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Theodor Beer (* 27. März 1866 in Wien; † 27. September 1919 in Luzern) war ein österreichischer Physiologe und Naturforscher.

Beer war Sohn des Großhändlers und Bankiers Wilhelm Beer (1832–1905). 1890 trat er aus der Israelitischen Kultusgemeinde aus und war ab 1903 evangelisch HB.

Beer absolvierte in Wien das Akademische Gymnasium und studierte ab 1883 Medizin an den Universitäten von Wien, Straßburg und Heidelberg. 1889 wurde er promoviert. 1890–92 spezialisierte er sich in der Augenklinik des Allgemeinen Krankenhauses (AKH) in Wien, danach war er am physiologischen Institut der Universität Bern tätig. 1893–94 forschte er in Neapel, 1895 in Cambridge. Beer profilierte sich mit Vivisektionen an Fisch-, Vogel- und Reptilienaugen. 1896 habilitierte er sich für vergleichende Physiologie. 1897 begann seine enge Zusammenarbeit mit dem Physiologen Albrecht Bethe und dem Biologen, Philosophen und Zoologen Jakob von Uexküll. 1899 hatte er auch Studien an menschlichen Organen unternommen und so trug damit zur Begründung des Behaviorismus bei. Die Lebensreformbewegung um Sigmund Freud und Arthur Schnitzler begrüßte er und wurde 1903 zum ao. Professor berufen. 1910 und 1914 arbeitete er wieder an der Zoologischen Station Neapel. 1916 wurde er zum Kriegsdienst eingezogen, verarmte dann aber und nahm sich das Leben.

Ab 1903 war er in erster Ehe mit Laura Eissler (1883–1906), ab 1916 mit Dagmar Zidlicky († 1931) verheiratet.

• 1900 erhielt er den Ignaz-L.-Lieben-Preis der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften in Wien für seine Studien über die Akkomodation des Auges.