Franz Joseph Müller ist der Name folgender Personen:

• Franz Joseph Müller (1762–1848), deutscher Historiker, siehe Michael Franz Josef Müller
• Franz Joseph Müller (Regierungsrat) (1803–1873; auch Franz Müller), Schweizer Politiker, Regierungsrat Zug, Tagsatzungsgesandter
• Franz Joseph Müller (Politiker) (1830–1908), deutscher Politiker, MdR
• Franz Joseph Müller (Industrieller) (1853–1917), deutscher Erfinder und Industrieller
• Franz Joseph Müller (1893–1984), deutscher Fußballspieler und -trainer, siehe Josef Müller (Fußballspieler, 1893)
• Franz Joseph Müller (SS-Oberscharführer) (auch Franz Josef Müller; 1910–1988?), deutscher SS-Oberscharführer
• Franz Joseph Müller von Friedberg (1725–1803), Schweizer Staatsmann
• Franz Joseph Müller von Reichenstein (1740/1742–1825), österreichischer Chemiker

Siehe auch:

• Franz Josef Müller (Begriffsklärung)