Das Gebiet Rotachtal Bodensee ist ein durch das Regierungspräsidium Tübingen nach der Richtlinie 92/43/EWG (Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie) ausgewiesenes Schutzgebiet (SG-Nummer DE-8222342) im Südosten des deutschen Bundeslandes Baden-Württemberg.

Das rund 466 Hektar (ha) große Schutzgebiet Rotachtal Bodensee gehört naturräumlich zum Bodenseebecken und Oberschwäbischem Hügelland. Seine vier Teilflächen liegen auf einer Höhe von 398 bis 658 m ü. NHN und erstrecken sich zu 62 Prozent (= 289,0 ha) im Bodenseekreis (Deggenhausertal, Friedrichshafen, Oberteuringen) und zu 38 Prozent (= 177,2 ha) im Landkreis Ravensburg (Gemeinde Horgenzell).

Die Teilflächen umfassen das Gebiet der Rotach zwischen Horgenzell im Norden und ihrer Mündung in den Bodensee zwischen Eriskirch und Langenargen im Süden.

Wesentlicher Schutzzweck ist die Erhaltung des Rotachtals bis zur Mündung in den Bodensee mit tief eingeschnittenen Tobeln im Oberlauf, sowie Niedermoorgebiet, Altweiherwiese und Tongrube.

Die Vielzahl von Lebensraumtypen mit naturnahen Tobelwäldern und Auwäldern, sowie Pfeifengraswiesen als Zeugnisse früherer Landnutzung zeichnet sich hauptsächlich durch folgende Lebensräume aus: Mischwald (31 %), feuchtes und mesophiles Grünland (26 %), Laub- (15 %) sowie Nadelwald (13 %).

Folgende Lebensraumtypen nach Anhang I der FFH-Richtlinie kommen im Gebiet vor:

Folgende Arten von gemeinschaftlichem Interesse kommen im Gebiet vor:

Bild	EU Code	*	Art	wissenschaftlicher Name	Artengruppe
	1013		Vierzähnige Windelschnecke	Vertigo geyeri	Schnecken
	1014		Schmale Windelschnecke	Vertigo angustior	Schnecken
	1016		Bauchige Windelschnecke	Vertigo moulinisana	Schnecken
	1032		Kleine Flussmuschel	Unio crassus	Muscheln
	1083	*	Hirschkäfer	Lucanus cervus	Käfer
	1093	*	Steinkrebs	Austropotamobius torrentium	Krebse
	1131		Strömer	Leuciscus souffia agassizi	Fische und Rundmäuler
	1163		Groppe	Cottus gobio	Fische und Rundmäuler
	1166		Kammmolch	Triturus cristatus	Amphibien
	1193		Gelbbauchunke	Bombina variegata	Amphibien
	1323		Bechsteinfledermaus	Myotis bechsteinii	Säugetiere
	1324		Großes Mausohr	Myotis myotis	Säugetiere
	1337		Biber	Castor fiber	Säugetiere
	1902		Gelber Frauenschuh	Cypripedium calceolus	Pflanzen
	1903		Sumpf-Glanzkraut	Liparis loeselii	Pflanzen

Folgende Schutzgebiete sind Bestandteil des FFH-Gebiets:

Nr.	Name	Ort/e	Flächenanteil [%]	Bild
NSG 4.093	Altweiherwiese Großer zusammenhängender Schilfbestand mit umgebenden Streuwiesen und darin liegenden Erlensäumen und Weidenbüschen als Lebensraum einer reichhaltigen Tier- und Pflanzenwelt.	Oberteuringen	16
	Altweiherwiese und Taldorfer Bach Geologisch bedeutsame Schmelzwasserrinne des Würm-Spätglazials als Talabschnitt der Ur-Argen.	Oberteuringen	4
LSG 4.36.016	Rotachtobel und Zußdorfer Wald	Horgenzell	28
LSG 4.35.001	Württembergisches Bodenseeufer Naturstrände und Strandwälder des Bodensees mit Schwarz-Pappel- und Eichenbeständen als vorherrschende Ufergehölze.	Friedrichshafen

• Liste der FFH-Gebiete in Baden-Württemberg
• Liste der Schutzgebiete im Bodenseekreis

Commons: FFH-Gebiet Rotachtal Bodensee – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

• Standarddatenbogen für das FFH-Gebiet „Rotachtal Bodensee“
• Steckbrief des FFH-Gebietes Rotachtal Bodensee im Schutzgebietsverzeichnis der Landesanstalt für Umwelt Baden-Württemberg
• Karte des Schutzgebiets im Daten- und Kartendienst der LUBW
• Regierungspräsidium Tübingen (Hrsg.): Managementplan für das FFH-Gebiet 8222-342 „Rotachtal Bodensee“. bearbeitet von INULA, Freiburg. 1. Dezember 2017 (174 S., baden-wuerttemberg.de [PDF]). 
• Klimadaten und Szenarien für das Schutzgebiet vom Potsdam-Institut für Klimafolgenforschung (PIK)

47.7555555555569.4636111111111Koordinaten: 47° 45′ 20″ N, 9° 27′ 49″ O