Insgesamt 36 Mannschaften meldeten sich zur Teilnahme am Afrika-Cup 1988, die ursprünglich in Sambia stattfinden sollte. Aber schon vor Beginn der Qualifikation wurde Marokko zum Ersatzausrichter. Die Qualifikation ging über drei K.o.-Runden. Sieben Mannschaften traten zur Qualifikation nicht an, Äthiopien zog sich während der Qualifikation zurück. Gastgeber Marokko und Titelverteidiger Ägypten waren von den Qualifikationsspielen befreit.

	Ergebnis
Tunesien Tunesien		Mali Mali zurückgezogen
Algerien Algerien		Freilos
Libyen Politisches System der Libysch-Arabischen Dschamahirija		Freilos
Sambia Sambia 1964		Freilos
Kamerun Kamerun		Freilos
Malawi Malawi 1964		Freilos
Ruanda Ruanda 1962		Lesotho 1966 Lesotho zurückgezogen
Elfenbeinküste Elfenbeinküste		Freilos
Sudan Sudan		Freilos
Nigeria Nigeria		Freilos
Togo Togo		Äquatorialguinea Äquatorialguinea zurückgezogen
Ghana Ghana		Freilos
Senegal Senegal		Freilos
Zaire Zaire		Freilos
Mosambik Mosambik		Freilos
Simbabwe Simbabwe		Freilos
Kenia Kenia		Freilos
Madagaskar Madagaskar		Mauritius Mauritius zurückgezogen

Datum		Ergebnis
1986	Uganda	5:0	Somalia
1986	Somalia	0:0	Uganda
Gesamt:	Uganda Somalia	5:0	Uganda Somalia

Datum		Ergebnis
1986	Äthiopien	4:2	Tansania
	Tansania		Äthiopien zurückgezogen
Gesamt:	Äthiopien Athiopien Demokratische Volksrepublik		Tansania Tansania

Datum		Ergebnis
1986	Zentralafrikanische Republik	1:2	Volksrepublik Kongo
1986	Volksrepublik Kongo	5:1	Zentralafrikanische Republik
Gesamt:	Zentralafrikanische Republik Zentralafrikanische Republik	2:7	Kongo Volksrepublik  Volksrepublik Kongo

Datum		Ergebnis
1986	Sierra Leone	2:1	Liberia
1986	Liberia	1:1	Sierra Leone
Gesamt:	Sierra Leone Sierra Leone	3:2	Liberia Liberia

Datum		Ergebnis
1986	Guinea	2:1	Gambia
1986	Gambia	0:1	Guinea
Gesamt:	Guinea Guinea-a	3:1	Gambia Gambia

Datum		Ergebnis
1986	Angola	1:0	Gabun
1986	Gabun	1:0	Angola
Gesamt:	Angola Angola	1:1 (5:3 i. E.)	Gabun Gabun

Datum		Ergebnis
1987	Libyen Politisches System der Libysch-Arabischen Dschamahirija		Sambia 1964 Sambia zurückgezogen
Gesamt:	Malawi Malawi 1964		Ruanda 1962 Ruanda zurückgezogen

Datum		Ergebnis
1987	Algerien	1:0	Tunesien
1987	Tunesien	1:1	Algerien
Gesamt:	Algerien Algerien	2:1	Tunesien Tunesien

Datum		Ergebnis
1987	Kamerun	5:1	Uganda
1987	Uganda	3:1	Kamerun
Gesamt:	Kamerun Kamerun	6:4	Uganda Uganda

Datum		Ergebnis
1987	Sudan	1:0	Tansania
1987	Tansania	1:1	Sudan
Gesamt:	Sudan Sudan	2:1	Tansania Tansania

Datum		Ergebnis
1987	Elfenbeinküste	2:0	Volksrepublik Kongo
1987	Volksrepublik Kongo	1:2	Elfenbeinküste
Gesamt:	Elfenbeinküste Elfenbeinküste	4:1	Kongo Volksrepublik  Volksrepublik Kongo

Datum		Ergebnis
1987	Nigeria	2:0	Togo
1987	Togo	1:1	Nigeria
Gesamt:	Nigeria Nigeria	3:1	Togo Togo

Datum		Ergebnis
1987	Ghana	1:2	Sierra Leone
1987	Sierra Leone	0:0	Ghana
Gesamt:	Ghana Ghana	1:2	Sierra Leone Sierra Leone

Datum		Ergebnis
1987	Senegal	4:0	Guinea
1987	Guinea	0:0	Senegal
Gesamt:	Senegal Senegal	4:0	Guinea-a Guinea

Datum		Ergebnis
1987	Zaire	3:0	Angola
1987	Angola	1:0	Zaire
Gesamt:	Zaire Zaire	3:1	Angola Angola

Datum		Ergebnis
1987	Mosambik	1:1	Simbabwe
1987	Simbabwe	3:2	Mosambik
Gesamt:	Mosambik Mosambik	3:4	Simbabwe Simbabwe

Datum		Ergebnis
1987	Kenia	2:0	Madagaskar
1987	Madagaskar	2:1	Kenia
Gesamt:	Kenia Kenia	3:2	Madagaskar Madagaskar

Datum		Ergebnis
1987	Algerien Algerien		Politisches System der Libysch-Arabischen Dschamahirija Libyen zurückgezogen

Datum		Ergebnis
1987	Kamerun	2:0	Sudan
1987	Sudan	1:0	Kamerun
Gesamt:	Kamerun Kamerun	2:1	Sudan Sudan

Datum		Ergebnis
1987	Malawi	1:2	Elfenbeinküste
1987	Elfenbeinküste	2:0	Malawi
Gesamt:	Malawi Malawi 1964	1:4	Elfenbeinküste Elfenbeinküste

Datum		Ergebnis
1987	Nigeria	3:0	Sierra Leone
1987	Sierra Leone	2:0	Nigeria
Gesamt:	Nigeria Nigeria	3:2	Sierra Leone Sierra Leone

Datum		Ergebnis
1987	Senegal	0:0	Zaire
1987	Zaire	0:0	Senegal
Gesamt:	Senegal Senegal	0:0 (2:4 i. E.)	Zaire Zaire

Datum		Ergebnis
1987	Simbabwe	1:1	Kenia
1987	Kenia	0:0	Simbabwe
Gesamt:	Simbabwe Simbabwe	(a)1:1(a)	Kenia Kenia

Automatisch qualifiziert:

• Agypten Ägypten (Titelverteidiger)
• Marokko Marokko (Gastgeber)