An der EHF Champions League 1998/99 nahmen 33 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Es war die 39. Austragung der EHF Champions League bzw. des Europapokals der Landesmeister. Der Titelverteidiger war FC Barcelona. Die Pokalspiele begannen am 6. September 1998, das zweite Finalspiel fand am 17. April 1999 statt. Im Finale konnte sich abermals FC Barcelona durchsetzen und das wieder gegen Badel 1862 Zagreb.^[1]

Zum Auftakt gab es eine Begegnung in einer Ausscheidungsrunde, gespielt im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel. Der Sieger zog in das Sechzehntelfinale ein, das ebenfalls im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel ausgespielt wurde. Die Sieger erreichten die Gruppenphase, die als „Champions League“ bezeichnet wurde. In der Gruppenphase mit vier Gruppen mit je vier Mannschaften, spielte in jeder Gruppe jeder gegen jeden ein Hin- und Rückspiel. Die jeweils zwei Gruppenbesten erreichten das Viertelfinale. Ab dem Viertelfinale wurde wieder im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel gespielt. Der Gewinner des Finales war EHF-Champions-League-Sieger der Saison 1998/99.

Das Hinspiel fand am 6. September 1998 in Travnik und das Rückspiel am 13. September in Tiflis.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
HC Borac Travnik Bosnien und Herzegowina	46:58	Georgien 1990 GTU Shevardeni Tbilisi	24:24	22:34

Die Hinspiele fanden am 3./4. Oktober 1998 statt und die Rückspiele am 10./11. Oktober 1998, mit folgenden Ausnahmen:

• Red Boys Differdange gegen Viking Stavanger, Hin- und Rückspiel am 10./11. Oktober 1998 in Stavanger
• RK Celje gegen E&O Emmen, Hin- und Rückspiel am 3./4. Oktober 1998 in Celje

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
FC Barcelona Spanien	74:31	Georgien 1990 GTU Shevardeni Tbilisi	44:15	30:16
Red Boys Differdange Luxemburg	46:80	Norwegen Viking Stavanger	26:40	20:40
Pfadi Winterthur Schweiz	62:56	Polen Iskra Kielce	35:24	27:32
BK-46 Karis Handboll Finnland	28:67	Ungarn KC Veszprém	18:32	10:35
Roter Stern Belgrad Jugoslawien Sozialistische Föderative Republik	49:54	Belarus 1995 SKA Minsk	30:22	19:32
HC Granitas Kaunas Litauen	37:52	Ukraine ZTR Saporischschja	21:25	16:27
Alpi Prato Italien	60:45	Bulgarien HC Port Burgas	31:21	29:24
HC Bruck Osterreich	38:64	Kroatien Badel 1862 Zagreb	21:32	17:32
Montpellier HB Frankreich	56:48	Turkei ASKI Ankara	30:27	26:21
Minaur Baia Mare Rumänien	47:48	Danemark GOG Gudme	29:24	18:24
Pelister Bitola Nordmazedonien	52:57	Tschechien Talent Pilsen	30:27	22:30
A.C. Doukas School Griechenland	43:56	Deutschland THW Kiel	22:26	21:30
RK Celje Slowenien	75:41	Niederlande E&O Emmen	32:16	43:25
Kaustik Wolgograd Russland	60:52	Portugal ABC Braga	30:21	30:31
Portland San Antonio Spanien	68:33	Belgien Initia HC Hasselt	37:17	31:16
Redbergslids IK Schweden	45:34	Israel Hapoel Rishon LeZion	27:12	18:22

Die Gruppenphase wurde zwischen dem 7. November 1998 und dem 10. Januar 1999 ausgespielt.

