Die Liste der Flüsse in Bosnien und Herzegowina enthält eine Auswahl der Fließgewässer in Bosnien und Herzegowina – geordnet nach Einzugsgebiet und Alphabet.

Entwässern ins Schwarze Meer

• Glina (rechter Nebenfluss der Kupa, welche in die Save mündet)
  • Glinica (rechter Nebenfluss)
    • Bojna
    • Bužimica
  • Kladušnica (von rechts bei Velika Kladuša)
• Korana (rechter Nebenfluss der Kupa)
  • Mutnica (von rechts)
• Save (rechter Nebenfluss der Donau, mündet in Belgrad)
  • Bosna (von rechts bei Bosanski Šamac)
    • Babina rijeka (von rechts bei Zenica)
    • Fojnička rijeka (von links bei Visoko)
      • Lepenica (von rechts bei Kiseljak)
        • Bijela rijeka (von rechts)
        • Crna rijeka (von rechts)
        • Kreševka (von links)
      • Željeznica (von rechts bei Fojnica)
        • Dragača (von links)
    • Goruša (von rechts bei Visoko)
    • Krivaja (von rechts in Zavidovići)
      • Bioštica (von rechts)
      • Duboštica (von links)
      • Kaljina (von rechts)
    • Lašva (von links bei Zenica)
      • Bila (von links)
      • Grlovnica (von rechts)
      • Komašnica (von rechts bei Travnik)
      • Kruščica (von rechts)
    • Ljubina (von rechts bei Semizovac)
    • Miljacka (von rechts bei Sarajevo)
      • Mokranjska Miljacka
      • Paljanska Miljacka
        • Bistrica (Miljacka) (von links)
    • Misoča (von rechts bei Ilijaš)
      • Blaža
    • Ribnica (von rechts bei Kakanj)
      • Mala rijeka (Ribnica) (von links)
    • Spreča (von rechts bei Doboj)
      • Gostilja (von links bei Živinice)
        • Oskova (von links bei Živinice)
      • Turija (Bosnien) (von links bei Lukavac)
    • Stavnja (von rechts bei Ilijaš)
      • Mala rijeka (Stavnja) (von links)
    • Trstionica (von rechts bei Kakanj)
      • Bukovica (Trstionica) (von links bei Kraljeva Sutjeska)
    • Usora (von links bei Doboj)
      • Mala Usora
      • Velika Usora
    • Željeznica (von rechts bei Ilidža)
      • Kasindolska (von rechts)
  • Brka (von rechts in Brčko)
  • Dašnica (von rechts bei Bijeljina)
  • Drina (von rechts bei Bijeljina)
    • Bistrica (von links bei Foča)
      • Govza (von rechts bei Miljevina)
    • Ćeotina (von rechts in Foča)
    • Drinjača (von links bei Zvornik)
      • Jadar (von rechts)
        • Kravica (von rechts)
        • Zeleni Jadar (von rechts)
    • Janja (von links bei Janja)
    • Janjina (von rechts bei Ustiprača)
    • Lim (von rechts bei Višegrad)
    • Prača (von links in Ustiprača)
      • Rakitnica (von links bei Rogatica)
    • Rzav (von rechts in Višegrad)
      • Beli Rzav (rechter Quellfluss)
      • Crni Rzav (linker Quellfluss)
    • Sutjeska (von links südlich von Foča)
      • Hrčavka (von links)
    • Tara (linker Quellfluss)
    • Žepa (von links hinter Višegrad)
  • Jurkovica (von rechts in Gradiška)
  • Lukavac (von rechts)
  • Ukrina (von rechts Bosanski Brod)
    • Ilova (von rechts)
    • Mala Ukrina (rechter Quellfluss)
    • Velika Ukrina (linker Quellfluss)
  • Una (von rechts bei Jasenovac)
    • Čava (von rechts)
    • Krušnica (von rechts in Bosanska Krupa)
    • Mlječanica (von rechts)
      • Knežica (von links)
    • Sana (von rechts in Novi Grad)
      • Blija (von links in Sanski Most)
      • Dabar (von links bei Sanski Most)
      • Gomjenica (von rechts bei Prijedor)
        • Bistrica (Gomjenica) (von rechts)
        • Krivaja (Gomjenica) (von rechts)
      • Japra (von links)
        • Japrica (von links)
      • Kozica (von rechts)
      • Sanica (von links bei Vrhpolje)
    • Strigova (von rechts bei Kostajnica)
      • Kriva rijeka (von rechts)
      • Mekinja (von links)
    • Unac (von rechts in Martin Brod)
  • Vrbaška (von rechts bei Gradiška)
    • Jablanica (von links)
      • Bukovica (Jablanica) (von rechts)
      • Ljubina (Jablanica) (von rechts)
    • Crna rijeka (Vrbaška) (von links)
  • Vrbas (von rechts)
    • Bistrica (Vrbas) (von rechts bei Gornji Vakuf)
      • Mutnica (Bistrica) (von rechts)
    • Crna rijeka (Vrbas) (von links bei Mrkonjić Grad)
    • Desna (von links im Quellgebiet)
    • Dragočaj (von links bei Banja Luka)
    • Pliva (von links in Jajce)
      • Janj (von rechts bei Šipovo)
    • Ugar (von rechts)
    • Vrbanja (von rechts in Banja Luka)

Entwässern in die Adria

• Neretva
  • Bregava (von links bei Čapljina)
  • Buna (von links bei Blagaj)
  • Doljanka (von rechts in Jablanica)
  • Drežanka (von rechts)
  • Neretvica (von rechts bei Konjic)
  • Rakitnica (von rechts)
  • Rama (von rechts bei Jablanica)
  • Trebižat (von rechts bei Čapljina)

Entwässern in Seen

• Mande (in den Buško jezero)

Versickernde Flüsse

• Bijela (an der Westseite des Prenj-Massivs)
• Plovuča (im Livanjsko polje)
  • Bistrica (im Livanjsko polje)
  • Žabljak (im Livanjsko polje)
• Jaruga (im Glamočko polje)
• Lištica (im ehemaligen Sumpfgebiet Mostarsko Blato, westlich von Mostar)
• Milač (im Kupreško polje)
• Mrtvica (im Kupreško polje)
• Trebišnjica (bei Hutovo)