Franz Joseph Merklin (* 28. Juni 1788 in Oberhausen, Großherzogtum Baden; † 14. September 1857 in Freiburg im Breisgau) war ein deutscher Orgelbauer in Baden.

Franz Joseph Merklin erlernte in Oberhausen das Schreinerhandwerk. Seit 1808 arbeitete er in Würzburg, München und Wien, wahrscheinlich die letzten Jahre bereits als Orgelbauer. 1817 heiratete er in seinem Heimatort Oberhausen und wurde dabei als Schreinermeister bezeichnet. In den folgenden Jahren arbeitete Merklin als Orgelbauer mit Stephan Just, ab etwa 1821 allein. 1823 stellte er seine erste Orgel in Bischoffingen fertig und erhielt die Approbation als Orgelbauer für das Großherzogtum Baden.

1831 erhielt Merklin die Erlaubnis, sich in Freiburg im Breisgau niederzulassen, und zog daraufhin 1832 nach Wiehre. 1837 erhielt er das Bürgerrecht der Stadt und wurde 1839 Mitglied der Bauzunft. In dieser Zeit arbeiteten in der Werkstatt zwölf Mitarbeiter. Merklin blieb bis zu seinem Lebensende in Freiburg-Wiehre.

Der Sohn Joseph Merklin arbeitete zeitweise in der Werkstatt mit und wurde später einer der bedeutendsten Orgelbauer in Belgien und Frankreich im 19. Jahrhundert.

Von Franz Joseph Merklin sind 28 Orgelneubauten im Großherzogtum Baden bekannt. Sechs Orgeln und zwei Prospekte sind erhalten.

Jahr	Ort	Gebäude	Bild	Manuale	Register	Bemerkungen
1822–1823	Bischoffingen	Kirche		I/P	12	erster bekannter Orgelneubau, nicht erhalten[1]
1823–1825	Kehl	Evangelische Kirche		II/P	23	zweiter Orgelneubau, nicht erhalten
1827	Kandern	Evangelische Kirche		II/P	21	größte erhaltene Orgel, mit spätestem erhaltenem Rückpositiv in Baden[2][3]
1828	Freistett	Evangelische Kirche		II/P	17	1967 Erweiterung durch Muhleisen auf II/P, 25, erhalten[4]
1829	Lörrach	St. Fridolin		II/P	22	Prospekt erhalten[5]
1829	Rheinfelden-Eichsel	St. Gallus		I/P	14	erhalten
1830	Memprechtshofen	Evangelische Kirche		I/P	9	erhalten[6]
1830	Kleinkems	Evangelische Kirche		I/p	6	1961 umgesetzt in Stadtkirche St. Michael nach Schopfheim, erhalten und restauriert von Jens Steinhoff 2012[7]
1832	Auggen	Kirche		II/P	20	nicht erhalten
1832	Rippoldsau	Kirche		II/P	22	nicht erhalten
1834	Liel	St. Vinzenz		I/P	11	2010 ersetzt[8]
1838	Freiburg	Ludwigskirche		II/P	26	nicht erhalten
1839	Breisach	Stephansmünster		II/P	28	nicht erhalten[9]
1840	Oberrotweil	Katholische Pfarrkirche		II/P	23+2	leicht verändert erhalten[10]
1842	Bollschweil	St. Hilarius				nicht erhalten[11]
1846	Schallstadt	St. Peter				Prospekt erhalten[12]
1851	Obereggenen	Evangelische Kirche		I/P	14	verändert erhalten, ursprünglich 13 Register[13]

• Heinrich Richard Trötschel: Der Orgelbauer Franz Joseph Merklin und seine Approbation als Orgelbauer. In: Roland Behrens, Christoph Grohmann (Hrsg.): Dulce Melos Organorum. Festschrift Alfred Reichling zum 70. Geburtstag (= Veröffentlichung der Gesellschaft der Orgelfreunde. Band 200). Gesellschaft der Orgelfreunde, Mettlach 2005, S. 487–502.
• Bernd Sulzmann: Die Genealogie der Orgelbauerfamilie Merklin. In: Ars Organi. 57. Jahrgang. 1978. S. 441–444.

• Franz Joseph Merklin MGG online

1. ↑ Orgel in Bischoffingen. Abgerufen am 14. Januar 2023 (deutsch). 
2. ↑ Weltkulturerbe aus Kandern Verlagshaus Jaumann
3. ↑ Kandern – Stadtkirche St. Clemens – Orgel Verzeichnis – Orgelarchiv Schmidt. Abgerufen am 28. Mai 2024 
4. ↑ Orgel in Freistett Orgeldatabase
5. ↑ Orgel in Stetten. Abgerufen am 14. Januar 2023 (deutsch). 
6. ↑ Orgel in Memprechtshofen Orgeldatabase
7. ↑ Schopfheim – Alte Stadtkirche St. Michael – Orgel Verzeichnis – Orgelarchiv Schmidt. Abgerufen am 22. Februar 2022 (deutsch). 
8. ↑ Orgel in Liel. Abgerufen am 14. Januar 2023 (deutsch). 
9. ↑ Orgel in Breisach am Rhein. Abgerufen am 14. Januar 2023 (deutsch). 
10. ↑ Vogtsburg im Kaiserstuhl / Oberrotweil – St. Johannes Baptist – Orgel Verzeichnis – Orgelarchiv Schmidt. Abgerufen am 19. November 2022 (deutsch). 
11. ↑ Orgel in Bollschweil. Abgerufen am 14. Januar 2023 (deutsch). 
12. ↑ Orgel in St. Peter Schallstadt Orgel-Verzeichnis
13. ↑ Schliengen / Obereggenen – Evangelische Kirche (ehem. St. Johannes) – Orgel Verzeichnis – Orgelarchiv Schmidt. Abgerufen am 27. Mai 2022 (deutsch).