Die Liste der Museen in Basel führt nach Sparten geordnet die Museen im Stadt- und Einzugsgebiet Basels auf. Erwähnung finden die aktiven Häuser, deren Sammlung einen über das Lokale ausgreifenden Charakter hat und die in der Regel an mehreren Tagen in der Woche regulär geöffnet sind. Siehe auch den Hauptartikel über die Museen in Basel.

Der Sammlungsschwerpunkt der Basler Museen liegt auf der bildenden Kunst. Das Spektrum reicht vom Altertum bis zur Gegenwart und zeigt sowohl historisches und etabliertes als auch noch pionierhaftes Kunstschaffen. Zahlreiche Museen beschäftigen sich mit verschiedensten kulturgeschichtlichen und ethnologischen Themen, ebenso bestehen technische und naturwissenschaftliche Sammlungen. Seit den 1960er Jahren hat sich die traditionelle Aufgabe des vorrangigen Sammelns, Bewahrens und Ausstellens weiter entwickelt. Neben den neuen Formen des Publikumskontakts (Museumspädagogik beziehungsweise -didaktik) sind institutionelle Mischformen entstanden, die aktiv eine gesellschaftspolitisch relevante Rolle anstreben und in denen der Museumsbetrieb nur eine, wenn auch zentrale Facette eines umfassenderen Kulturengagements ist.

Die öffentlichen Museumsbestände haben ihren Ursprung im 1661 erfolgten Ankauf des privaten Amerbach-Kabinetts durch Stadt und Universität Basel und sind damit die älteste ununterbrochen bestehende Museumssammlung eines bürgerlichen Gemeinwesens. Der erste eigentliche Museumsbau datiert von 1849, als die öffentlichen Sammlungen im Museum an der Augustinergasse untergebracht wurden. Von 1894 an wurden sie auf mehrere Museumshäuser verteilt. Die privaten Sammlungen sind fast alle erst nach dem Zweiten Weltkrieg entstanden.

Die Grenzlage der Stadt am Basler Dreiländereck und die kleinräumliche Gliederung der Basler Region bringen es mit sich, dass zwar der Hauptteil der Basler Museen in der Stadt Basel und somit im Kanton Basel-Stadt ist; einige Museen sind aber im Kanton Basel-Landschaft zu finden, und zur Basler Museumslandschaft können zudem Museen der Basler Agglomeration gerechnet werden, so diejenigen in den Nachbarstädten Lörrach, Saint-Louis und Weil am Rhein. Angesichts der kommunalen, regionalen und nationalen Verwaltungseinheiten, die hier aufeinandertreffen, sowie der übergelagerten Agglomeration gibt es keine eindeutig festlegbare Anzahl von Basler Museen, doch sind es auch bei einem eng gefassten Perimeter wenigstens drei Dutzend Häuser, die Sammlungen beherbergen und zugänglich machen.

• Name: Nennt den offiziellen Namen des Museums.
• Sammlung und Aktivität: Nennt die musealen Besonderheiten und Schwerpunkte der Institution.
• Jahr: Nennt das Gründungsjahr des Museums u/o der Museumssammlungen.
• Standort: Nennt das Quartier der Stadt Basel oder die Ortschaft in der Region Basel, wo das Museum steht.
• Abbildung: Zeigt – wenn möglich – ein Bild des Museumsgebäudes.
• Homepage: Gibt – wenn möglich – einen Weblink zur Homepage des Museums.