Pl.	Mannschaft	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Punkte
1.	Kroatien Badel 1862 Zagreb	6	5	0	1	0150:1270	+23	10
2.	Ungarn KC Veszprém	6	3	0	3	0147:1300	+17	6
3.	Frankreich Montpellier HB	6	3	0	3	0134:1340	±0	6
4.	Italien Alpi Prato	6	1	0	5	0128:1680	−40	2

Pl.	Mannschaft	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Punkte
1.	Spanien FC Barcelona	6	5	1	0	0186:1350	+51	11
2.	Ukraine ZTR Saporischschja	6	3	0	3	0148:1540	−6	6
3.	Schweiz Pfadi Winterthur	6	2	1	3	0154:1600	−6	5
4.	Belarus 1995 SKA Minsk	6	1	0	5	0136:1750	−39	2

Pl.	Mannschaft	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Punkte
1.	Deutschland THW Kiel	6	6	0	0	0181:1490	+32	12
2.	Russland Kaustik Wolgograd	6	3	0	3	0166:1680	−2	6
3.	Danemark GOG Gudme	6	2	0	4	0160:1800	−20	4
4.	Norwegen Viking Stavanger	6	1	0	5	0166:1760	−10	2

Pl.	Mannschaft	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Punkte
1.	Slowenien RK Celje	6	4	1	1	0178:1420	+36	9
2.	Spanien Portland San Antonio	6	4	0	2	0167:1580	+9	8
3.	Schweden Redbergslids IK	6	3	1	2	0146:1410	+5	7
4.	Tschechien Talent	6	0	0	6	0129:1790	−50	0

Die Hinspiele fanden am 30./31. Januar 1999 statt und die Rückspiele am 6./7. Februar 1999.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
ZTR Saporischschja Ukraine	43:48	Kroatien Badel 1862 Zagreb	21:22	22:26
KC Veszprém Ungarn	53:58	Spanien FC Barcelona	29:29	24:29
THW Kiel Deutschland	48:50	Spanien Portland San Antonio	21:24	27:26
Kaustik Wolgograd Russland	41:51	Slowenien RK Celje	18:22	23:29

Die Hinspiele fanden am 27. Februar 1999 statt und die Rückspiele am 6./7. März 1999.

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
RK Celje Slowenien	61:62	Spanien FC Barcelona	35:32	26:30
Badel 1862 Zagreb Kroatien	50:48	Spanien Portland San Antonio	27:22	23:26

Das Hinspiel in Zagreb fand am 10. April 1999 statt und das Rückspiel in Barcelona am 17. April 1999. Zum dritten Mal hintereinander standen sich diese Mannschaften im Finale gegenüber und zum dritten Mal gewann FC Barcelona.^[2]

	Gesamt		Hinspiel	Rückspiel
Badel 1862 Zagreb Kroatien	40:51	Spanien FC Barcelona	22:22	18:29

Die Torschützenliste zeigt die drei besten Torschützen in der EHF Champions League 1998/99. Zu sehen sind die Nation des Spielers, der Name, die Position, der Verein, die gespielten Spiele, die Tore und der Tordurchschnitt pro Spiel. Der Erstplatzierte ist Torschützenkönig der EHF Champions League 1998/99^[3].

Pl.	Nation	Spieler	Pos.	Verein	Sp.	Tore	Ø
1.	Kroatien	Zlatko Saracevic	(RR)	Badel 1862 Zagreb	7	46	6,6
2.	Kroatien	Zvonimir Bilić	(RL)	Badel 1862 Zagreb	7	38	5,4
3.	Jugoslawien Sozialistische Föderative Republik	Rastko Stefanovič	(RM)	RK Celje	6	37	6,2

• Website der EHF zur CL (englisch)

1. ↑ 1998/99 VELUX EHF Champions League Final. In: Europäische Handballföderation. Abgerufen am 30. Juni 2018 (englisch). 
2. ↑ The Home of Handball: Throwback Thursday - Barcelona vs Zagreb trilogy auf YouTube, 16. Juni 2016, abgerufen am 13. Juni 2021 (englisch).
3. ↑ 1998/99 Men's EHF Champions League Top Scorers. In: Europäische Handballföderation. Abgerufen am 30. Juni 2018 (englisch).