Charny-le-Bachot liegt 28 Kilometer nordnordwestlich von Troyes an der Mündung der Barbuise in die Aube, im Herzen der Champagne sèche, der „trockenen Champagne“. Die Umgebung zeichnet sich durch bis auf Auwaldreste fehlende Wälder und durch von großflächigen Äckern bedeckte Ebenen aus. Umgeben wird Charny-le-Bachot von den Nachbargemeinden Plancy-l’Abbaye im Norden, Rhèges im Osten, Droupt-Sainte-Marie im Süden, Méry-sur-Seine im Südwesten sowie Longueville-sur-Aube im Westen.
