Die Fußball-Amateurliga Berlin 1965/66 war die sechzehnte Spielzeit der höchsten Amateurklasse in West-Berlin. Die Amateurliga Berlin war unterhalb der Regionalliga Berlin und damit auf der dritthöchsten deutschen Ligenebene angesiedelt. Rapide Wedding wurde Berliner Amateurmeister 1966, stieg in die Regionalliga auf und war der Berliner Vertreter bei der Amateurmeisterschaft des DFB. Zweiter Aufsteiger in die Regionalliga war der BSC Kickers 1900, während Minerva 93 Berlin, der SC Union 06 Berlin und der VfB Pankow aus der Amateurliga abstiegen.