Zur Qualifikation zur Afrikanischen Nationenmeisterschaft 2009 wurden die 40 afrikanischen Nationalmannschaften in 6 Zonen geteilt. Jede Zone erhielt dabei einen Startplatz für die Afrikanische Nationenmeisterschaft . Einzige Ausnahme war die Südzone, die zwei Startplätze erhielt.
Nordzone
1. Runde Gesamt Hinspiel Rückspiel Libyen Politisches System der Libysch-Arabischen Dschamahirija 2:2(6:5 i. E.) Tunesien Tunesien 1 1:1 1:1
2. Runde Gesamt Hinspiel Rückspiel Algerien Algerien 2:2(1:3 i. E.) Marokko Marokko 1:1 1:1 Libyen Politisches System der Libysch-Arabischen Dschamahirija Agypten Ägypten Rückzug 2
3. Runde Gesamt Hinspiel Rückspiel Marokko Marokko 3:4 Politisches System der Libysch-Arabischen Dschamahirija Libyen 3:1 0:3
Libyen qualifiziert sich für die Endrunde 2009 .
2 Ägypten schickte eine Jugendmannschaft in die Qualifikation.
Westzone A
1. Runde
2. Runde
3. Runde Gesamt Hinspiel Rückspiel Guinea Guinea-a 1:1(1:3 i. E.) Senegal Senegal 1:0 0:1
Senegal qualifiziert sich für die Endrunde 2009 .
3 Über die Auswärtstorregel entschieden
Westzone B
1. Runde
2. Runde
3. Runde Ghana qualifiziert sich für die Endrunde 2009 .
Ostzone
1. Runde
2. Runde
3. Runde Tansania qualifiziert sich für die Endrunde 2009 .
Zentralzone
1. Runde
2. Runde
3. Runde Gesamt Hinspiel Rückspiel Kamerun Kamerun 0:3 Kongo Demokratische Republik DR Kongo 0:2 0:1
Die Demokratische Republik Kongo qualifiziert sich für die Endrunde 2009 .
Südzone
1. Runde
2. Runde
3. Runde Sambia und Simbabwe qualifizieren sich für die Endrunde 2009 .
Gastgeber Der Gastgeber der ersten Afrikanischen Nationenmeisterschaft war die Elfenbeinküste . Die Mannschaft qualifizierte sich somit automatisch für die Endrunde 2009.