Holzhafen steht für:

• Holzhafen Duisburg, einen Teil des Duisburger Innenhafens
• in Hamburg:
  • Holzhafen (Naturschutzgebiet), ehemaliges Hafenbecken in der Billwerder Bucht
  • Altonaer Holzhafen, seit 1724 bestehendes Hafenbecken in Altona
  • Harburger Holzhafen, Becken des Harburger Binnenhafens
• Holz- und Fabrikenhafen, Hafenbecken in Bremen, siehe auch Bremer Häfen
• ein Hafenbecken in Bremerhaven, siehe Häfen in Bremerhaven #Holzhafen
• einen Hafen in Stade
• Holzhafen Geestemünde, ein ehemaliges Hafenbecken im Bremerhavener Stadtteil Geestemünde, heute Zierteich