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Museum	Sammlung und Aktivität	Jahr	Standort	Abbildung
Antikenmuseum Basel	Antike Kunst und Kultur des Mittelmeerraums und des Vorderen Orients; Dauer- und Wechselausstellungen	1661/1961	Basel (Altstadt Grossbasel)
Cartoonmuseum Basel	Karikaturen, Cartoons und Comics; Wechselausstellungen	1979	Basel (Vorstädte)
Espace d’Art Contemporain Fernet Branca	Zeitgenössische Kunst; Wechselausstellungen	2004	Saint-Louis
Fondation Beyeler	Klassische Moderne, indigene Kunst; Dauer- und Wechselausstellungen	1982/1997	Riehen
Haus für elektronische Künste Basel	Medienkunst; Wechselausstellungen, Veranstaltungen, Festival, Sammlung	2011	Dreispitz Basel und Münchenstein
Historisches Museum Basel (Barfüsserkirche)	Kunst und Kunsthandwerk des Spätmittelalters und der Frühen Neuzeit aus Basel und der Region Oberrhein; Dauer- und Wechselausstellungen	1661/1836/1892	Basel (Altstadt Grossbasel)
Kunst Raum Riehen	Zeitgenössische Kunst der Region Basel; Wechselausstellungen	1998	Riehen
Kunsthalle Basel	Zeitgenössisch-avantgardistische Kunst; Wechselausstellungen, Vorträge, Performances, Video- und Filmvorführungen	1872	Basel (Vorstädte)
Kunsthaus Baselland	Aktuelle Kunstprojekte der Region Basel; Wechsel- und Gastausstellungen	1997	Muttenz
Kunstmuseum Basel	Oberrheinische Kunst von 1400 bis 1600 sowie Kunst des 19. und 20. Jahrhunderts; Dauer- und Wechselausstellungen	1661/1836/1936	Basel (Vorstädte)
Museum für Gegenwartskunst	Zeitgenössische Kunst von den 1960er Jahren bis in die unmittelbare Gegenwart (Emanuel Hoffmann-Stiftung); Dauer- und Wechselausstellungen	1981	Basel (St. Alban)
Museum Tinguely	Jean Tinguely, Zeitgenossen; Dauer- und Wechselausstellungen	1996	Basel (Wettstein)
[plug.in]	Haus für elektronische Künste Basel Medienkunst; Wechselausstellungen, Veranstaltungen, Künstlervernetzung	2000–2010	Basel (St. Alban)
SAM Schweizerisches Architekturmuseum	Architektur, Urbanismus; Wechselausstellungen, Publikationen, Veranstaltungen	1984	Basel (Vorstädte)
Schaulager	Zeitgenössische Kunst (Emanuel Hoffmann-Stiftung); Kunstlager und -forschung, Wechselausstellungen	2003	Münchenstein
Sculpture at Schoenthal	Zeitgenössische Skulpturen; Wechselausstellungen, Skulpturenpark	2000/2001	Schönthal
Skulpturhalle Basel	Abgüsse antiker Plastik, Bauplastik des Athener Parthenons; Dauer- und Wechselausstellungen	1887/1963	Basel (Am Ring)
Vitra Design Museum	Industrielles Möbeldesign, Architektur; Dauer- und Wechselausstellungen	1989	Weil am Rhein

Museum	Sammlung und Aktivität	Jahr	Standort	Abbildung
Basler Papiermühle	Papierproduktion, Schriftkultur; Dauer- und Wechselausstellungen, Demonstrationsbetrieb	1954/1980	Basel (St. Alban)
Fondation Herzog	Fotografie seit 1839; Wechselausstellungen, Studien, Schulung	2002	Münchenstein
Historisches Museum Basel (Barfüsserkirche)	Kunst und Kunsthandwerk des Spätmittelalters und der Frühen Neuzeit aus Basel und der Region Oberrhein; Dauer- und Wechselausstellungen	1661/1856/1892	Basel (Altstadt Grossbasel)
Historisches Museum Basel (Haus zum Kirschgarten)	Basler Wohnkultur des 18. und 19. Jahrhunderts; Dauer- und Wechselausstellungen	1951	Basel (Vorstädte)
Historisches Museum Basel (Museum für Pferdestärken, ehem. Kutschen- und Schlittensammlung)	Kutschen und Schlitten des 19. und 20. Jahrhunderts. 2016 wurde dieses Museum aufgelöst	1981–2016	Münchenstein
Historisches Museum Basel (Musikmuseum)	Musikinstrumente und europäische Musikgeschichte; Dauer- und Wechselausstellungen	1943/2000	Basel (Altstadt Grossbasel)
Jüdisches Museum der Schweiz	Kulturgeschichte der Juden in der Schweiz und in Basel, Dokumente des ersten Zionistenkongresses 1897; Dauer- und Wechselausstellungen	1966	Basel (Am Ring)
Mühlemuseum Brüglingen	Geschichte der Mühle und der Müllerei; Dauerausstellung, Demonstrationsbetrieb	1966	Münchenstein
Dreiländermuseum	Geschichte und Gegenwart der Dreiländeregion; Dauer- und Wechselausstellungen	1932	Lörrach
Museum.BL	Natur und Kultur der Region; Dauer- und Wechselausstellungen, Forumsveranstaltungen	1837	Liestal
Museum der Kulturen Basel	Ethnologische Sammlungen aus Europa, Altägypten, Afrika, Asien, Altamerika, Ozeanien; Dauer- und Wechselausstellungen	1661/1892/1917	Basel
Museum Kleines Klingental	Geschichte des Klosters Klingental, Originalskulpturen des Basler Münsters, Modell der Stadt Basel im 17. Jahrhundert; Dauer- und Wechselausstellungen	1938/1997	Basel (Altstadt Kleinbasel)
Römermuseum Augst	Ruinen von Augusta Raurica, Grabungsfunde, Rekonstruktionen; Dauer- und Wechselausstellungen, archäologischer Park	1957	Augst
Sammlung Friedhof Hörnli	Basler und Schweizer Bestattungskultur; Dauerausstellung	1994	Riehen
Spielzeugmuseum, Dorf- und Rebbaumuseum	Spielzeug, Dorfalltag, Rebbau; Dauer- und Wechselausstellungen	1972	Riehen
Spielzeug Welten Museum Basel	Teddybären, Puppen, Miniaturen; Dauer- und Wechselausstellungen	1998	Basel (Vorstädte)
Sportmuseum Schweiz	Geschichte und Gegenwart von Sport und Spiel; externe Wechselausstellungen	1945	Basel (Am Ring)
Dichter- und Stadtmuseum Liestal	Literatur (Georg und Emma Herwegh, Carl Spitteler etc.), Geschichte und Brauchtum; Dauer- und Wechselausstellungen	1946/2001	Liestal

