Am EHF-Europapokal der Pokalsieger 1998/99 nahmen 29 Handball-Vereinsmannschaften aus 28 Ländern teil. Diese qualifizierten sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatländern im Pokalwettbewerb für den Europapokal. Bei der 23. Austragung des Pokalsiegerwettbewerbes, konnte Bækkelagets SK seinen Titel aus dem Vorjahr erfolgreich verteidigen.

Die Hinspiele der 1. Runde fanden zwischen dem 2.–10. Oktober und die Rückspiele zwischen dem 4.–11. Oktober 1998 statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
R.Sh.V.S.M.-R.U.O.R. Minsk  Belarus 1995	47:65	Rumänien AS Silcotub Zalău	24:33 ⁠(1)	23:32
Frederiksberg IF Danemark	67:40	Jugoslawien Bundesrepublik 1992 Duvanska industrija Niš	36:23⁠(2)	31:17⁠(2)
Maccabi Holon  Israel	32:63	Ukraine Spartak VABank Kiew	20:30	12:33⁠(3)
ŽRK Struzanka Struga  Nordmazedonien	22:75	Norwegen Larvik HK	12:38⁠(4)	10:37
Colégio de Gaia  Portugal	30:68	Russland Kuban Krasnodar	15:36	15:32⁠(5)
HERZ - Ferencváros Budapest Ungarn	62:29	Niederlande Zeeman Vastgoed - SEW	32:12	30:17
LC Brühl Handball St. Gallen Schweiz	73:29	Luxemburg H.B. Dudelange	41:19	32:10
HC Goražde Bosnien und Herzegowina	09:83	Spanien Ferrobus Mislata Tortajada	04:43⁠(6)	05:40
DHC Slavia Prag Tschechien	45:42	Turkei Anadolu Uni Eskişehir	22:15	23:27
O.F.N. Ionias  Griechenland	35:41	Bulgarien AVES Burgas	20:18	15:23
Zagłębie Lubin  Polen	39:52	Frankreich ASPTT Metz HB	21:22	18:30
SSV Dornbirn  Osterreich	32:65	Litauen 1989 Eastcon AG Vilnius	19:31	13:34
De Gasperi Enna  Italien	37:56	Slowenien Robit Olimpija Ljubljana	17:30⁠(7)	20:26

Durch ein Freilos zogen TV Lützellinden, Kras Zagreb und Titelverteidiger Bækkelagets SK direkt in das Achtelfinale ein.

Im Achtelfinale fanden die Hinspiele vom 7.–13. November und die Rückspiele vom 8.–15. November 1998 statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
AS Silcotub Zalău  Rumänien	37:52	Spanien Ferrobus Mislata Tortajada	15:27⁠(8)	22:25
Bækkelagets SK Norwegen	60:44	Tschechien DHC Slavia Prag	32:21⁠(9)	28:23⁠(9)
Kras Zagreb Kroatien	81:33	Bulgarien AVES Burgas	42:18	39:15⁠(10)
Kuban Krasnodar Russland	62:50	Schweiz LC Brühl Handball St. Gallen	28:22⁠(11)	34:28
Frederiksberg IF Danemark	52:51	Slowenien Robit Olimpija Ljubljana	32:21	20:30
TV Lützellinden  Deutschland	46:51	Frankreich ASPTT Metz HB	29:24	17:27
Spartak VABank Kiew Ukraine	57:47	Litauen 1989 Eastcon AG Vilnius	30:21	27:26
Larvik HK Norwegen	57:56	Ungarn HERZ - Ferencváros Budapest	33:23	24:33

Im Viertelfinale fanden die Hinspiele vom 27.–28. Februar und die Rückspiele vom 1. – 7. März 1999 statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Bækkelagets SK Norwegen	54:42	Norwegen Larvik HK	32:19	22:23
Spartak VABank Kiew  Ukraine	34:41	Spanien Ferrobus Mislata Tortajada	13:24⁠(12)	21:17
Kuban Krasnodar  Russland	42:44	Frankreich ASPTT Metz HB	23:14	19:30
Kras Zagreb  Kroatien	47:53	Danemark Frederiksberg IF	24:31	23:22

Im Halbfinale fanden die Hinspiele vom 10. – 11. April und die Rückspiele am 17. April 1999 statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Ferrobus Mislata Tortajada Spanien	46:41	Danemark Frederiksberg IF	25:20	21:21
ASPTT Metz HB  Frankreich	39:45	Norwegen Bækkelagets SK	17:17	22:28

Das Hinspiel fand am 8. Mai 1999 in Gjøvik in der Olympiske Fjellhall und das Rückspiel am 15. Mai 1999 in Valencia statt.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Bækkelagets SK Norwegen	50:35	Spanien Ferrobus Mislata Tortajada	26:13	24:22

Tor: Cecilie Leganger, Monica Kyvåg Feldspieler: Mette Ruud-Johansen, Sahra Hausmann, Eli Fallingen, Siv Heim Sæbøe, Kari Anne Hole, Gro Engstrøm, Sorina Teodorovic, Anja Andersen, Gitte Madsen, Reyes Baello Vidal, Nina Gullingsrud, Heidi Berg, Hanne Halén, Hong Jeong-ho, Hilde Gaupset, Line Olsen, Ellen Beate Guttormsen, Lise Larssen, Stine Steen Trainer: Frode Kyvåg

• 1998/99 Women's Cup Winners' Cup. Europäische Handballföderation, abgerufen am 6. März 2012 (englisch). 
• CWC Frauen 1999 auf Todor66.com