauptrunde, mit zehn Punkten Rückstand auf Slovan Bratislava, auf dem zweiten Platz. Die folgende Meisterrunde ist wegen der Pandemie ausgesetzt. Sollte die Saison fortgesetzt werden, so würde man diese mit einer Nachwuchsmannschaft zu Ende spielen.[1][2][3]