Museum	Sammlung und Aktivität	Jahr	Standort	Abbildung
Anatomisches Museum Basel	Originalpräparate von menschlichen Körperbereichen und Organen; Dauer- und Wechselausstellungen	1824/1880	Basel (Am Ring)
Basler Papiermühle	Papierproduktion und Schriftkultur; Dauer- und Wechselausstellungen, Demonstrationsbetrieb	1954/1980	Basel (St. Alban)
Fondation Herzog	Fotografie seit 1839; Wechselausstellungen, Studien und Schulung	2002	Münchenstein
Mühlemuseum Brüglingen	Geschichte der Mühle und der Müllerei; Dauerausstellung, Demonstrationsbetrieb	1966	Münchenstein
Museum.BL	Natur und Kultur der Region; Dauer- und Wechselausstellungen, Forumsveranstaltungen	1837	Liestal
Museum für Musikautomaten	Mechanischen Musikautomaten; Dauer- und Wechselausstellungen	1979/1990	Seewen
Naturhistorisches Museum Basel	Zoologie, Entomologie, Mineralogie, Anthropologie, Osteologie, Paläontologie; Dauer- und Wechselausstellungen, Forschungsbetrieb	1661/1821/1849	Basel (Altstadt Grossbasel)
Pharmazie-Historisches Museum der Universität Basel	Geschichte der Pharmazie; Dauer- und Wechselausstellungen	1924	Basel (Altstadt Grossbasel)
Schweizerisches Feuerwehrmuseum	Geschichte der Feuerbekämpfung; Dauerausstellung	1994	Basel (Vorstädte)
Verkehrsdrehscheibe Schweiz und unser Weg zum Meer	Rheinschifffahrt, kombinierter Verkehr, Modell der Basler Rheinhäfen; Dauerausstellung	1954	Basel (Kleinhüningen)

• Fritz K. Mathys: Basels Schatzkammern. Zur Entstehung und Entwicklung unserer Museen. In: Basler Stadtbuch 1979, S. 151–164.
• Annemarie Monteil: Basler Museen. Birkhäuser Verlag, Basel 1977, ISBN 3-7643-0945-8.

Commons: Museen in Basel – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

• museen basel Website zu den Museen in und um Basel

Daneben haben viele Dörfer ihr eigenes Dorfmuseum oder ein Regionalmuseum mit lokalhistorischem Ausstellungsgut:

• Museen in den Gemeinden (Memento vom 16. März 2008 im Internet Archive) Website zu den Heimat- und Ortsmuseen im Kanton Basel-Landschaft