DFB-Jugend-Kicker-Pokalsieger 1998/99 war der 1. FC Magdeburg. Im Endspiel im Magdeburger Ernst-Grube-Stadion siegte der 1. FC Magdeburg am 4. Juli 1999 mit 6:1 gegen den 1. FC Saarbrücken. Die Magdeburger waren damit die erste Mannschaft aus den Neuen Bundesländern, die nach der Wende einen gesamtdeutschen Fußballtitel gewinnen konnten.

Am Wettbewerb nahmen folgende 32 Mannschaften teil:

•   Tennis Borussia Berlin
•   SG Wattenscheid 09
•   FC Schalke 04
•   VfL Bochum
•   Hannover 96
•   Holstein Kiel
•   Energie Cottbus
•   1. FC Magdeburg
•   1. FC Köln
•   VfB Leipzig
•   Hamburger SV
•   Fortuna Düsseldorf
•   VfL Osnabrück
•   VfL Wolfsburg
•   1. FSV Mainz 05
•   FC Hansa Rostock
•   FC Rot-Weiß Erfurt
•   FSV Salmrohr
•   FV Dresden-Nord
•   FC 08 Homburg
•   Dynamo Dresden
•   Freiburger FC
•   FC Augsburg
•   FK Pirmasens
•   SV Waldhof Mannheim
•   1. FC Saarbrücken
•   SV Darmstadt 98
•   Stuttgarter Kickers
•   SG 01 Hoechst
•   SC Vahr

Paarung	1. FC Magdeburg – 1. FC Saarbrücken
Ergebnis	6:1 (3:1)
Datum	4. Juli 1999
Stadion	Ernst-Grube-Stadion, Magdeburg
Zuschauer	2.000
Schiedsrichter	Uwe Kemmling (Burgwedel)
Tore	1:0 Schüßler (11.) 1:1 Weißmann (26.) 2:1 Schüßler (37.) 3:1 Schüßler (45.) 4:1 Prest (67., FE) 5:1 Rasche (78.) 6:1 Scholze (88.)
1. FC Magdeburg	Christian Beer – Christian Prest – Tobias Buchholz (81. Dirk Wischeropp), Alexander Gröger, Andreas Lücke – Henning Stary, Maik Franz (77. Christian Uffrecht), Steve Garlipp, Rene Hartmann (65. Marcel Menzel) – Benjamin Schüßler (65. Markus Rasche), Ronny Scholze Cheftrainer: Matthias Pape
1. FC Saarbrücken	Christoph Büchel – Peter Haselwanger, Andreas Haas, Andre Hemmer, Nico Weißmann, Ronald Huber (35. Michael Towarek), Daniel Schommer (73. Patrick Zirwes), Marco Winter, Andreas Wellner, Angelo Bonsignore (61. Christian Weber), Stefan Groß (69. Christian Gillert) Cheftrainer: Dieter Ferner