Sebastian Mitterhuber (* 11. März 1988 in Pfaffenhofen an der Ilm) ist ein deutscher Fußballspieler. Er wird hauptsächlich im zentralen oder rechten Mittelfeld eingesetzt.

Mitterhuber begann seine Karriere beim TSV Hohenwart und spielte danach in der Jugend des FC Bayern München. Im Juli 2006 wechselte er schließlich zu den A-Junioren des SV Wacker Burghausen. In der Saison 2006/07 kam er auf einen Einsatz für die zweite Mannschaft in der Bayernliga.

Seit Beginn der Saison 2007/08 zählte Mitterhuber zum Kader der ersten Mannschaft der Salzachstädter. In seiner ersten Saison kam er auf 18 Einsätze und konnte sich mit dem SVW für die neu geschaffenen 3. Liga qualifizieren. Am ersten Spieltag der Spielzeit 2008/09 konnte er in seinem ersten Profi-Einsatz auch gleich ein Tor gegen die Stuttgarter Kickers erzielen. Insgesamt gelangen Mitterhuber bei 36 Einsätzen fünf Torerfolge.

Zur Saison 2009/10 wechselte Mitterhuber zum Ligakonkurrenten SpVgg Unterhaching. Dort traf er gleich am ersten Spieltag gegen den SV Sandhausen zum 1:0 und erzielte damit das erste Saisontor seiner Mannschaft.

Im Juli 2011 wechselte Mitterhuber zum sechstklassigen Verein BC Aichach. Mit den Schwaben gelang ihm der Aufstieg in die Bayernliga Süd. Nach dem finanziellen Rückzug des BC schloss er sich 2014 dem TSV 1896 Rain an. Mit dem Verein gelang Mitterhuber 2015 der Aufstieg in die Regionalliga Bayern. Ein Jahr später stieg man wieder ab und Mitterhuber wechselte zum Bayernligisten FC Pipinsried, mit dem ihm in der Saison 2016/17 ebenfalls der Aufstieg in die Regionalliga glückte.

Zur Saison 2019/20 wechselte Mitterhuber zu Türkspor Augsburg.

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