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Bevor im Jahr 1982 die Jōetsu-Shinkansen eröffnet wurde, unterhielt die Jōetsu-Linie einen dichten Schnellbahndienst zwischen Tokio und Niigata. Heute wird die Strecke hauptsächlich von Regional- und Güterzügen befahren.
Durch das Chūetsu-Erdbeben im Jahr 2004 wurde die Jōetsu-Linie schwer beschädigt, was die JR East dazu veranlasste, die Strecke für zwei Monate zu schließen.
Die Jōetsu-Shinkansen-Nebenstrecke zwischen den Bahnhöfen Echigo-Yuzawa und Gala-Yuzawa (Gala-Yuzawa-Linie) gehört verfahrensrechtlich zur Jōetsu-Linie.